После гибели главного идеолога якобинского движения «Друга народа» (Ж. Марата), павшего 13 июля 1793 года от руки роялистки Шарлотты Корде, Мюрат даже хотел было поменять свою фамилию на более звучную, как ему представлялось, «Марат», но в последний момент его что-то остановило.

После государственного переворота 9 термидора (27 июля 1794 года), положившего конец якобинской диктатуре, он как активный якобинец попал в списки неблагонадежных и был снят с должности. Над пламенным революционером вновь сгустились тучи. Но в конце концов фортуна улыбнулась ему, и Мюрат в целом отделался довольно легко. Через несколько недель он был восстановлен в должности.

В годы Революционных войн (1792—1794 годы) Мюрат, несмотря на неоднократно проявленные им доблесть и мужество, никакими особо выдающимися подвигами себя не проявил и ничем не выделялся из основной массы офицеров. Да и его военная карьера в этот период была не особенно впечатляющей — всего лишь капитан и командир эскадрона. Его звезда начала восходить только после знакомства с генералом Наполеоном Бонапартом. Произошло это в Париже в дни роялистского мятежа 35 октября 1795 года, известного в истории как 13 вандемьера IV года Республики (5 октября 1795 года). Капитан Мюрат был в то время командиром эскадрона 21-го конно-егерского полка и сыграл важную роль в подавлении Бонапартом этого мятежа. Проявив смелость, инициативу и решительность, он во главе конного отряда (200 человек) сумел доставить в распоряжение командующего войсками Конвента генерала Бонапарта пушки Саблонского лагеря. При этом прорываться к центру Парижа ему пришлось сквозь густые толпы мятежников. Получив в свое распоряжение артиллерию, Бонапарт хладнокровно расстрелял мятежников картечью и быстро подавил мятеж. Опальный (за связь с якобинцами) генерал Бонапарт получил тогда блестящий шанс доказать свою верность Республике и виртуозно реализовал его. Одним из ближайших его помощников в подавлении мятежа роялистов был Мюрат. Бонапарт сразу же оценил военные способности отважного кавалериста и взял его к себе адъютантом. С этого момента карьера Мюрата стремительно пошла вверх. В феврале 1796 года он был произведен в полковники. Участник Итальянского похода Бонапарта 1796—1797 годов. Командуя кавалерийской бригадой, отличился в боях при Монтенотте (12 апреля 1796 года), Миллезимо (13 апреля 1796 года), Дего (14—15 апреля 1796 года) и Мондови (22 апреля 1796 года).

Безумная храбрость и самоотверженность, готовность жертвовать собой ради спасения товарищей принесли Мюрату заслуженную боевую славу и сделали его кумиром подчиненных. В те первые славные дни Итальянского похода он неоднократно доказал свою преданность Бонапарту и заслужил его полное доверие. Признанием выдающихся боевых заслуг Мюрата явилось то, что именно на него пал выбор главнокомандующего армией, поручившего ему первым из представителей Итальянской армии выполнить почетную миссию — доставить в Париж свыше 20 трофейных австрийских и сардинских знамен и доложить Директории о первых победах французской армии в Италии. Это поручение Мюрат выполнил успешно и вернулся в армию в чине бригадного генерала (10 мая 1796 года). Затем во главе кавалерии отличился в бою при Роверето (4 сентября 1796 года). Осенью 1796 года в одном из боев (при Сан-Джорджио) был ранен. В кампании 1797 года Мюрат сражался при Риволи (13—15 января 1797 года), Тальяменто (16 марта 1797 года) и Градиске (19 марта 1797 года).

Отправляясь в Египет, Бонапарт взял Мюрата с собой (апрель 1798 года). Командуя во время Египетской экспедиции Бонапарта 1798—1799 годов кавалерийской бригадой, Мюрат участвовал во взятии Александрии (2 июля 1798 года), в сражении при Пирамидах (21 июля 1798 года) и в бою при Салахии. Своей блистательной храбростью, неоднократно проявленной в боях с мамлюками, он приобрел такую известность, что даже знаменитый руководитель мамлюков Мурад-бей находил для себя лестным сходство с ним. Во время Сирийского похода (февраль — июнь 1799 года) Мюрат отличился в бою у замка Лаффель и разбил турок в сражении у горы Маунт-Табор (16 апреля 1799 года), отважно сражался под стенами крепости Сен-Жан д’Акр (март — май 1799 года). При штурме этой крепости его кавалерия в бою не участвовала, но сам он решил принять в нем участие. Возглавив первый же попавший ему под руку гренадерский батальон, он лично повел его на штурм. Взять крепость, как известно, французам тогда не удалось.

