Правление Эдуарда VI (1547–1553) характеризовалось новыми значительными шагами в проведении реформы церкви, усилением влияния континентальных реформаторов, появлением радикалов даже среди англиканских епископов, так что некоторые исследователи считают возможным говорить о появлении пуритан уже в начале 1550-х гг..

При Эдуарде VI изменились вероучение и обрядность. Вслед за молитвенником были выпущены королевские распоряжения об уничтожении всех образов в церквах: разбивались статуи, забеливались настенные росписи, уничтожались надписи на могильных камнях, содержавшие молитвы за усопших. Был нанесен большой урон искусству средневековой Англии. Д. Мак-Каллок называет даже эти меры «кампанией сознательного вандализма, не имевшей прецедентов в христианской Англии», с чем соглашались и другие историки.

Англия в эти годы становится приютом для континентальных реформаторов. Из-за неблагоприятных условий на континенте в связи с разгромом в 1547 г. немецких лютеран войсками императора Карла V Габсбурга (1519–1555) наступила очередь англичан поддержать общеевропейское дело Реформации, что, по оценке историков, непосредственно способствовало становлению пуританского движения. Из лиц с общеевропейской известностью в Англию переехали Петр Мартир Вермигли и Мартин Буцер, сразу получившие кафедры в Оксфорде и Кембридже, побывал в Англии и Филипп Меланхтон. Архиепископ Кентерберийский Кранмер мечтал в это время об объединении европейских протестантов в противостоянии католицизму и о создании организации протестантов в европейском масштабе с совещательной формой правления. Но лютеране не проявляли явного энтузиазма в этом деле.

По оценкам историков, трудно отделаться от впечатления, что власти как бы давали возможность англичанам из первых рук познакомиться с идеями европейской Реформации. Учитывая то, что в Англии вскоре появились также эмигрантские общины реформированных церквей, за их деятельностью стало возможно понаблюдать на практике, сделать свои выводы и поддержать дальнейшие реформы в церкви, замышляемые властями. Исследователи высказывают мнение, что наибольшее влияние на пуритан из прибывших в это время в Англию теологов оказал Мартин Буцер. Швейцарские реформаторы повлияли на англичан в ключевом пункте доктрины — в понимании Евхаристии. Как отмечает П. Коллинсон, в 1549 г. швейцарские реформированные церкви в лице Мартина Буцера, Жана Кальвина и преемника Цвингли в Цюрихе — Генриха Буллингера подписали документ под названием «Consensus Tigurinus» и договорились следующим образом понимать Евхаристию: материально вкушая освящённый хлеб, причащающийся укрепляется духовно, и причастие происходит на двух уровнях. Христос не присутствует в освящаемых элементах реально и телесно, таинство само по себе не несет благодати. Телесно Христос находится на небесах, согласно Никейскому символу веры, по правую руку от Бога-Отца, но своей духовной силой укрепляет принимающих причастие, и для образной иллюстрации этих тезисов приводилась аналогия с тем, что удаленность Солнца не мешает ему согревать теплом наши тела. Эти континентальные по происхождению богословские идеи, как отмечалось, и определили взгляды видных деятелей Реформации при Эдуарде VI — епископа Николаса Ридли, самого архиепископа Кентерберийского Кранмера, а также будущего архиепископа Йоркского и Кентерберийского Эдмунда Гриндела. Такое понимание Евхаристии, считают исследователи, было распространено и среди англикан, и среди пуритан.

Конец 1540-х — начало 1550-х гг., по оценкам историков, были благоприятным временем для дальнейших реформ в церковном строе. Все сторонники реформы могли бы объединиться, и реформированная церковь ещё дальше продвинулась бы в избавлении от остатков католических церемоний и институтов. Но в среде реформаторов уже не было единства.

