К власти в стране на штыках армии пришел генерал Наполеон Бонапарт, ставший первым консулом Французской республики, а фактически военным диктатором (формально вместе с ним во главе государства стояли еще два консула — Сийес и Роже-Дюко, — но фактически вся власть сосредоточилась в руках Бонапарта).

Наградой Мюрату за его активное участие в перевороте 18 брюмера стало назначение его командующим вновь созданной Консульской гвардией (этот пост он занимал до апреля 1800 года). В январе 1800 года Мюрат породнился с главой государства, женившись на его младшей сестре Каролине. Нельзя сказать, что первый консул был в таком уж восторге от этого брака. Хорошо зная Мюрата, он был очень низкого мнения о его, как принято сейчас говорить, интеллектуальных способностях. «Я просто не могу позволить, чтобы моя семья породнилась с такой посредственностью», — без обиняков заявил он своим родственникам, обосновывая свои возражения против этого брака. Но власти всемогущего диктатора в таком деликатном вопросе оказалось недостаточно. Брак, вопреки желанию Наполеона, все же состоялся. Сестра Каролина, увлеченная красавцем-генералом, показала характер, а сам гасконец проявил присущие ему напор и настойчивость. Немалую роль в этом деле сыграли интриги жены самого Наполеона — Жозефины, которая, находясь во враждебном ей окружении клана Бонапартов, надеялась приобрести в лице бравого генерала своего союзника. Так что Наполеону оставалось лишь жаловаться своим близким: «У него (Мюрата. — Авт.) так мало в голове». Впоследствии Каролина станет злейшим врагом Жозефины и будет всеми силами подталкивать брата к разрыву с нею.

Готовясь к походу в Италию, Наполеон назначает своего зятя командующим кавалерией Резервной армии (апрель 1800 года). В этой должности Мюрат принимает активное участие в Итальянском походе Бонапарта 1800 года. Возглавляя авангард армии, он участвовал в переходе через Альпы, затем одержал ряд частных побед над австрийцами, в том числе занял Милан и овладел Пьяченцей, 2-тысячный гарнизон которой капитулировал; но особенно отличился в сражении при Маренго (14 июня 1800 года), за которое был награжден почетной саблей.

Назначенный в феврале 1801 года командиром Южного наблюдательного корпуса, он изгнал неаполитанцев из Папской области и заключил перемирие с неаполитанским королем. Во время посещения Мюратом в связи с этим Неаполя там была предпринята попытка его подкупить, чтобы тем самым выторговать себе более выгодные условия при заключении мира, но генерал решительно отверг все эти попытки.

В январе 1804 года Мюрат стал военным губернатором Парижа. Назначение его на столь важный и ответственный пост было связано с обострением внутриполитической обстановки в стране, в том числе и в столице (заговоры роялистов и якобинцев, конфликт первого консула с генералом Ж. Моро, пользовавшимся большим влиянием в армии и в обществе и др.). Бонапарт, поручая этот пост Мюрату, был убежден, что в случае необходимости тот железной рукой, не останавливаясь ни перед чем, пресечет любые антиправительственные выступления.

Став императором, Наполеон осыпал своего боевого соратника всевозможными милостями, почестями и наградами. 19 мая 1804 года Мюрат получает звание маршала Франции. В списке из 14 генералов, удостоенных тогда этого высшего воинского звания, имя Мюрата стояло 2-м (после Л. Бертье). Он был также награжден командорским крестом ордена Почетного легиона и назначен сенатором. В качестве резиденции Наполеон выделил ему Елисейский дворец в Париже. В день коронации Наполеона (2 декабря 1804 года) Мюрат возглавлял торжественный императорский кортеж, который при огромном стечении народа проследовал от дворца Тюильри до собора Парижской Богоматери. Во время коронации он нес корону императрицы Жозефины.

В феврале 1805 года Мюрат получает высшую награду Франции — Большой крест ордена Почетного Легиона, звание Великого адмирала и титул принца Империи. Правда, последний титул для него и всего своего семейства буквально выбила жена Каролина, устроившая по этому поводу своему брату-императору форменный скандал (первоначально семейство Мюратов не было включено Наполеоном в список принцев императорского дома).

