Всплеск сепаратизма на рубеже 70–80-х гг. XVI в. историки связывают с радикализацией настроений части пуритан, вызванной запрещением королевой Елизаветой «пророчеств». При анализе событий в сепаратистской среде в 1580–90-е гг. исследователи обращают внимание также на взгляды и деятельность Роберта Броуна (Browne) (1550? — 1633).

Броун был выпускником кембриджского колледжа Корпус, но он окончил университет без получения степени магистра. Он считал, что епископы не имеют права возводить в сан священников, заявляя, что их может избирать каждая община. Для взглядов Броуна были характерны хлесткие осуждающие формулировки в адрес церкви Англии, отличающие его от более мягких, хотя и критических, высказываний пуритан. Броун в начале 1580-х гг. заявлял, что «священники англиканской церкви только тогда станут настоящими, когда «все «немые собаки» (так радикальные пуритане и сепаратисты характеризовали священников, которые не могли проповедовать — В.Е.) будут повешены в церквах и публичных местах для предупреждения остальных»; обычная проповедь в церкви Англии, считал Броун, тоже имела свои недостатки, поскольку священники проповедовали, «заботясь только о том, чтобы продемонстрировать свои университетские степени», а рассуждения их непонятны народу.

Хотя в начале 1580-х гг. Броун не раз оказывался в тюрьме, он был дальним родственником ближайшего советника королевы Елизаветы Уильяма Сесиля, лорда Берли, и это спасало Броуна до такой степени, что в 1583 г. за распространение его сочинений были сожжены два человека, в то время как автор таких текстов, но словам Б.Р. Уайта, «ещё полвека смущал своим существованием церковные власти». Отказавшись в 1590-е гг. от своих взглядов, Броун был возведён в сан священника и назначен в приход в Норгемптоншире, но в последние годы жизни «стал превращаться в полусумасшедшего эксцентрика, бил жену, с 1616 по 1626 гг. был отлучен от причастия, а затем перед смертью во внезапном порыве ударил приходского констебля, был увезён в тюрьму в Норгемптон, где и скончался, похваляясь, что за свою жизнь побывал в 32 тюрьмах».

В середине 80-х гг. XVI в. появились и другие пропагандисты сепаратистских идей, обвинявшие Броуна в двуличности и отступничестве: Джон Гринвуд (1560–1593) и Генри Барроу (1550–1593), настаивавшие на своей независимости от Броуна и его взглядов. Современники нарекли их броунистами, не видя сколько-нибудь существенных различий в их взглядах. Исследователи полагают также, что в Лондоне со времен правления Марии Тюдор существовала сепаратистская традиция, оживившаяся в ходе спора об облачениях и преследования пуритан в середине 1560-х гг.

Б. Р. Уайт показал, что новой идеей в сепаратизме было мнение Г. Барроу о том, что истинная церковь в виде общины может существовать и без священника, принимая новых членов в свои ряды, исключая недостойных, но таинства, по мнению Барроу, могли совершать только священники. Некоторые члены сепаратистских общин начинали уже выдвигать взгляды, что формальное священство не нужно, но большинство их ещё не поддерживало. Барроу и Гринвуд даже отвергали использование термина «светский»: если выдвинут принцип всеобщего священства, использование термина «светский» — фактически католическое утверждение. Сторонники Барроу также отказывались крестить своих детей в приходских церквах. Из церковных должностей, по мнению сепаратистов, Новый Завет подкреплял своим авторитетом только должности пасторов, учителей, управляющих старост, а также диаконов, организующих помощь бедным. Возводить в должность священника должны были старосты общины.

Церковные и светские власти рассматривали сепаратистов как большую опасность для церкви. Барроу и Гринвуд были арестованы в октябре 1587 г. После их ареста существование сепаратистских общин не прекратилось. С лондонскими сепаратистами был связан радикальный пуританин Джон Пенри, участвовавший в публикации трактатов Мартина Марпрелата, так что между радикальными пуританами и сепаратистами историки прослеживают личные контакты. В парламенте 1593 г. был принят законопроект под названием «Об удержании королевских подданных в должном повиновении», направленный против сепаратистов и сектантов, на основе которого Барроу, Гринвуд и Пенри были казнены. Сторонники пуритан в палате общин не одобрили эти действия, так как опасались казней за религиозные убеждения, к тому же отличая сепаратистов от еретиков.

