Историки отмечают, что пуритане и сепаратисты отличались друг от друга, поскольку пуритане не покидали церковь и стремились к реформам внутри церковной организации. Специалисты но истории сепаратизма склонны отмечать то, что это течение связано с радикальным крылом пуритан, и в этих группах возможны взаимопереходы.

Главным результатом спора об облачениях историки считают открытое оформление партий пуритан и англикан. Различие между этими группировками, существовавшее с начала 1560-х гг., переросло в открытую борьбу.

В изучении проблем, связанных с формированием пуританизма, в современной британской историографии центр тяжести в работе исследователей лежит в сфере изучения религиозно-политической истории периода. На нынешнем этапе идет дальнейшая работа с источниками, уточнение и сопоставление высказанных ранее мнений с целью составить более детальное представление об узловых пунктах возникновения и эволюции пуританизма. К настоящему времени появилось более отчетливое представление о начальной стадии формирования пуританизма, о влиянии идей европейской Реформации, и особенно швейцарских реформированных церквей, на возникновение пуританизма, о роли английской эмиграции на континенте. Важной проблемой остается выяснение того, почему в Англии, кроме официальной Реформации, проводившейся королевской властью; укоренились также идеи швейцарской Реформации с республиканскими тенденциями, и чьим религиозным и светским интересам это отвечало.

Одной из центральных проблем в исследовании английского пуританизма времени правления королевы Елизаветы (1558–1603) является изучение пресвитерианской стадии пуританского движения в Англии во 70-е гг. XVI — начале XVII в. Исследовательские усилия сосредоточивались во второй половине XX в. на дальнейшем изучении содержания пресвитерианского движения, его характера, целей. Историки обращаются к анализу ключевых эпизодов в деятельности пресвитериан на основе материалов источников с учётом трудов работавших ранее историков.

Исследователи обращали внимание на то, что пропаганда пресвитерианского строя церковного управления, которую пуритане начали в 1570-е гг., представляла собой прямую атаку на епископальный строй англиканской церкви. Одну из причин этого историки склонны усматривать в идейном влиянии Реформации. Р. О'Дей отмечает, что начало Реформации ослабило социальный статус духовенства, поставило под сомнение необходимость сохранения привилегированного положения епископата. П. Коллинсон указывает на влияние идей Томаса Кранмера и Мартина Буцера: Кранмер определял епископов лишь как должностных лиц, осуществлявших властные полномочия над низшими разрядами духовенства, Буцер настаивал, что ни один епископ не может принимать решения без совета с остальным духовенством. Жан Кальвин вообще отождествлял должность и ранг епископа и священника, но делал определённую уступку, признавая давнюю традицию подчинения одних священников другим ради порядка в церкви. Такие идеи укоренялись и среди англичан. Историками признано, что наибольшее влияние на пуритан в понимании роли епископов оказал преемник Кальвина в Женеве Теодор Беза. Среди англиканских епископов бытовало мнение, что пресвитерианская система церковного устройства, которая, как предполагалось, могла повысить образовательный уровень священников, улучшить дисциплину в церкви, внушалась английским пуританам Безой как средство установить контроль из Женевы над церковью Англии. П. Коллинсон считает, что характерное для пресвитериан требование ужесточения дисциплины в общине во второй половине 1560-х гг. стали выдвигать также и сепаратисты. Но пресвитерианство отличалось от будущего сепаратистского конгрегационализма тем, что возвышало священника и руководство общины над остальными её членами, давая возможность влиятельным и состоятельным лицам играть в делах общины ведущую роль.

В Англии пресвитерианская система впервые получила учёного защитника в лице Томаса Картрайта (1535–1603). Самой обстоятельной работой о нём долгие годы остаётся книга А.Ф. Скотта Пирсона «Томас Картрайт и пуританизм при Елизавете, 1535–1603», опубликованная ещё в 1925 г. и переизданная в 1966 г..

В 1570 г. Картрайт выступил в Кембриджском университете с лекциями на основе толкования Деяний и Посланий апостолов, в которых утверждал, что должности архиепископов и епископов должны быть отменены, а вместо них следует ввести должности епископов и диаконов. Епископ должен иметь лишь духовные функции, а диакон — заботиться о бедных. Управление церковью должно было перейти в ведение священников и пресвитерия. Священники должны были стать выборными и прикрепляться для служения к определённой общине.

Х.К. Портер показал, что поддержка, оказанная Картрайту среди студентов и преподавателей, была значительной, и от деятельности его сторонников в Кембриджском университете сохранились документальные свидетельства.

Противниками Картрайта выступили главы колледжей Кембриджа. Из-за содержания лекций Картрайту отказали в присвоении степени доктора богословия, и, предположительно, по этой причине он приобрёл отрицательное отношение к академическим степеням, которое стал впоследствии высказывать. Его оппоненты пытались объяснять происхождение развязанного им спора беспокойными и неуживчивыми чертами его личности. Картрайт был вытеснен из университета с помощью университетских статутов, согласно которым, если профессор исповедовал неугодные взгляды, его могли принудить к раскаянию, при отказе лишить должности. По оценке исследователей, травлей в полном смысле слова такое обращение назвать нельзя, но лицам, публично высказывавшим неортодоксальные религиозные взгляды, путь к занятию должностей в университетах и в церкви был закрыт. Историки придают большое значение идеям, высказанным Картрайтом в его лекциях о церковном устройстве, так как они примерно на два десятилетия определили цель пуританского движения. Картрайт сделал обсуждение вопросов церковного устройства отличительной чертой пресвитерианского движения, а пуританское движение под влиянием его идей вступило в пресвитерианскую стадию.

Д. Мак-Каллок называет начало 1570-х гг. «временем надежд для пуритан после разочарований середины 1560-х гг.», так как в Англии усилилось давление на католиков из-за издания папской буллы об отлучении Елизаветы, выпущенной в феврале 1570 г. При существовавшей необходимости ограничить деятельность католиков власти не хотели чрезмерно отталкивать пуритан. Среди епископов были лица, не желавшие противодействовать пуританизму, а в 1570 г. архиепископом Йоркским, возглавив северную церковную провинцию, стал симпатизировавший пуританам Эдмунд Гриндел, в дальнейшем способствовавший распространению пуританизма на севере страны. Созданный после подавления католического восстания 1569 г. Совет Севера возглавил также симпатизировавший пуританам Генри Гастингс, третий граф Хантингдон.

Наряду с выдвижением планов пресвитерианского переустройства англиканской церкви, как характерную черту деятельности 1гуритан в начале 1570-х гг. исследователи выделяют их стремление заинтересовать своими планами более широкий круг светских лиц и попытаться реализовать свои проекты при помощи палаты общин. Установив социальный статус тех депутатов парламента, которые выступали на заседаниях с пуританскими требованиями и предлагали отвечавшие интересам пуритан законопроекты, историки приходят к выводу, что это мало проясняет вопрос о социальной природе пуританизма, так как его приверженцев они находят среди представителей разных социальных групп, но К. Хилл склонялся к мнению, что пуританизм привлекал внимание формировавшихся буржуазных элементов в обществе.