В пресвитерианстве, полагают исследователи, сохранялись теоретические двусмысленности в толковании того, какими властными правами будет обладать собрание прихожан в приходской общине, а также в распределении властных полномочий между приходскими общинами и вышестоящими синодами. Было также совершенно неясно, каким образом в английских условиях монарх сможет воздействовать на пресвитерианскую церковь, которая превращалась фактически в автономную организацию, имевшую право религиозно-дисциплинарного воздействия на самого монарха и даже отлучения монарха от церкви. В 1570-е гг. Т. Беза выступил с притязанием, что пресвитерианство настолько близко сохраняло практику церковного управления, существовавшую в апостольские времена, что только и могло считаться единственной законной формой управления в христианской церкви. Ж. Кальвин никогда не выступал с подобными утверждениями и всегда соглашался с законностью епископального строя управления церковью. В английском пресвитерианстве стал проявляться своего рода «неоклерикализм» — стремление духовенства самостоятельно определять, что нужно в жизни светским лицам.

После заседаний парламента 1584/85 гг. руководство пресвитерианского движения по инициативе лондонской организации решает, несмотря на неудачи, начать процесс создания пресвитерианской церковной организации в стране. Первым шагом должна была стать подготовка документа, регламентирующего её устройство, что было поручено Уолтеру Траверсу, который назвал это документ «Книга Дисциплины». Пресвитерианские историки объясняли долгую выработку документа тем, что Траверс много времени тратил на полемику с Ричардом Хукером в церкви юридических корпораций, в которой он служил. Но установлено, что с марта 1586 г. Траверсу было запрещено там проповедовать за пуританские взгляды, так что П. Коллинсон считает причиной того, что «Книга Дисциплины» появилась лишь в 1587 г., отсутствие единодушной поддержки этого проекта среди пуритан — по его словам, «Траверс не писал бы книгу из 22 страниц в течение двух лет». «Книга Дисциплины», как выяснено, не встретила единодушной поддержки в лучше всего изученных Дедгэмских «классах».

Согласно «Книге Дисциплины», управление общиной строилось но женевскому образцу — создавался пресвитерий (консистория) с четырьмя степенями должностных лиц (пасторами, докторами, старостами, диаконами), которые принимали решения простым большинством. Роль общины в значительной мере была пассивна, но при отлучении от причастия, выборе или низложении священника всё предписывалось делать с её ведома и согласия. П. Коллинсон считает, что «это была гибкая система церковного устройства, которая по-разному могла быть истолкована добивающимся единоличной власти пастором, энергичной верхушкой общины, или замыслившими мятеж против руководства самими её членами». Для приспособления системы к английским условиям была разработана иерархическая система синодов пресвитерианской церкви. 12 общин составляли конференцию (классы). На этом уровне производилось возведение в сан. Двадцать четыре такие конференции составляли провинцию, посылая двух священников и двух старост на провинциальный синод, который созывался раз в полгода или чаще. Делегатами на национальный синод отправлялись по три священника и три старосты от каждой провинции. На этом высшем уровне обсуждались вопросы доктрины, дисциплины, церемоний. Решения органа вышестоящего уровня были обязательны для всех нижестоящих, хотя разрешалось посылать апелляции с уровня общины в адрес самой высшей инстанции. В этой системе не было места органам светской власти и монарху.

По признанию исследователей, пика активности пресвитерианское движение достигло в 1586–1589 гг. Пуритане тщательно подготовились к парламенту 1586/87 гг., во время заседаний которого в Лондоне, как предполагают, состоялся первый пресвитерианский национальный синод. В адрес парламента была направлена масса петиций с мест в поддержку реформы церковного управления, что было частью спланированной кампании по оказанию давления.

