Швеция была определенно потеряна для него, когда ему не удалось завоевать доверие ее народа во время своего первого визита туда в 1503 г. и когда силы, верные королю, потерпели поражение у Стокгольма пятью годами позже. Его собственный дядя – принц Карл Зюдерманландский был лидером оппозиции и первым названным регентом вместо свергнутого Сигизмунда III; сам он в конечном счете стал королем Карлом IX. В результате возник долговременный конфликт между двумя ветвями рода Ваза, который уничтожил все перспективы польско-шведского сотрудничества и привел к совершенно ненужным войнам между двумя королевствами. Но прежде чем в начале века началась эта продолжительная война, Сигизмунду III, который так и не отказался от своего шведского титула, пришлось столкнуться с серьезными проблемами как королю Польши. Ситуация внутри страны улучшилась после инквизиционного сейма 1592 г., который, очевидно, снял с короля все подозрения, но два новых вопроса приобрели первостепенную важность для положения Польши в Центрально-Восточной Европе.

Такого твердого католика, как король Сигизмунд III, конечно, сильно интересовал вопрос религиозного единства в пределах Польско-Литовского содружества. Когда он был избран в 1587 г., протестантизм уже отступил. Хотя Стефан Баторий очень уважительно относился к свободе вероисповедания, он во многом способствовал мирному возрождению католицизма. Это началось уже в конце правления Сигизмунда II Августа и нашло свое самое явное проявление в принятии декретов Трентского собора синодом польских церковных иерархов, собравшимся в Пиотркове в 1579 г. При Сигизмунде III также не было преследований остатков когда-то влиятельного протестантского меньшинства. Новый король даже продолжал назначать некоторых его лидеров на высокие должности, а произвол в отношении протестантских церквей был единичными действиями неуправляемой черни. Но симпатии Сигизмунда III были на стороне католиков, и его волновала проблема приверженцев греко-православной веры, которые составляли не маленькое меньшинство, а основную массу населения на белорусских и украинских землях содружества.

Временные успехи, которых протестантизм добился в этих регионах, также способствовали распаду православной церкви, которая хотя и была практически свободной при католической власти и Польши, и Литвы, находилась в явном упадке, так как ее глава, патриарх Константинопольский, был подконтролен туркам, в то время как отношения с православной Москвой были постоянно плохими. Однако память о Флорентийской унии никогда полностью не исчезала в этих регионах, и посредством их политического союза с Польшей они находились в постоянном контакте с католическим Западом.

Польские иезуиты первыми увидели возможность возрождения Флорентийской унии в этой единственной части православного христианского мира, где такой план имел какие-то шансы на успех. Знаменитый проповедник, писатель и просветитель отец Петр Скарга проявлял особую активность в этом отношении. В 1578 г., когда он стал первым ректором университета в Вильно, вышло первое издание его трактата «Про единство церкви Божией». Находясь под впечатлением от отчетов папских нунциев в Польше, Святой престол также заинтересовался этой идеей в годы правления Стефана Батория. Если у иностранных лидеров католицизма иногда и возникала иллюзия, что такое региональное воссоединение в конечном счете приведет к обращению в католичество всей России, то они, включая самого Поссевино, поняли, что единственной компенсацией, которую католическая церковь может найти взамен своих огромных потерь в Западной Европе, является религиозный союз, дополняющий политическую федерацию в Центрально-Восточной Европе.

Однако даже здесь никакой долговременный успех не был возможен без сотрудничества и добровольной инициативы самих православных лидеров. Что касалось мирян, то самым выдающимся из их предводителей был князь Константин Острожский – могущественный киевский чиновник и богатейший землевладелец на Украине. Серьезно озабоченный критической ситуацией в русской церкви, он основал академию в своем родном городе Остроге. В это учебное заведение он пригласил замечательных преподавателей, выбирая их, однако, без особого разбора даже из числа богословов, имевших явно кальвинистский уклон. С папскими нунциями и членами католической иерархии он в годы правления Батория уже обсуждал возможность воссоединения с Римом. Но лишь в 1590 г. некоторые православные епископы тоже высказались за такое решение.

Последовал ряд встреч этих епископов, на которых был тщательно разработан план такого воссоединения, хотя не все из них были искренними в своих устремлениях. Так, Гедеон Балабан – православный епископ Львова – города, в котором когда-то было основано католическое архиепископство, присоединился к движению воссоединения просто по причине личного конфликта с православным братством своего города – одной из групп мирян, которая пыталась возродить православные традиции. Гораздо более искренним был интерес к воссоединению, проявленный русским епископом Луцка Кириллом Терлецким, позиция которого имела особое значение. Он стал экзархом, или личным представителем, патриархата Константинопольского, когда в 1589 г. патриарх Иеремия посетил Украину по дороге в Москву и обратно, когда он поднял митрополита Московского до ранга патриарха. Опасность верховенства Москвы над всеми православными Северо-Восточной Европы была еще одним аргументом в пользу союза с Римом для Восточной церкви на русских землях, где вмешательство Иеремии привело лишь к росту смуты. Обратиться к Риму Терлецкого побудил латинский епископ того же города Луцка – будущий кардинал Бернард Мациевский. Однако решающую роль сыграл другой православный Ипатий Поцей – епископ Брестский и Владимиро-Волынский, бывший мирянин-сановник, который вступил в церковную жизнь из огромного желания добиться лучшего будущего для православной церкви.

Как только он убедился, что возврат к Флорентийской унии – это единственное решение, он попытался заручиться поддержкой митрополита Киевского Михаила Рогозы, который действительно присоединился к этому движению, хотя и не без колебаний, а также князя Острожского, с которым он вел интересную переписку в 1593 г. Однако оказалось, что гордый магнат, обиженный тем, что с ним не советовались с самого начала обсуждения, проходившего среди церковных иерархов, является сторонником другого подхода к этой проблеме. Он хотел объединить Флорентийскую унию с некоторыми базовыми изменениями в духе протестантизма и выдвинул невыполнимое условие – включить в нее православные церкви Москвы и Валахии. По недостаточно объяснимым причинам он постепенно стал ярым противником этой унии, и возникла ситуация, сильно встревожившая короля и польские власти, когда наконец в 1595 г. русские епископы, очевидно единогласно, обратились к ним за официальной помощью. Их план казался столь желанным, что после совещания в Кракове, в котором участвовал папский нунций, было решено, что Поцей и Терлецкий должны немедленно ехать в Рим и изложить свое желание воссоединиться Клименту VIII.

Папа римский – бывший легат в Польше – с огромной радостью принял их в Ватикане, где 23 декабря 1595 г. на впечатляющей церемонии была заключена уния. Два представителя русской церковной иерархии совершили подобающие действия в полном соответствии с католической доктриной и декретами Трентского собора, а папа римский гарантировал им, что русской церкви будет позволено сохранить восточные обряды, признанные Флорентийским собором. Однако все согласились с тем, что уния должна быть утверждена на местном синоде русской церкви. Этот синод был в конце концов созван в Бресте у польско-литовской границы в начале октября следующего 1596 г.