Противоречия возникли между бывшими эмигрантами и теми из епископов, которые не были в эмиграции. Тот, кто уже видел в большей степени реформированные церкви, чем та, которая существовала в Англии, торопил события, не всегда учитывая национальные особенности, подражая континентальным образцам. Как пишет М. Кнэппен, «руководство партией, ориентировавшейся на континентальные порядки, оказалось в руках человека, который не был ни государственным деятелем, ни дипломатом, и представлял собой яростного и заблуждающегося сторонника партийной позиции. Это был бывший эмигрант Джон Хупер. Он бросился сразу во все возможные драки». Историки обычно имеют в виду именно его, когда говорят о появлении пуритан уже в правление Эдуарда VI. Хупер — явный зачинатель спора об облачениях в англиканской церкви, который активно развернулся в середине 1560-х гг., когда появился и сам термин «пуритане» — вызревавшие в церкви в течение долгого времени разногласия в те годы бесповоротно приобрели открытую форму.

По оценке исследователей, по своим взглядам и способам пастырской деятельности Хупер был прямым предшественником пуритан. Он проводил раз в четыре месяца встречи с епархиальным духовенством для обсуждения пастырских проблем. Эти собрания историки считают прообразом «пророчеств» 1570-х гг. За время пребывания в Швейцарии Хупер стал сторонником местной практики в облачении священников — здесь они одевались в одинаковые черные платья, как в университетах. Это имело и определенное доктринальное обоснование, символически выражая учение о всеобщем священстве. Молитвенник 1549 г. предписывал использование традиционных облачений: ризы и стихаря (alb) для священников, стихаря с узкими рукавами (rochet), капюшона для епископов. На это возражали Буцер и другие духовные лица, которых историки называют «протопуританами». К 1550 г. даже Кранмер и Ридли подумывали о том, чтобы внести изменения в свою позицию и уступить сторонникам дальнейших реформ, но епископы обращали внимание и на то, чтобы не оскорбить ту часть духовенства, которая была настроена более традиционно.

В 1550 г. Хуперу предложили стать епископом Глостерским. Он отказался принимать сан в традиционных облачениях, развернул бурную полемику, в итоге на три недели из-за упорства оказался в тюремном заключении, затем согласился принять сан в традиционном облачении. Дело было ещё в том, что до Хупера был посвящен в епископы без традиционного облачения Роберт Феррар (Сент-Дейвидская епархия), но епископ Лондонский Ридли отказался посвящать таким образом Хупера из-за шумной кампании, которую он развернул. Пока что споры об облачениях широких масштабов не приобрели: они спровоцировали внутрицерковный кризис лишь в середине 1560-х гг., но выступление Хупера было первым примером такого рода.

Д. Мак-Каллок вводит ещё один момент в характеристику позиции Хупера. Он считает, что на неё повлияли также планы графа Уорика, герцога Нортумберлендского, намеревавшегося лишить церковь, в дополнение к диссолюции монастырей, ещё части её имущества. С этой целью он искал контактов с теми из реформаторов, которые требовали упрощения ритуалов, считали образ жизни епископов слишком роскошным. П. Коллинсон приходит к выводу, что интересы Нортумберленда и радикальных реформаторов различались, между ними чувствовалась натянутость. Посвященный в планы Нортумберленда представитель радикальной партии Джон Нокс не соблазнился ими. Преобладающая точка зрения на этот вопрос сводится к тому, что радикалы нападали на епископат не по материальным причинам, а руководствовались своими богословскими взглядами. Пуританская фракция в ходе своей истории, по оценке историков, вообще страдала от неадекватного руководства, неспособного выстроить продуманную в политическом отношении линию поведения. Тот, кто руководствовался бы политическими и материальными интересами, действовал бы более рационально и продуманно. У этого типа людей преобладали эмоциональные, религиозные мотивы, которые политики лишь пытались использовать в своих целях. Своекорыстные мотивы в духе планов Нортумберленда по грабежу церкви вряд ли могли бы найти в Хупере опору, и свидетельство тому — его дальнейшая судьба, поскольку он не поступился своими взглядами и практически не заботился о собственной безопасности. В эмиграцию после католической реставрации при Марии Тюдор Хупер не поехал и в феврале 1555 г. был сожжён.