При своей протестантской по характеру религиозности Елизавета верила в то, что хлеб и вино в Евхаристии претерпевают сверхъестественную трансформацию в Плоть и Кровь Христа, испытывала отвращение к заключению брака духовными лицами — трудно сказать, по религиозным или по личным мотивам (официально она так и не вышла замуж), но при этом клирикам в церкви Англии она не запрещала вступать в брак. Как полагают, от Филиппа Меланхтона, бывавшего в Англии, королева восприняла мысль о том, что в религии есть элементы, имеющие первостепенное значение для* спасения, и второстепенные компоненты (adiaphora). Историки считают, что Елизавета при вступлении на престол была изначально намерена вернуться к протестантизму, но хотела сделать это умеренными по характеру мерами. Елизавета, обладая острым политическим инстинктом, осторожно относилась к континентальным религиозным реформаторам и не хотела давать возможность укорениться в Англии тем силам, которые рассматривали бы себя как верховный авторитет в религиозных делах и на этой основе могли попытаться влиять на политическую ситуацию в стране. Историки даже предполагали, что Елизавету можно назвать англо-католиком, то есть сторонницей будущей партии «высокой церкви» (High Church) в англиканской церкви.

Современные историки вновь обратились к изучению того, как было найдено решение религиозного вопроса в 1558–1559 гг. по восшествии на престол Елизаветы. В XIX в. эти проблемы были предметом полемики, поскольку получившие возможность высказываться публично английские католики стали оспаривать мнение о том, что королева Елизавета была изначально привержена реформаторским планам в церковном вопросе, и утверждали, что королева вернула страну на путь Реформации лишь потому, что столкнулась с упорным давлением в поддержку реформ в палате общин. Протестантские историки отстояли мнение об изначальной приверженности Елизаветы протестантизму, и это мнение получило новое подтверждение в работах современных исследователей. Хотя Елизавета была возведена на трон по католическому обряду, в последующие месяцы появились свидетельства её намерений изменить религиозную политику. В ближайшем окружении королевы Елизаветы «архитектором протестантской трансформации английской церкви» исследователи считают Уильяма Сесиля.

По словам Д. Мак-Каллока, среди современных историков много путаницы в этот вопрос внёс активно работавший в середине XX в. Дж. Нил, квалифицированный и авторитетный специалист по парламентской истории периода правления Елизаветы, в данном случае выступивший с малообоснованной версией. Дж. Нил расценил один из сохранившихся в Государственном архиве Великобритании документов, «План изменения религии», исходивший от Сесиля, лишь как отвергнутое обращение к королеве, но его содержание примерно соответствовало проведённым в итоге преобразованиям. Аргументированно возразил Дж. Нилу Н.Л. Джоунз, подтвердивший существование реформаторских планов рассмотрением ещё одного источника — «Цюрихских писем», которые содержат переписку англичан с континентальными реформаторами. Англичане сообщали им, что королева их осторожно поддерживает.

Как считает О. Чэдвик, в первые десятилетия правления Елизаветы в церкви Англии ещё не было какого-то устоявшегося комплекса идей, «который можно было бы назвать английской школой богословия, но можно лишь говорить об английских богословах, на которых влияли Виттенберг, Цюрих, Женева, Страсбург». Доктринальная широта, с одной стороны, создавала возможность включить в члены церкви наибольшее число верующих (хотя, с точки зрения пуритан, это не было достоинством), но, как считает П. Мак-Грат, «этим создавалась и потенциальная угроза укоренения в церкви лицемерия — ведь достаточно было лишь внешнего конформизма». В проведении Реформации в Англии, как отмечают, проявилась одна из черт английской политической культуры — терпеливый поиск компромисса между всеми теми, в ком заинтересованы организаторы предприятия, а не формулирование изначально какого-либо нормативного кредо и подстригание под него всех остальных, не укладывающихся в прокрустово ложе.

