Эмигранты расселились в городах южной Германии, Швейцарии, в Страсбурге. Историки пуританизма детально разбирали, на кого из ссыльных какой вариант европейской Реформации оказал наибольшее влияние — или Женева, или более умеренные Страсбург и Цюрих, что сказывалось на том, какие позиции они занимали в религиозных спорах по возвращении в Англию. В спорах внутри и между общинами английских эмигрантов, как отмечают историки, уже можно обнаружить существование пуританской и англиканской партий.

Историки изучали также вопрос о социальной принадлежности выехавших в эмиграцию при Марии англичан. Половина из эмигрантов были духовными лицами того или иного статуса (бывшие монахи, священники, свободные проповедники) и студентами-богословами Оксфорда и Кембриджа. Треть эмигрантов были по происхождению джентльменами. Выехала на континент также и группа ремесленников, в преобладающей части ткачей. Исследователи на основе этого склоняются к мнению, что социальный состав эмигрантов дополнительно подчеркивает инициативу духовных лиц в становлении пуританского движения.

Для истории пуританского движения из событий этого периода наибольшее значение имеют история английской эмигрантской общины во Франкфурте и создание английской кальвинистской общины в Женеве. Как показали историки, именно во Франкфурте сложились наиболее благоприятные возможности для образования автономной английской общины со своими формами богослужений. В других английских эмигрантских общинах (Цюрихе, Базеле, Страсбурге) жили лица официальные, даже бывшие епископами при Эдуарде VI, которые не позволили бы внести какие-либо отклонения в службу по инициативе снизу. Значение религиозных споров во франкфуртской общине для формирования пуританизма было отмечено уже самими участниками пуританского движения при Елизавете. В 1574 г. в Гейдельберге было опубликовано сочинение «Краткая история бед, начавшихся во Франкфурте», являющееся одним из важнейших источников, характеризующих эти события. Исследователи истории пуританизма показали, что форма службы и порядок управления во франкфуртской общине, разработанные в 1554 г., представляли собой первую последовательно сформулированную программу изменений, которые должны были быть внесены, по мнению пуритан, в распорядки англиканской церкви, чтобы приблизить её к апостольским образцам. Теперь не предусматривалось ношение стихаря, отменялось крещение в частном порядке (в англиканстве же предусматривалась возможность совершения обряда крещения повивальными бабками, особенно в случае опасности для жизни ребенка, чтобы он не остался не крещёным), не предусматривалось и опускание на колени при причастии — следовательно, не признавалось, что хлеб и вино претерпевают в этом таинстве сверхъестественную трансформацию. Община выбирала из своей среды пастора, проповедников, старост, диаконов, что уже прямо напоминало швейцарские порядки. В августе 1554 г. франкфуртская община обратилась с инициативой ко; всем рассеянным по южной Германии и Швейцарии англичанам собраться во Франкфурте, объединившись на основе утвержденного здесь стандарта богослужения. Изменения, проведенные во Франкфурте, сами по себе не были подрывными, но современники чувствовали здесь амбиции. Английские общины Цюриха и Страсбурга считали, что во Франкфурте недооценивают политические аспекты религиозных дел: католики на родине, узнав об изменениях в эмигрантских общинах, стали бы обвинять англиканскую доктрину в несовершенстве. Сторонники сохранения верности англиканству не могли оставить без внимания происходящее, и во Франкфурт отправился доктор богословия Ричард Кокс с тремя докторами и 13 бакалаврами богословия, которые в спорах нанесли поражение; сторонникам дальнейших реформ, убедив в своей правоте также городские власти Франкфурта. Историки истолковывают борьбу фракций во Франкфурте как противостояние зарождавшейся национальной традиции англиканства и европейски ориентированного интернационального! реформаторства и считают, что этот спор во Франкфурте послужил ре-; петицией ситуации в Англии, сложившейся после возвращения эмигрантов на родину в начале правления Елизаветы. Для радикалов создание реформированной церкви было делом, в котором можно было задействовать все имевшиеся на этот момент в европейской Реформации идеи.

Еще одним важным событием периода эмиграции историки считают подготовку первого издания труда Джона Фокса (1517–1587) «Деяния и памятники английской церкви» (“Acts and Monuments of These Latter and Perilous Days Touching Matters of the Church” — издания 1563, 1570, 1583, 1587 гг.), в котором рассматривалась история деятельности идейных предшественников Реформации в Англии. Современные историки всё ещё продолжают исследовать детали того, что в общем виде было описано Фоксом. У Фокса появились также идеи об избранной роли английского народа в проведении Реформации, в борьбе с антихристом в лице Рима. Концепция Фокса, по признанию исследователей, удачно сочетала религию и национализм. Для англиканской церкви эта книга стала второй по значению после Библии, превратившись в действующую силу Реформации, в которой черпали вдохновение и англикане, и пуритане. По объёму книга Фокса в два раза больше Библии. Английские протестанты рассматривали её как приложение к Библии, давали имена детям в память об известных мучениках.

Джон Фокс изложил историю пятнадцати веков христианства как борьбу видимой и истинной церкви. У Фокса император Константин был англичанином, поскольку происходил от британской принцессы и был провозглашен императором на Британских островах. У Халлер утверждал, что Джон Фокс был главным творцом идеи об избранности англичан. П. Коллинсон тоже находит признаки роста этноцентризма в мировосприятии англичан с начала XVI в. Но Фокс, как считает П. Коллинсон, не преувеличивал идею об избранности англичан, высоко ценил Лютера, и в значительной степени благодаря Фоксу Лютер стал более известен английской публике как духовный писатель. П. Коллинсон отмечает также, что в большом по объёму комментарии на латыни к Апокалипсису, над которым Фокс работал в последние годы жизни, и на который не обращали должного внимания исследователи, у Фокса уже не было упований на особую миссию Англии в ходе Реформации. Фокс не предрекал славного земного будущего церкви Англии под властью нового Константина (имея в виду Елизавету и её преемников), и у Фокса не найти, как считает П. Колинсон, предчувствия возникновения Британской империи, поскольку Фокс ждал Второго пришествия Христа, конца времён и верил, что последние три сотни лет жизни этого мира начались в 1294 г. Как считает П. Коллинсон, английские протестанты, включая Фокса, осознавали себя в первую очередь через свое сходство с кальвинистскими церквами в Европе.

Можно предполагать, что интенсивная религиозность периода Реформации, выражавшаяся в преданности нации Богу, который, как предполагалось, в не меньшей степени предан своему народу, повлекла за собой переход от средневековой традиционалистской и личной по характеру верности монарху к характерной для нового времени верности безличной воле государства. По мнению П. Колинсона, если использовать понятийный аппарат, предложенный М. Вебером, «Реформация стала началом перехода от традиционной к харизматической легитимации политической системы». П. Коллинсон считает, что некоторые англичане в XVI в. стали ощущать себя даже не одной из избранных наций, а единственной избранной нацией. Если эта идея родилась из опыта Реформации и её непосредственных последствий, как пишет П. Коллинсон, тогда «мы нашли в протестантском религиозном сознании корни, и даже, возможно, стержневой корень английского империализма». Реформация, по его мнению, расширила и усилила религиозный смысл английского национального чувства, очистила и идеализировала народный национализм времени правления Елизаветы. Религиозные мифы часто вносили решающий вклад в формирование идеи нации — наглядный пример этому исследователи предлагают видеть в армянах, эфиопах, и, прежде всего, в евреях.