В ходе Бородинского сражения кавалерия Мюрата понесла огромные потери, лишившись более половины своего состава. Впрочем, еще до Бородина ее ряды сильно поредели. При наступлении Великой армии в глубь России в результате стремительного движения вперед французская кавалерия теряла от чрезмерного изнурения и перебоев с фуражом лошадей больше, чем в боях. После оставления русской армией Москвы первой ее заняла кавалерия Мюрата.

6 (18) октября возглавляемый Мюратом авангард Великой армии потерпел поражение в сражении при Тарутино. Допустивший беспечность неаполитанский король подвергся неожиданному удару русской армии М. И. Кутузова и был разбит. Сам Мюрат, едва успевший вскочить на лошадь, при внезапном налете казаков на его штаб был ранен пикой в бедро. Поражение Мюрата при Тарутино явилось последним толчком, побудившим Наполеона оставить Москву. Во главе жалких остатков своей некогда могучей кавалерии Мюрат участвовал в сражениях под Малоярославцем, Вязьмой, Красным и на реке Березине. К концу Русского похода 1812 года кавалерия Великой армии погибла полностью. Мюрат был одним из тех приближенных к Наполеону лиц, кто внушил ему мысль покинуть остатки погибшей в России армии и уехать во Францию для формирования новой.

Главнокомандующим вместо себя Наполеон оставил Мюрата (5 декабря 1812 года). При выборе этой кандидатуры у императора сработал монархический принцип, так как после него Мюрат был самый высокопоставленный в армии человек. Но это решение Наполеона, как показал ход событий, оказалось глубоко ошибочным. Впрочем, оно сразу же вызвало недоумение в войсках, еще сохранявших способность сражаться. Как вспоминал один из очевидцев, «всех ошарашило известие, что теперь нами будет командовать неаполитанский король». Воин, наделенный безумной отвагой, выдающийся тактик, способный успешно решать на поле боя сложнейшие боевые задачи, Мюрат совершенно не обладал талантом стратега. К тому же всем было хорошо известно, что он никогда не заботился о снабжении вверенных ему войск, всецело перекладывая эту важнейшую на войне задачу на подчиненных ему генералов. Многовековой боевой опыт убедительно свидетельствует: быть бесстрашным воином — это одно, а обладать талантом полководца — это совершенно другое. И как результат — лучший кавалерист наполеоновской армии, герой многих сражений, отважный и решительный на полях битв военачальник, с возложенной на него задачей не справился и, более того, показал свою полную несостоятельность как главнокомандующий армией.

За те полтора месяца, пока Мюрат возглавлял остатки Великой армии, управление ими было полностью потеряно, все пущено на самотек, а сам главнокомандующий, на все махнув рукой, полностью самоустранился от всех дел и не предпринимал никаких попыток, чтобы навести в войсках хотя бы подобие какого-то порядка. Каждый был предоставлен самому себе и спасался как мог.

Огромные неуправляемые толпы солдат бывшей Великой армии, потерявших человеческий облик, гонимых страхом, голодом и холодом, в панике бежали на запад, не оказывая никакого сопротивления даже небольшим отрядам казаков, массами сдавались в плен при малейшей возможности и тысячами гибли в занесенных снегом лесах Литвы и Белоруссии. Таков был трагический финал Великой армии Наполеона, мечтавшей покорить Россию.

Задержать наступление русской армии на Висле, как того требовал Наполеон, Мюрату не удалось. В Познани он самовольно оставил армию, передав командование Е. Богарне, и уехал в Неаполь (17 января 1813 года). Причина такого непредсказуемого поступка неаполитанского короля точно неизвестна. Полагают, что поводом к нему явились придворные козни или же угроза высадки англичан в Калабрии. Наполеон был возмущен таким своевольным поступком своего зятя и не замедлил выразить ему свое неудовольствие. У него даже возникла мысль арестовать и предать военному суду «для примера другим» злостного нарушителя воинской дисциплины, на что-то помешало императору реализовать ее.