К середине XX в. в изучении сепаратизма была проделана работа по публикации важнейших источников. Значение английской сепаратистской традиции исследователи видят в том, что она дала форму организации английским сектантам периода гражданской войны и оказала значительное влияние на религиозную историю Новой Англии, и в последующем на развитие протестантского сектантства в США. Историки показали, что сепаратисты в Англии стали основой двух сектантских направлений — общих баптистов (General Baptists) и партикулярных баптистов (Particular Baptists). Первые из них строго придерживались кальвинистского учения о предопределении, для вторых же была характерна трактовка этого тезиса в арминианском духе с допущением свободы воли.

Специалисты по истории пуританизма разрабатывают также вопрос о его распространении по территории Англии. Вторая половина XX в. характеризовалась расширением региональных исследований в церковной истории, разбором епархиальных архивов. Как отметил в 1983 г. У. Хант, «в прошедшие тридцать лет местная история перестала быть сферой деятельности эксцентричных викариев и превратилась в значительный раздел английской историографии».

Наиболее заметными работами, рассматривающими состояние религиозности и распространение пуританизма на уровне графств и епархий, являются монографии М. Спаффорд о Кембриджшире, М. Джеймса о Дареме, П. Кларка о Кенте, У. Шейлза о Норгемптоншире, К. Хейга о Ланкашире, Р. К. Ричардсона о Честерской епархии, Р. Мэнннингао Суссексе, Р. Маршанта о Йоркшире. Обзор религиозной ситуации по регионам предпринимался и в обобщающих монографиях.

Районом наибольшего распространения пуританизма, вне всякого сомнения для исследователей, была Восточная Англия — самая густонаселённая, экономически развитая и подверженная идейным влияниям с европейского континента часть страны. Здесь находился Кембридж — академический центр пуританизма, и Дедгэм — центр лучше всего изученного «класса». Как выявлено, в Норгемптоне в 1570–1572 гг. с согласия местных властей существовали лекторство и система управления церковными делами, напоминавшая пресвитерианскую: по четвергам после лекции мэр, городской совет с помощью проповедника и представителей епископа разбирали моральные проступки. В службах церемонии облачения, не устраивавшие пуритан, были исключены, использовался кальвинистский катехизис. В целом же в графстве Норгемптоншир ситуация была противоречивая. Среди джентри был распространён также католицизм: здесь жили семейства Трешемов и Гриффинов — это были одни из самых известных покровителей католиков в Англии. Активны выли в Норгемптоне и «классы», так что графство представляло собой Пример большой внутренней напряжённости в религиозных делах.

Характеризуя распространение пуританизма по территории Англии, Х.Г. Александер замечает, что, хотя проделана значительная работа, всё ещё невозможно заранее предсказывать, где были наибольшие возможности для распространения пуританизма. Это зависело от многих факторов — позиций местного епископа, доминирующего в округе магната-землевладельца, и даже способный пуританский священник мог оказать большое влияние на местное население. Но удается выявить некоторые закономерности — пуританизм лучше укоренялся в более крупных городах, в районах, где было распространено ткачество, в некоторых сплочённых коллективах — купеческих компаниях, на морских судах. Общепризнанным является лишь то, что приверженцы пуританизма были среди знати, джентри, третьего сословия, квалифицированных ремесленников, при этом для восприятия пуританизма был необходим определённый уровень образованности. Хуже всего поддавались влиянию пуританизма высшая знать, которой в большинстве своём чаще всего нет дела до религии как таковой, и низы общества — неграмотные, неквалифицированные ремесленники, которые чаще попадали под влияние сепаратизма. Пресвитерианство было главным образом движением в среде духовенства — среди светских лиц у него было немного сторонников.