Нельзя не упомянуть про одну связанную с этим штурмом интересную деталь. Отстреленный со шляпы Мюрата султан турецкий паша, возглавлявший крепость, сохранил как главнейший трофей победы. И еще одна деталь, характеризующая Мюрата. Во время Сирийского похода он неожиданно для всех окружил себя вызывающей восточной роскошью. Его палатка была увешана дорогими персидскими коврами и разного рода дорогими вещами (изумительной работы саблями, кинжалами и т. п.). К столу генерала подавались изысканные блюда, включая специально привозимые издалека ароматные вина, воздух в палатке благоухал запахами особых сортов благовонного табака и т. д.

Несмотря на довольно напряженную боевую обстановку, сопряженную с постоянным риском подвергнуться внезапному налету вездесущего противника, спать Мюрат всегда ложился раздетым. На все неоднократно высказываемые окружением предостережения он лишь отмахивался. Словом, генерал республиканской армии уподобился турецкому паше или хану какой-нибудь восточной деспотии. Однако в изнеженного сибарита Мюрат все же не превратился и боевую форму сохранил.

По возвращении армии в Египет он разбил ополчение нескольких арабских племен, а затем прославил свое имя в сражении при Абукире (25 июля 1799 года). Возглавляемая Мюратом кавалерия сыграла решающую роль в победном исходе этого сражения. Ее стремительный удар привел к прорыву фронта противника. Сам Мюрат, несмотря на то, что дважды был уже ранен, вихрем ворвался на командный пункт командира турецкого десантного корпуса Мустафы-паши и вступил с ним в единоборство. Паша почти в упор разрядил свой пистолет в налетевшего на него французского генерала, но тут же получил разящий сабельный удар по руке, державшей пистолет. В результате этой молниеносной схватки турецкий паша лишился нескольких пальцев, а Мюрат получил пулевое ранение в лицо (пуля прошла под нижней челюстью). Мустафа-паша был взят в плен лично Мюратом, который за отличие в сражении при Абукире в тот же день был произведен Бонапартом в дивизионные генералы. Кроме того, главнокомандующий армией подарил бригаде Мюрата две трофейные английские пушки, захваченные в сражении при Абукире, и приказал выбить на них имя ее командира.

Мюрат возвратился во Францию вместе с Бонапартом, который, покидая Египет, взял с собой лишь нескольких наиболее преданных ему лично генералов (23 августа 1799 года).

Мюрат принял активное участие в государственном перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 года), показав себя одним из наиболее преданных сторонников Бонапарта. В самый решающий момент, когда чаша весов заколебалась не в пользу кандидата в диктаторы и тщательно разработанный план Бонапарта оказался под угрозой срыва, именно решительные действия Мюрата произвели перелом в ходе событий. Действовал он по-солдатски, прямо, грубо и напролом. Предводимый им небольшой отряд гренадеров под гулкий грохот барабанов с ружьями наперевес вступил в зал заседаний Совета пятисот (нижняя палата французского парламента). Под его сводами прогремел зычный голос Мюрата: «Foutez-moi tout ce monde dehors!» («Вышвырните-ка мне всю эту свору вон!»). Только что извергавшие проклятия в адрес «узурпатора» (т. е. Бонапарта. — Авт.) и клявшиеся умереть, но отстоять Республику, депутаты (или, как их презрительно называли в армии — «адвокатишки»), прервав заседание, в страхе бросились врассыпную, многие «герои трибуны» повыпрыгивали из окон (зал заседаний находился на первом этаже). Многие из депутатов потом признавались, что голос Мюрата звучал у них в ушах всю жизнь. Так было покончено с опостылевшим всем режимом слабой и продажной Директории.