Возвратившись в Неаполь, Мюрат вступил в тайные переговоры с Австрией, чтобы заручиться ее поддержкой в случае падения Наполеона и сохранить свой трон. Но после сражения под Бауценом (май 1813 года) Наполеон снова вызвал Мюрата в армию и вновь поручил ему командование резервной кавалерией. Во главе ее маршал Мюрат с прежней доблестью сражался при Дрездене [14—15 (26—27) августа 1813 года], где командовал правым крылом французской армии. Возглавляемые им войска отрезали часть сил Большой (Главной) армии союзников и нанесли им тяжелое поражение. В «битве народов» под Лейпцигом [4—7 (16—19) октября 1813 года] Мюрат в последний раз водил свои эскадроны в лихие атаки под императорскими штандартами и показал себя достойным своей славы. Но через 4 дня после Лейпцигского сражения он вновь покинул армию под предлогом набора новых войск для Наполеона. Но когда через некоторое время военный министр Франции потребовал от него прислать хотя бы часть этих войск, то Мюрат предложил ему принять 5 тыс. выпущенных им из тюрем уголовников. Взбешенный такой беспардонностью неаполитанского короля Наполеон приказал своему военному министру отписать ему, что императору «не нужны ни галерники, ни другие субъекты, выпущенные из тюрем, ни, тем более, неаполитанские войска» (всем было хорошо известно, что хуже неаполитанских во всей Европе войск нет). На самом же деле Мюрат покинул Наполеона, имея цель подготовиться к отделению от него и переходу на сторону 6-й антифранцузской коалиции.

В Неаполе он оказался в окружении лиц, ненавидевших Наполеона и настаивавших на выступлении против него. Под их влиянием Мюрат вступил в тайные переговоры с врагами Франции, которые завершились заключением 11 января 1814 года его договора с Австрией и Англией против Наполеона. За измену Наполеону эти державы гарантировали Мюрату сохранение за ним неаполитанского престола.

В соответствии с подписанным договором 30-тысячная армия Мюрата заняла всю центральную часть Италии и нанесла удар в тыл войскам Е. Богарне, сражавшимся против австрийцев в Северной Италии. Е. Богарне был вынужден направить значительные силы против Мюрата. Когда Наполеон 6 февраля 1814 года получил донесение из Италии об измене Мюрата и его выступлении против Франции на стороне ее врагов, то он просто отказывался в это поверить. «Нет, нет, — кричал он, — не может этого быть! Мюрат, кому я отдал свою сестру! Мюрат, кому я дал трон! Евгений ошибается! Не может Мюрат выступить против меня!» Но уже через несколько дней наступило горькое прозрение. Новые сведения, поступившие из Италии, сомнений не вызывали. Но, кроме измены зятя, Наполеону пришлось испытать в эти дни еще одно тяжкое разочарование. Оказалось, что его родная сестра, которую он сделал королевой, заодно со своим мужем-предателем. Император был в буквальном смысле сражен такой черной неблагодарностью своих близких родственников, которые все, что имели, приобрели и получили только благодаря ему. Для Наполеона с его патриархальным корсиканским менталитетом семья считалась понятием святым, и лишь ради одного этого он не только многое терпел от своих алчных и сварливых родственников, но и многое им прощал.

После падения империи Наполеона (апрель 1814 года) державы-победительницы первое время не трогали Мюрата, и он продолжал спокойно царствовать в своем королевстве. Однако это продолжалось недолго, до тех пор, пока на Венском конгрессе, решавшем вопросы послевоенного устройства Европы, не выступил с пространным заявлением представитель Франции князь Ш. Талейран (такой же предатель, изменивший Наполеону, как и Мюрат). «О каком это неаполитанском короле идет речь? Мы совершенно не знаем человека, о котором здесь говорят», — цинично говорил перед европейскими монархами этот представитель Бурбонов. По его мнению, такой «монарх» для Европы просто не существует. Европейские монархи, немало натерпевшиеся в свое время от Наполеона и его маршалов, с удовлетворением восприняли речь французского представителя, которого Наполеон, подозревая в предательстве, как-то назвал «дерьмом в шелковых чулках» и угрожал повесить на решетке Тюильрийского сада. После такого демарша Талейрана положение Мюрата стало незавидным; все его политические расчеты, еще вчера казавшиеся многообещающими, в одно мгновение рассыпались и превратились в фикцию. Его судьба была предрешена. Уяснив, что обстановка на конгрессе складывается не в его пользу, Мюрат покинул австрийскую столицу и поспешил в Неаполь, где срочно приступил к укреплению своей армии.