Материалы этого судебного процесса, который начался 13 мая 1591 г., сохранились в Государственном архиве Великобритании и являются одним из важных источников по истории деятельности организации пресвитериан. Власти пытались представить действия пуритан как государственное преступление. Утверждалось, что «Книга Дисциплины» и «классы», на которых она обсуждалась, представляют собой бунтовщическую попытку взять на себя власть в церковных делах, которая принадлежит королеве как главе церкви. Вменялось пуританам в вину и то, что они хотели создать свою церковь и исключали их неё тех, кто не подчинялся их «дисциплине».

П. Коллинсон показал, что помогавшие пуританам юристы очень удачно построили ведение защиты, и она во многом удалась. Основным тезисом, который выдвинул защищавший пуритан Николас Фуллер, была мысль о том, что Генрих VIII с началом Реформации отменил старое каноническое право, которым регулировалось положение и устройство церкви, так как оно противоречило общему праву королевства Англии. Деятельность комиссии по выработке нового канонического права так и не была завершена, новое право нигде не сформулировано и не прошло законодательного утверждения, так что до сих пор не появилось правовой основы для существующей системы церковного управления. Поэтому пуритане, планируя создание отвечавшей их интересам системы церковного устройства, ничего не нарушали, поскольку они действовали в правовой и конституционной пустоте. Максимум того, что можно вменить в вину пуританам — это то, что они самочинно готовили законопроект о церковном устройстве в стране, но это не преступление — ведь совсем не обязательно всем сообщать о том, что кто-то занимается подготовкой законопроекта. Представленные же против пуритан показания свидетелей не отражали серьёзности обвинения, и создавалась натянутость в ходе судебного разбирательства.

В ходе обысков и арестов 1589–1590 гг. в руки церковных властей попала часть документов пресвитериан из архива Джона Филда, но большая часть документов осталась властям неизвестной. Некоторые из них в 1593 г. были опубликованы пуританами в Миддлбурге в Нидерландах. Это были главным образом переписи, характеризовавшие профессиональные качества священников англиканской церкви. Вторая часть этих переписей была опубликована А. Пилом только в начале XX в. Из имевшихся у обвинителей документов нельзя было построить обвинение в государственном преступлении.

В ноябре 1591 г. умер лорд-канцлер Хэттон, и современникам сразу стало ясно, откуда исходила главная инициатива в преследовании пуритан. Судебное разбирательство было приостановлено, в режиме содержания подсудимых начались послабления. К маю 1592 г. их освободили, а осенью этого года они разъехались но домам, подписавшись под заявлением, в котором обязались не оскорблять Её Величество частными собраниями для обсуждения религиозных дел и не умалять её прерогативу. По признанию историков пуританизма, суд над группой священников во главе с Картрайтом знаменует окончание определённой стадии развития пуританского движения как деятельности пресвитериан, направленной на изменение церковного устройства в Англии. После этого движение перестаёт быть движением в смысле организованной целенаправленной деятельности по реализации определенных планов, и пуритане обращаются в последнее десятилетие правления Елизаветы преимущественно к религиозно-моральным проблемам, а не к вопросам, связанным с церковным устройством.

В русле изучения пуританского движения во второй половине XVI — начале XVII в. лежат ещё две исследовательские проблемы, обсуждаемые современными историками пуританизма. Это вопросы, связанные с характеристикой сепаратизма, и распространением пуританизма по графствам Англии.

В 1560–70-е гг., как отмечают исследователи, одним из результатов распространения в Англии протестантских идей стало появление секты «фамилистов» («семья любви»). Представители этой секты были убеждены, что человек может испытать Боговоплощение в себе. При этом «фамилисты» могли заключать браки вне секты, оставляли деньги на общие благотворительные нужды, занимали различные общественные и государственные должности. Случаи наказаний, казни или эмиграции «фамилистов» неизвестны.

1580-е — начало 1590-х гг. были, наряду с выдвижением планов пресвитерианского устройства англиканской церкви, временем активизации сепаратистов, которые по-прежнему настаивали на необходимости отделения от установленной церкви по той причине, что она не поддается реформированию. В современной британской историографии многие историки рассматривают деятельность пуритан и сепаратистов как отдельные явления на основе того, что пуритане, говоря о сепаратистах, всегда от них отмежевывались, поскольку сепаратисты вышли из церкви, пуританизм же развивался внутри церкви. П. Коллинсон считает, что «сепаратисты, в чём-то напоминая континентальных анабаптистов, верили не в Реформацию, а в создание или восстановление совершенно отчуждённого, избранного христианского общества».

Однако те из историков, которые специально занимаются изучением сепаратизма, склонны подчёркивать возможность перехода от радикального пуританизма в сепаратизм. Ч. Джордж рассматривал сепаратизм как логическое продолжение тенденции, содержавшейся в пуританизме, когда сторонники реформ стали отчаиваться в дальнейшей их возможности.

Исследователи обращают внимание на то, что сепаратисты использовали для подкрепления своих взглядов Новый Завет точно так же, как это делали пуритане, делая радикальные выводы из слов апостола Павла из Второго послания к Коринфянам: «И потому выйдите из среды их и отделитесь, говорит Господь, и не прикасайтесь к нечистому, и Я прииму вас» (2 Кор., 6:17). По словам У Халлера, секты и сепаратисты были продуктом «интоксикации народа Библией». П. Мак-Грат считает, что значение сепаратизма заключалось в его влиянии на историю пуританизма в Америке, а в Англии сепаратизм дискредитировал английских пуритан — епископы даже обрадовались появлению этих радикалов, заявляя, что из пуританизма обязательно должно было вырасти нечто экстремистское по характеру.

Между позициями пуритан и сепаратистов, по мнению историков, были также переходные стадии — например, так называемые «не отделившиеся конгрегационалисты» (Non-Separatist Congregationalists), сформировавшиеся на рубеже XVI–XVII вв. По мнению представителей этой группы, если они искренне приходили на службу, они могли не обращать внимание на то, что на ней присутствуют и многие «невозрожденные». «Не отделившиеся конгрегационалисты» не хотели выходить из установленной церкви, потому что, в соответствии с церковными традициями, негативно относились к сектантству. Очевидно, существование таких групп следует признать особенностью пуританизма в Англии.

Сепаратисты, в свою очередь, резко отрицательно отзывались о пуританах, считая, что любой истинно верующий должен воспринять сепаратистскую логику. Они не могли допустить в общину никого из запятнавших себя недостойными действиями, или недостаточно твердого в вере, потому что такой член общины разложил бы и заразил аморализмом всех остальных. По словам П. Миллера, «такая группа экзальтированных личностей была самодостаточна и чувствовала себя компетентной, чтобы вести свои дела». У Халлер, Д. Зарет и другие исследователи в качестве ещё одной черты сепаратизма отмечают заключение при вступлении в сепаратистскую общину её членами своеобразного договора (covenant), тоже подчеркивавшего особый статус данной общности. Некоторые сепаратисты вво дили также и свою форму крещения, что тоже отличало их от пуритан.