Заметным явлением в пуританском движении конца 1580-х гг., привлекающим внимание исследователей, была публикация памфлетов, которые выходили под именем Мартина Марпрелата (“to mar prelates” — мучить прелатов). В памфлетах был подвергнут едкой критике епископальный строй церкви. В начале XX в. эти сочинения были собраны и переизданы под редакцией У. Пирса. Относительно авторства памфлетов нет однозначного мнения. Обычно в качестве их вероятных авторов приводят имена пуритан Джоба Трокмортона, Джона Пенри, или даже Томаса Картрайта. А.Л. Роуз считал, что памфлеты написаны в слишком секулярном стиле человеком, способным в юмористическом духе писать на религиозные темы, и делал вывод, что автором мог быть Майкл Хикс, секретарь Уильяма Сесиля, лорда Берли. Авторство трактатов, возможно, в какой-то степени было коллективным. Всего с октября 1588 г. по сентябрь 1589 г. вышло семь памфлетов.

Авторы памфлетов отрицали, что их целью является внесение в церковь демократического строя: «…управление церковью Христа — не народное управление. Оно монархическое в отношении главы церкви — Христа, аристократическое в лице старост, демократическое — в лице членов общины. Таково и управление королевством: монарх, аристократия в верхней палате парламента, народ в нижней палате».

Исследователи высоко оценивают уровень прозы и сатиру в трактатах Мартина Марпрелата, отмечая не только их идейное содержание, но и литературные достоинства. Памфлеты широко распространились и пользовались популярностью, так что для полемики с ними церковные власти даже наняли профессиональных юмористов Нэша и Лили. Но многим умеренным пуританам не понравился стиль трактатов — слишком вольный и развязный, способный спровоцировать церковные власти на ответные репрессивные меры, что и последовало. Нападки в трактатах сосредоточились на тех, кто был наиболее активным противником пресвитериан в англиканской партии, причем авторы памфлетов пытались обличать ещё и человеческие пороки в лице представителей церковной администрации. Уитгифта авторы обвинили в гомосексуализме, приписав ему в любовники Эндрю Перна, главу колледжа Петерхауз в Кембридже, который подолгу жил у него в гостях в Ламбетском дворце и умер там же в 1586 г. — оба они были холостяками. Ричард Бэнкрофт был обвинён в том, что мошенничает при игре в карты. К. Хилл приводил в связи с этим слова Ф. Бэкона, который не был врагом пуритан, но его позиция была показательна для политически мыслящей английской элиты: «В последние годы, когда среди них (имеются в виду пресвитериане — В.Е.) появились и такие, которые утверждают, что согласие светских властей с их деятельностью вовсе не обязательно, когда они группируются в своих «классах» и собирают подписи, когда они опустились до таких низких средств, как дискредитация управления церковью публикацией нелепых пасквилей, когда они заставляют многих подданных сомневаться в принесении клятв, которые составляют один из фундаментов правосудия и в этой стране, и везде… стало ясно, что тут нет дел, связанных с совестью, а только фракция и раскол».

Особенностью позиции Марпрелата было и то, что авторы памфлетов в общем беззлобно относились к прозвищу «пуританин». В этом историки видят начало изменения отношения пуритан к этому термину, который раньше однозначно трактовался ими как уничижительный и оскорбительный. Пуританских священников стали теперь называть ещё и «мартинистами». Публикация памфлетов не предотвратила упадка пресвитерианского движения в последующие годы, поскольку изменить строй управления церковью не удалось, но трактаты заняли определенное место не только в английской церковной истории, но и в английской литературе.

Историки отмечают также, что в конце 1580-х — 1590-е гг. церковь Англии через одного из приближённых архиепископа Уитгифта и лорда-канцлера Хэттона, Ричарда Бэнкрофта (1544–1610), каноника Вестминстерского аббатства, в последующем ставшего архиепископом Кентерберийским (1604–1610), повела пропагандистскую кампанию против пресвитериан, обвиняя их в преследовании корыстных материальных интересов при выдвижении своих планов церковного переустройства по женевскому образцу. Бэнкрофт в своих трактатах «Обзор притворной священной дисциплины» и «Опасные позиции и деятельность» обличал пуритан, говорил об их связи с определенными фракциями знати и джентри, мечтающими поживиться за счёт нового грабежа церкви. Остальное же имущество, заявлял Бэнкрофт, пуритане направят на содержание своих пресвитериев. П. Мак-Грат отмечал, что Бэнкрофт, по сути дела, первый стал публично говорить, что имеются и экономические мотивы в том, почему светские лица причисляют себя к пуританам: по его словам, «это было точное, хотя и не вполне справедливое определение двух лиц английского пуританизма».

Большой вклад в полемику с пресвитерианами внесли также Ричард Козин со своим трудом «Апология судопроизводства и юрисдикции в церковной сфере», где он защищал клятву ex officio и церковные суды, Томас Бильсон и его книги «Вечное управление Христовой церкви» и «Краткое рассуждение, доказывающее божественность епископата», Мэтью Сатклифф, выступивший с «Трактатом о церковной дисциплине» и сочинением «Дополнительный ответ на одну клевету». Сатклифф показал шаткость утверждений о том, что пресвитерианский план церковного устройства опирается на Св. Писание, поскольку сами пресвитериане не имели о нём единого понятия и не могли договориться, и заявлял, что они «ставят монарха под власть группы клоунов и оборванцев, именующих себя церковными старостами». Непоследовательны были пуритане, на его взгляд, и в вопросе о плюралитетах в церкви, поскольку среди них были такие, кто сам занимал не один приход.

К рубежу 1580–90-х гг. исследователи относят первые заметные проявления взаимодействия пуритан и юристов, поскольку историки находили у них немало общего, прежде всего в том, что многие из тех и других принадлежали к формировавшемуся среднему классу Англии, и к тому же в начале XVII в. бывало, что пуританин и юрист объединялись в одном лице. Юристы уже поняли, что изменить церковное устройство легальным способом в соответствии с пуританскими планами вряд ли удастся, поэтому они лишь поднимали частные вопросы, пытаясь обнаружить слабые места в действиях церковных властей. В парламенте 1589 г. юристы обращали внимание на сомнительность применения против пуритан клятвы “ex officio mero”, которая принуждала человека свидетельствовать против себя, на случаи приостановки в служении и аресты пуританских священников, пытаясь трактовать приход как разновидность фригольда, что дало бы возможность рассматривать попытку лишить священника доходов от службы в приходе как незаконную. Все эти действия властей никакими законами прямо не предписывались — тут был простор для судебного состязания, но юристам не удалось добиться заметных результатов.

Ослабление и распад пресвитерианского движения историки датируют 1589–1590 гг. Зимой 1589–1590 гг. в Суде Высокой комиссии были допрошены десятки священников с целью выстроить насколько возможно более полную картину деятельности тайной организации пресвитериан, о которой власти имели уже некоторое представление. Большинство вызванных на допросы духовных лиц враждебно относились к намерениям преследователей, но были также исключения, так что удалось найти тех, кто мог выступить в качестве свидетелей. На основе их показаний был определён круг тех, кого можно было выводить на открытый суд, и была арестована группа пуританских священников из 9 человек, самым известным из которых был Томас Картрайт.