Как показали историки, формировавшаяся пуританская партия считала решение религиозного вопроса в 1559 г. временным. Такое мнение могло основываться и на содержании билля о единообразии 1559 г.: в нём говорилось, что существующие порядки действуют до тех нор, «пока не будет принят другой порядок». Многие пуритане в связи с этим полагали, что отклонения от действующего молитвенника и от королевских предписаний терпимы, так как со временем, как они надеялись, в церкви Англии будут произведены новые изменения в направлении соответствия с порядками реформатских церквей на континенте. Разнообразие мнений в церкви было очень велико, чему особенно способствовали бывшие эмигранты, поскольку даже столичную епархию возглавлял бывший эмигрант Эдмунд Гриндел.

Исследователи считают, что в ранний период развития пуританского движения ведущую роль в нём сыграло радикальное духовенство, а требования пуритан носили чисто религиозный характер. Формировавшаяся пуританская партия была активной уже с 1559 г. С начала правления Елизаветы и до 1565 г. применительно к радикальным реформаторам исследователи применяют специфически звучащий в английской религиозной истории термин «precisian» (формалист, педант). Когда-то это был синоним термина «пуританин», но такое словоупотребление не сохранилось.

Те из эмигрантов, которым при возвращении предложили разные должности в церкви, вплоть до епископов, сомневались, занимать ли их, но возобладало мнение, что официальные посты занимать стоит, поскольку это давало возможность, при всех ограничениях, продолжать дело реформ. Эту черту — нежелание воспринявших идеи европейской Реформации протестантов занимать должности в официальной церкви — П. Коллинсон считает важным фактором в формировании пуританского менталитета и анти-епискоиального, пресвитерианского характера будущей пуританской партии. Исследователи также отмечают, что пуританизм не был движением, посторонним церкви — он укоренился внутри установленной церкви, среди имевшего приходы духовенства. Пуританизм был движением, направленным на исправление недостатков установленной церкви, а не на её разрушение. Лишь усилившееся в 1580-е гг. пресвитерианское направление стремилось избавить англиканскую церковь от одного из элементов, определявших её характер — епископального строя, но опять же не путем разрушения единства церкви.

Современными историками охарактеризованы способы, путем использования которых пуритане стремились пропагандировать и распространять свои взгляды. В этот период пуритане искали светских покровителей среди знати и джентри, которые могли бы защитить их и поддержать дело реформ, и пытались обратить в своих сторонников тех [светских лиц, которые имели право допуска священника в приход (adkowson). Существование светских покровителей единодушно признается исследователями как фактор, способствовавший укоренению пуританизма в Англии. Пуритане имели покровителей не только на местном уровне. Содействие им оказывали также и высшие должностные лица в государстве — Уильям Сесиль, будущий лорд Берли, члены Тайного совета Фрэнсис Ноллис, Фрэнсис Уолсингем и особенно Роберт Дадли, граф Иестер, один из фаворитов королевы.

Историки отмечают характерный для реформационного периода в Англии рост самосознания в среде светских лиц, выражавшийся, среди прочего, и в стремлении моделировать строй управления церковью в соответствии со своими интересами. Мнения исследователей относительно pro, почему светские лица стремились влиять на назначение священников в своих приходах и поддерживали талантливых, образованных священников, сводятся к тому, что влиятельные лица в обществе таким путем могли бы ещё больше усилить свои позиции в данной местности — убедительно проповедовавшие священники в XVI–XVII вв. оказывали Значительное влияние на массы. Верхушка общества вербовала таким путем проводников своих интересов, но твёрдых гарантий послушания назначенных этим способом священников не было. Во многих случаях, видимо, гармония интересов светских патронов и назначенных ими священников всё же сохранялась, и они взаимодействовали в деле эффективного управления местным населением. Политическими интересами руководствовалась, как считают историки, и высшая знать, поддерживавшая пуритан, хотя в её среде были также лица, которые сами испытали влияние пуританизма на свои религиозные убеждения.