Пуритан раздражали в 39 статьях также статьи 20 и 34, которые подчёркивали авторитет церкви, осуждали тех, кто нарушает традиции и церемонии церкви. Статья 28 в 39 статьях утверждала духовное присутствие Христа в Евхаристии, что было близко трактовке, принятой в “Consensus Tigurinus”, заключённом швейцарскими реформаторами в 1549 г. Исследователи считают, что блокирование требований пуритан церковными властями на конвокации 1563 г. означало, что церковь Англии начала обретать свою идентичность.

У. Хогаард предложил также объяснение того, почему 39 статей после принятия их на конвокации 1563 г. получили парламентское утверждение лишь спустя 8 лет — в 1571 г. Впервые 39 статей были представлены на утверждение парламента в 1566 г., но королева запретила парламенту этого года вмешиваться в религиозные дела — она считала важнейшие религиозные вопросы своей прерогативой. Иная ситуация сложилась в 1571 г., поскольку папа Пий V в феврале 1570 г. отлучил Елизавету, и она нуждалась в демонстрации широкой поддержки своей политики в стране, в ещё одном выражении официального закрепления протестантской религии, чем и стало принятие парламентом символа веры англиканской церкви — 39 статей. Но пуританское движение к началу 1570-х гг., уже переходившее в пресвитерианскую стадию своего развития, теперь не удовлетворялось теми из 39 статей, которые устанавливали епископальный строй церкви.

Современные историки внесли также вклад в решение проблем, связанных со спором об облачениях священников и церемониях в церкви Англии в 1565–1566 гг. Дж. Примус предполагал, что начали кампанию по борьбе с пуританами, которые были нарушителями существовавших предписаний, государственный секретарь Сесиль и архиепископ Кентерберийский Паркер, но У. Хогаард, проследив все стадии развития событий по источникам, считает инициатором этих мер королеву Елизавету. Архиепископ Кентерберийский Паркер по её предписанию приготовил специальный набор требований, под которыми должны были подписываться священники. Были даны детальные разъяснения относительно облачений, чтобы не оставалось двусмысленностей. При этом были и уступки: ризы теперь были обязательны к ношению священниками при Евхаристии только в соборах и университетских церквах, в приходах было достаточно ношение стихаря. Паркер просил королевской санкции на эти действия, но Елизавета отказала. Высказывались различные предположения относительно того, почему она так поступила: возможно, она не хотела связывать своё имя с непопулярными мерами, думала, что епископы справятся сами; считала эти статьи требовавшими слишком малого. Наиболее обоснованным, может быть, является предположение о том, что королева решила не создавать прецедента в том смысле, что для каждого решения архиепископа требуется дополнительная королевская санкция.

26 марта 1566 г. архиепископ Паркер и епископ Лондонский Гриндел собрали в Ламбетском дворце 98 непокорных лондонских священников и потребовали от них подписи под выдвинутыми год назад статьями, опубликованными под названием «Объявления» (Advertisements). Паркеру трудно было назвать их иначе, поскольку он так и не добился согласия королевы подписать их. Исследователями выявлено, что в Лондоне всё же отказались подписаться 37 священников, которые затем были отстранены от исполнения своих обязанностей. Кампания но утверждению единообразия в облачениях весной 1566 г. развернулась по всей стране.

К. Хилл пытался ввести экономические мотивы в интерпретацию спора об облачениях и высказывал предположение, что стихари, стоившие примерно 28 шиллингов, были просто дороги для приобретения, и священники не желали их носить по этой причине, но этот аргумент не вызвал отклика у исследователей.

Внешне завязавшаяся в англиканской церкви борьба против облачений могла бы показаться спором тривиальным, но совсем иначе, как показали историки, думали пуритане. При всей своей внешней незначительности это касалось повседневной жизни, ежедневно напоминая о прошлом, о католической церкви. Пуритане не хотели зависеть от епископов, стремились подчеркнуть свою роль как образованных проповедников, и впоследствии частично добились своего — к началу XVII в. приходские священники носили не квадратный, а круглый головной убор, а прежний головной убор и риза стали атрибутами высшего духовенства, показателями различии в ранге.

П. Коллинсон показал, что можно обнаружить свидетельства недовольства ношением стихарей в народе — масса реагировала на такие внешние знаки, поскольку традиционные облачения духовных лиц напоминали о религиозных преследованиях во времена Марии Тюдор.

П. Мак-Грат показал, что пуритане пытались придать спору об облачениях общеевропейский характер, обратившись с письмами к Г. Буллингеру и Т. Безе, утверждая, что в церкви Англии нет дисциплины, нет проповеди, от прихожан и духовенства требуется лишь подчинение, сетовали на варварское состояние богословского образования в Англии. Но знаменательно, что при Елизавете никого из европейских реформаторов не приглашали поселиться в Англии. Буллингер не поддержал пуритан открыто, а Теодор Беза в Женеве допускал резкие высказывания об английском церковном строе, и отношения Безы с англиканской иерархией постепенно испортились.

Спор об облачениях, как отмечают историки, имел ещё одно следствие — в английском языке появился термин «пуританизм», а также термин «нонконформист». Выявлено, что одним из первых центров пуританизма в Лондоне был приход Минориз, который содержался на взносы прихожан, плативших из своих средств священнику и нанимавших духовных лиц по своему вкусу (такая форма организации прихода называлась “a donative curacy”), создав при этом также лекторство.

Ещё одним далеко идущим следствием спора об облачениях историки считают появление сепаратистов — тех, кто отделился от установленной церкви, будущих конгрегационалистов и индепендентов. По мнению Х.К. Портера, сепаратизм частично стимулировали сами пуритане: любимой их цитатой из Апостола Павла была фраза из Второго послания Коринфянам 6,14: «Не преклоняйтесь под чужое ярмо с неверными. Ибо какое общение праведности с беззаконием? Что общего у света с тьмою?».

Сепаратисты, как установлено, появились под влиянием преследований церковных властей в середине 1560-х гг. Первый известный по источникам эпизод в деятельности сепаратистов связан с тем, что 20 июня 1567 г. в Лондоне представители городских властей во главе с шерифом арестовали около 100 человек в зале корпорации водопроводчиков, который они наняли якобы для проведения свадьбы, в действительности проводя здесь богослужение. Эту группу возмущали преследования их священников за нонконформизм, но они надеялись на «улучшение времен». Члены этой группы около 1570 г. стали основой сознательно отделившейся от церкви общины с избираемыми должностными лицами, с подписанием особого договора (covenant) при вступлении в общину. Епископ Лондонский Гриндел специально встречался с ними, отметив, что среди них много женщин, а также оставил свидетельство, что «состоит эта группа из граждан самых низших слоев с четырьмя или пятью священниками, не примечательными ни своей рассудительностью, ни учёностью».

Характеризуя мотивы отделения сепаратистов от англиканской церкви, исследователи сводят главные причины их действий к религиозным факторам и неудовлетворению строем англиканской церкви. К. Хилл при объяснении взглядов сепаратистов искал в их действиях причины материального порядка, интересуясь тем, как относились мелкие ремесленники, городские низы (эти группы составляли социальную базу сепаратизма) к расценкам на совершение обрядов в англиканской церкви, и предполагая, что к выходу из официальной церкви их побуждало нежелание платить за совершение этих обрядов. Сами сепаратисты, судя по имеющимся источникам и мнениям историков, никогда не объясняли свои действия экономическими причинами. Возможно, в действиях сепаратистов имело место сложное, не всегда осознаваемое людьми переплетение религиозных и социально-экономических причин.