Кульминационным пунктом идейной эволюции сторонников дальнейшего проведения Реформации за время пребывания на континенте историки считают создание английской кальвинистской общины в Женеве 1 ноября 1555 г. Эта община оперировала кальвинистскими понятиями об избранных и осуждённых, видимой и невидимой церкви. Видимую церковь, которая может быть признана подлинной, как утверждалось, можно распознать по наличию трёх черт: «правильная проповедь Слова Божьего, правильное совершение таинств, твёрдая церковная дисциплина». Органы политической власти и должностные лица на государственной службе, по кальвинистским понятиям, являются членами церкви. Светской власти следует подчиняться во всех требованиях, которые не противоречат Слову Божьему. По оценке историков, это была потенциально опасная формулировка, способная обосновать неповиновение властям. Женевская община составила английский кальвинистский служебник, подготовила публикацию женевской Библии на английском языке — Нового Завета с кальвинистскими комментариями, а затем и полного текста Библии. Женевская Библия стала важнейшим изданием Библии, используемым пуританами. Те из английских эмигрантов, которые были членами женевской общины, в дальнейшем стали ядром пуританского движения.

Исследователи отмечали, что английские эмигранты-кальвинисты заметно оторвались в своих религиозных взглядах от большинства англичан. Как писал М. Уолзер о членах женевской общины, «в сочинениях, публиковавшихся членами женевской общины, практически исчезают ссылки на классическую литературу, столь обычные для XVI в., и доминирует понимание общественной жизни как перманентного состояния войны избранных к спасению с дьяволом». Среди эмигрантов, не имевших какого-либо положения в обществе, формируется фигура оппозиционера, политического радикала. Кальвинизм с характерным для него чувством тревожности, внедрявший в душу своих адептов чувство постоянной опасности победы злого начала, внёс свой вклад в формирование данного психологического типа. Историки отмечали, что «женевские эмигранты по возвращении в Англию в первые годы правления Елизаветы и даже дольше были в изолированном положении из-за своих религиозных убеждений, почти как особая секта».

Важным вопросом является обсуждение того, в чём состояла специфика английского кальвинизма по сравнению с идеями самого Кальвина. Одним из источников в этом отношении, на который обратили внимание историки, являются публицистические выступления двух руководителей английской общины в Женеве Джона Нокса и Кристофера Гудмэна. В памфлете Гудмэна «Как следует повиноваться верховным властям» автор заявляет, что всякого рода подчинение даже высшим человеческим властям — это неподчинение Богу в том случае, если власть делает что-то, противное Божьей воле. Гудмэн считал, что ответственность участия в политической жизни распространяется на всех людей, поскольку все они ответственны перед Богом. В равной мере они подлежат и наказанию за промахи, не исключая монархов. М. Уолзер полагает, что в этой мысли уже содержится возможность будущего суда над королем, учитывая, что Гудмэн высказывался за проведение суда над Марией Тюдор.

Самым известным произведением Джона Нокса за время эмиграции стал его «Первый трубный глас против чудовищного правления женщин», в котором Нокс вообще отказал женщинам в праве управлять народами, подразумевая в данном контексте Марию Тюдор. Нокс такими рассуждениями насторожил Елизавету и дал королевской власти возможность осознать, что пуритан следует опасаться. Нокс также модифицировал позицию Кальвина в вопросе о подчинении светским властям. Кальвин в целом отвергал мысль о том, что правители заслуживают повиновения только в той мере, в какой они придерживаются справедливости, и считал, что никакой тиран не отходит полностью от справедливости, чтобы не дискредитировать себя, а это уже больше, чем способна дать анархия, которой справедливости вообще нет и некому её поддерживать.

Кальвин, однако, высказал некоторые идеи, способствовавшие демистификации власти и обоснованию возможности борьбы с ней. Он рассматривал магистрат (обобщенное понятие светской власти в труда) религиозных реформаторов XVI в.) как обычную должность, без личностного момента в понимании власти, характерного для феодальной эпохи Представители власти по природе так же злы, как и все люди, в них нет никакой харизмы. Государство, власть — лишь вопрос силы и организации, оно полезно и необходимо только из-за человеческой беспомощности. Организация сопротивления тирану, по мнению Кальвина, может быть делом властей низшего и среднего уровня — возможно, по той причине, что такой протест будет не совсем хаотичным, а более организованным, и власти этого уровня несут моральную (но не юридическую) ответственность, если они ничего не сделали для защиты народа от тирана.

Нокс же отставил в сторону все оговорки Кальвина и делал вывод, что светским властям, не соблюдающим божественные установления, нужно оказывать сопротивление силой. Кальвинистская доктрина в толковании английских пуритан, как считают исследователи, начала в английских условиях под влиянием конкретно-исторических обстоятельств выходить из своих первоначальных рамок, и стала основой для формирования идеи о возможности сопротивления светской власти. Издатели сборника сочинений Джона Нокса считают, что Нокс был убеждённым сторонником законного права подданных на восстание в том случае, если управляющие ими власти, пусть даже монархи, совершают действия, которые противоречат Божественным установлениям.

В 1998 г. был издан сборник статей, посвященный 450-й годовщине начала проповеднической деятельности Джона Нокса. Нокс произнес свою первую проповедь в апреле 1547 г. с кафедры церкви Святой Троицы в Сент-Эндрюсе в Шотландии. Составители сборника отмечают, что Нокс больше не является объектом активных исследований тех историков, которые изучают английскую Реформацию: уже более ста лет никто из историков не находил новых фактов о деятельности Нокса, так что остаётся только заниматься новым истолкованием известных фактов в расширяющемся понимании того исторического контекста, в котором действовал Джон Нокс.

После восшествия на престол Елизаветы в 1558 г. Нокс предлагал всем английским эмигрантам забыть раздоры, объединиться и потребовать от неё продолжения реформ. Но единства среди эмигрантов не было, и эти предложения успеха не имели. Многие из эмигрантов стремились получить места в церкви и вернулись в Англию, но в получении должностей действовали по одиночке, и поэтому, как показали историки, новые назначения зависели от воли королевы и мнения её приближенных. Неудача женевской общины в попытках убедить другие эмигрантские группы обсудить будущую форму английской церкви до возвращения в Англию показывает, что сторонники Женевы были лишь особым меньшинством даже среди тех, кто вынужден был бежать из Англии от Марии, и что большинство англичан ожидало, что после смерти Марии руководить реорганизацией церкви будет государство.

После восшествия на престол королевы Елизаветы (1558–1603), как считают историки, воля королевской власти играла важнейшую роль в определении того, как проводилась дальнейшая политика в религиозной сфере, что привело также к ограничению деятельности пуританской группировки в церкви Англии. В связи с этим исследователи подчёркивали необходимость изучения индивидуальных особенностей религиозности Елизаветы. У. Хадсон подчёркивает, что религиозную принадлежность Елизаветы объективно определили некоторые внешние факторы. Она была дочерью от второго брака Генриха VIII с Анной Болейн, который не признал папа, так что Елизавета была протестанткой по обстоятельствам рождения. С раннего детства она была связана с протестантскими кругами, из которых вышли архиепископы Кентерберийские Томас Кранмер и Мэтью Паркер, лично близкие Елизавете в юности и участвовавшие в её воспитании. Мэтью Паркер не был в эмиграции на континенте, и «его не распирала жажда подражать в церковном строительстве европейским протестантам, что тоже было по вкусу Елизавете».