Один из узловых эпизодов в истории пресвитерианского движения — действия пресвитериан во время работы парламента 1586/87 гг. Как показали историки, усилия пуритан в парламенте опять свелись к попыткам представить законопроект о введении пресвитерианского строя в церковь Англии с прилагавшейся к нему «Книгой Дисциплины» Траверса. В очередной раз эти усилия заблокировала непосредственно королева Елизавета, прямо изъяв этот билль из парламента, а содержание билля раскрыл и истолковал для депутатов в своей речи в парламенте 4 марта 1587 г. Кристофер Хэттон — член Тайного совета, вскоре назначенный лордом-канцлером, который был противником пуритан.

Хэттон апеллировал, в первую очередь, к собственническим инстинктам депутатов парламента и утверждал, что пресвитерианская система потребует большого числа проповедников, на содержание которых не хватит наличных церковных средств, что приведет к изменению отношений собственности — потребуется возвращение того имущества и земель, которые после начала Реформации перешли от церкви к светским лицам. Установлено, что некоторых представителей светской знати, своих покровителей пресвитериане действительно соблазняли новым грабежом земель и имущества епископов. Но несколько влиятельных придворных (лорд-казначей Уильям Сесиль, фаворит Елизаветы граф Лестер, государственный секретарь Фрэнсис Уолсингем), испытывавшие симпатии к умеренному пуританизму, не были готовы поддерживать пресвитериан при отрицательном отношении к ним со стороны королевы. При всей организованности своих действий в парламенте просвитериане, как подчеркивают историки, не учли того, что большая часть светских лиц из числа наиболее значительных собственников не хотела восстановления церкви как влиятельного социального института, обладающего значительными материальными средствами.

Исследователи предпринимали усилия с целью выявить, в каких графствах пуританское движение было наиболее активным и где можно обнаружить свидетельства существования пресвитерианских «классов». Как выяснено, движение было наиболее активным в Лондоне, Эссексе, Суффолке, Норгемптоншире, Уорикшире. Сохранились следы активности в Девоншире и Корнуолле, Лестершире и Оксфордшире. Но даже в графствах, которые зарекомендовали себя как пуританские, сторонники пуританизма чаще всего не были равномерно распределены по их территории. Существует мнение, что руководство пресвитерианской организацией носило авторитарный характер, далеко не всегда учитывало интересы основной массы, а сама организация создавалась целенаправленно, а не вырастала из стремлений рядовых членов. Отчетливо пресвитерианский характер движению стремилась придать лондонская организация, но большинство «классов» так и не подписали «Книгу Дисциплины», рекомендуя своим членам уживаться с наличным церковным устройством, по всем важнейшим вопросам консультироваться с конференциями — фактически это было попыткой «устроить пресвитерий при епископате». Тех, кого совершенно не устраивал епископальный строй, было меньшинство. Материалы о развитии пресвитерианского движения конца 1580-х годов, как отмечают историки, сохранились в основном в форме допросов пуритан в Звездной палате в 1591 г.

1588 г. принес, по мнению исследователей, начало отступления пресвитерианского движения, к чему привело влияние ряда факторов. 26 марта этого года умер глава лондонской организации Джон Филд, которого сменил Уолтер Траверс, но его действия в качестве главы, по признанию историков, были менее активными и динамичными. Неблагоприятно повлиял на судьбу пресвитерианского движения также разгром испанской Армады. По мнению современников, ход событий демонстрировал явную Божью благосклонность к Англии, а это могло означать, что не так все плохо и в церкви Англии, как представляют дело пресвитериане. В 1588–1590 гг. умерли несколько придворных покровителей пуританизма (граф Лестер, Уолтер Майлдмэй, Фрэнсис Уолсингем и граф Уорик), и двумя достаточно влиятельными покровителями пуритан оставались лишь Фрэнсис Ноллис — член Тайного совета, и граф Хантингдон, возглавлявший Северный совет. Решающая же роль в придворных кругах к этому времени переходит к антипуританским силам — группировке Уитгифта-Хэттона, поддерживаемой группой англиканских богословов и юристов гражданского права, выражавших мнения и интересы королевы в религиозных делах.