Исследователи отмечают, что к началу 80-х гг. XVI в. внутри англиканской церкви стала складываться новая ситуация. Существование в течение нескольких десятилетий протестантской церкви Англии сформировало определённую церковную традицию в противовес постоянным требованиям новаций со стороны пуритан. Такие деятели, как архиепископ Кентерберийский Уитгифт (1583–1604) и его поколение, всю свою сознательную жизнь провели в англиканской церкви, в эмиграцию на континент не выезжали и не имели теплых воспоминаний о европейских реформированных церквах, так что именно их усилиями стало обретать опору церковное устройство во главе с монархом, и это ограничивало влияние пуританского движения.

Историки отмечают, что Уитгифт был серьёзным теоретиком и способным администратором, который начал проводить в отношении пуритан единую политику методичного натиска по возможности во всех епархиях, что сразу же спровоцировало в церкви кризис общенационального масштаба. Он выпустил распоряжения, требовавшие строгого соблюдения молитвенника 1559 г. и ношения предписанных для священника облачений, а, главное, все духовенство должно было подписаться под тремя статьями, специально подготовленными в качестве своего рода теста на конформизм: 1) королева признавалась главой церкви; 2) молитвенник, форма возведения в сан епископов, священников рассматривались как не содержащие ничего, противоречащего.Слову Божьему; 3) содержание 39 статей рассматривалось как полностью согласующееся с Писанием. Историки отмечали, что умеренные пуритане были озабочены этими новыми требованиями, а радикалы приняли вызов почти с удовольствием, предвкушая борьбу.

Тайный совет, в который поступали жалобы с мест на действия церковных властей от джентльменов из графств, пытался вызвать Уитгифта на свое заседание, чтобы он отчитался о своей деятельности — светские патроны пытались заботиться о назначаемых ими священниках. В предыдущие годы, когда был приостановлен в исполнении должности архиепископ Кентерберийский Гриндел, Тайный совет привык вмешиваться в религиозные дела. Уитгифт упрекал Тайный совет за поддержку нонконформистов и попросил его членов не ставить под сомнение действия церковных властей и не наносить ущерб авторитету архиепископа вызовом отчитаться перед светским органом власти. Из-за противодействия светских лиц Уитгифт в борьбе с пуританами стал опираться на ещё один существовавший в системе администрации орган — церковную комиссию при королеве, которая стала Судом Высокой комиссии по церковным делам (the Court of High Commission). Он был составлен из единомышленников Уитгифта, не подчинялся Тайному совету и был более эффективным орудием.

В среде пуритан наблюдались колебания относительно того, как вести себя в вопросе о подписи под тремя статьями. Переписка Уитгифта этого периода свидетельствует, что члены Тайного совета Уолсингем и Берли рекомендовали ему компромисс. Архиепископ согласился, что подпись священника под второй статьей о молитвеннике и форме возведения в сан епископов и священников может содержать различные оговорки, касавшиеся его религиозных сомнений. На этой основе был достигнут компромисс, так что число не подписавшихся под требованиями архиепископа священников в итоге выражалось единицами. Следует учитывать, однако, и то, что подпись под статьями не означала, что пуританский священник сразу оставит все свои наклонности. П. Коллинсон отмечает в связи с этим, что «неизвестно, кто кого перехитрил в 1584 г.», но для церковных властей выигрыш был в том, что единство церкви было сохранено. Действуя как опытный светский политик, Уитгифт отколол умеренных пуритан от радикалов, и такой способ действий, как считают исследователи, даже предопределил в будущем победу церковных властей над пуританским движением. Вместе с тем Уитгифт разрабатывал новые способы борьбы с пуританами, начав использовать в Суде Высокой комиссии анкету из 24 вопросов, которые задавались подозреваемым в пуританских наклонностях священникам — так называемую клятву ex officio mero. На все вопросы допрашиваемый должен был отвечать откровенно, отказ отвечать рассматривался как признание вины. Этот метод дал результаты, поскольку пуритане отказывались говорить неправду в ответах на вопросы, касавшиеся их религиозных убеждений, осуждая ложь в таких случаях, но, по условиям процедуры, отказ вменялся в вину и мог привести к лишению прихода. Уитгифт настаивал, что иные способы борьбы с пуританами не дают результатов.

В парламенте 1584/85 гг. пуритане предприняли ответную атаку на установленную церковь. По утверждениям специалистов, это была первая в истории парламента хорошо подготовленная на общенациональном уровне политическая кампания, где использовались подготовленные заранее сведения, действовали группы давления.

Пуритане подготовили данные по 17 графствам о том, каково было положение с исполнением служб и поведением священников. Были описаны 2537 приходов, в которых, по данным пуритан, только 472 священника могли проповедовать, 1773 не проповедовали, были зафиксированы 467 плюралитетов. Были описаны случаи профессиональной непригодности пасторов, но упомянуты и достоинства, если таковые имелись. Некоторые случаи были просто вопиющими и, по замыслу пуритан, должны были производить впечатление лучше всякой пропаганды: например, священник одного из приходов в Уорикшире был известен всем не своими профессиональными качествами духовного лица, а тем, что лучше всех в округе лечил ястребов. Эти переписи отражали невысокий профессиональный уровень тех священников, которые получили приходы в начале правления Елизаветы и даже, возможно, ранее. Представители церковной иерархии пытались представить эти данные как клевету. Пуританские переписи 1584–1585 гг. публиковались на основе рукописных копий из фонда Morrice MSS в библиотеке доктора Уильямса. Среди историков преобладает мнение, что сведения из переписей вполне заслуживают доверия, и, по крайней мере, громкие скандалы не были выдуманы или искажены.

Историки также показали, что на заседаниях парламента 1584/85 гг. выявилось и то, что не все пуритане придерживались планов пресвитерианского переустройства церкви, то есть, что пуританизм и пресвитерианство — не синонимы. Среди законопроектов, предлагавшихся пуританами, был один пресвитерианский, требовавший введения женевского молитвенника и системы церковного управления в англиканскую церковь без ликвидации епископального строя. Но в палате общин возобладало мнение, что рассматривать его не следует. Этот план выдвигала, прежде всего, лондонская организация пресвитериан во главе с Джоном Филдом, а джентри в графствах и священники из провинции не требовали таких радикальных изменений. Историки объясняют это тем, что введение пресвитерианской системы по полной программе, как осознавали депутаты нижней палаты, было чревато новым усилением духовенства: сами светские патроны могли стать объектом критики и цензуры нравов, а это не входило в их планы. Планы пресвитериан вошли в противоречие с интересами влиятельных светских лиц.

Пресвитерианство, как считает П. Лейк, давало перевес духовным лицам в отношениях со светскими, поскольку священники и меньшинство избранных, в кальвинистских понятиях, «истинных верующих», опираясь на пресвитерианские идеи, чувствовали себя в общине выше по статусу, чем большинство, не относившееся к числу тех, кого можно было рассматривать как избранных. В управлении пресвитерианской общиной создавался строй самоизбранных олигархических групп во главе со священником и выборными старостами, хотя эти полномочия руководство пресвитерианской общины получало от проголосовавших за них прихожан. Монарху в случае установления в церкви пресвитерианского строя, как считает П. Лейк, оставляли лишь право дальнейшего очищения церкви от остатков папизма и коррупции, но отказывали в праве повседневного руководства церковными делами.