Накануне войны с 3-й антифранцузской коалицией Наполеон назначает Мюрата командующим кавалерией Великой армии (август 1805 года). Во время Ульмской операции (7—20 октября 1805 года) Мюрат при содействии маршала Ланна разбил крупную группировку австрийских войск при Вертингене (8 октября 1805 года). 18 октября он принудил к капитуляции 16-тысячный корпус генерала Вернека. В целом успешные действия возглавляемых Мюратом французских войск внесли весомый вклад в победоносный исход этой знаменитой операции. Вместе с другими наполеоновскими маршалами он в полной мере разделил славу блистательной победы французской армии под Ульмом. Затем, действуя в авангарде армии Наполеона, Мюрат развернул стремительное наступление на Вену. В ходе его он прославился захватом Таборского моста на Дунае. Этот беспримерный в военной истории подвиг был совершен им вместе с маршалом Ж. Ланном (подробнее о нем см. в разделе Ланн). Вслед за тем, перейдя Дунай, Мюрат 13 ноября без боя занял Вену. Отсюда Наполеон приказал ему идти наперерез русской армии, отступавшей от Кремса к Брно, и отрезать ей пути отхода в Моравию, куда подходили подкрепления из России. В распоряжении Мюрата, кроме его резервной кавалерии, находились пехотные корпуса маршалов Ланна и Сульта, а также гренадерская дивизия генерала Удино. Однако план Наполеона окружить и уничтожить русскую армию по вине Мюрата был сорван. Настигнув русскую армию у Голлабрунна, он из-за отставания своей пехоты не решился ее атаковать. Чтобы выиграть время, Мюрат предложил русскому главнокомандующему генералу М.И. Кутузову заключить перемирие. Тот охотно согласился и использовал предоставленное ему Мюратом время, чтобы вывести свою армию из-под флангового удара врага. Когда Мюрат понял, что его провели, он всеми силами обрушился на русских. Но выделенный Кутузовым арьергард под командованием генерала П.И. Багратиона в бою при Шенграбене (16 ноября 1805 года) принял на себя всю мощь вражеского удара и своим геройским сопротивлением дал возможность главным силам оторваться от противника почти на целый переход. Несмотря на более чем 5-кратное превосходство в силах, французам так и не удалось уничтожить под Шенграбеном отряд Багратиона. Выполнив, свою задачу, он отошел на соединение с главными силами. Наполеон был в ярости, объявив незадачливому военачальнику строгий выговор. Собравшийся обхитрить Кутузова Мюрат оказался сам жестоко обманутым.

В сражении при Аустерлице [20 ноября (2 декабря) 1805 года] Мюрат сражался геройски, все время находясь непосредственно в боевых порядках своих войск. В какой-то момент часть, в которую он только что прибыл, внезапно была атакована русской кавалерией. Французы сначала не обратили внимания на приближавшуюся к ним конницу, приняв ее за союзную баварскую, и такая беспечность дорого им обошлась. Стремительно атаковав противника, русские драгуны с ходу врезались в его боевые порядки. Завязалась жестокая сеча. Все смешалось в кровавой карусели. В одно мгновение маршал оказался в самом центре схватки. Его свите пришлось взяться за сабли, чтобы спасти своего командующего от неминуемой гибели или плена. К счастью для Мюрата, все обошлось благополучно, хотя он и сам принял личное участие в сабельной рубке. Ему удалось выбраться из свалки, но свита понесла большие потери. В этом сражении кавалерия Мюрата сдерживала мощный натиск многочисленной австрийской конницы князя И. Лихтенштейна, отразив все ее атаки, а затем сама контратаковала противника и отбросила его. Когда потерпевшая жестокое поражение в Аустерлицком сражении союзная русско-австрийская армия начала отступление, Мюрат перешел к ее преследованию в направлении Вишау (Вышков). Им были захвачены большие трофеи, в том числе огромный обоз.