Возвращение Наполеона с острова Эльба и его первые успехи на французской земле подтолкнули неаполитанского короля к решительным действиям. Он объявляет себя сторонником императора и 15 марта 1815 года начинает военные действия против Австрии. Чтобы привлечь на свою сторону итальянцев, Мюрат провозглашает себя освободителем итальянского народа от австрийского ига и обещает ему конституцию. Поскольку силы австрийцев в Италии были незначительны, Мюрату на первых порах удалось добиться значительных успехов.

К концу марта его войска (до 80 тыс. человек) заняли Папскую область и Тоскану, отбросили отряды австрийцев к Модене. Итальянцы повсюду встречали войска Мюрата с восторгом. Бывший якобинец вспомнил революционную риторику более чем 20-летней давности и умело использовал ее в своих интересах. 4 апреля Мюрат овладел Моденой. Но к этому времени австрийцы уже довели численность своих войск в Италии до 100 тыс. человек (генерал И. Фримон). У берегов Неаполитанского королевства появился английский флот. 8 апреля Мюрат взял Феррару, но штурм цитадели этого города окончился неудачей. Ничего не дал и повторный штурм, и Феррару пришлось оставить. Также неудачей закончилась и попытка неаполитанцев овладеть переправой через реку По у Оккиобелло (8—9 апреля 1815 года).

10 апреля австрийская армия в Италии перешла в контрнаступление, нанеся главный удар по левому флангу армии Мюрата у Крапи. Два крупных отряда неаполитанцев были разбиты близ Пистои (35 км северо-западнее Флоренции) и в беспорядке отступили на юг. К 12 апреля был разбит и правый фланг неаполитанской армии, после чего Мюрат отступил к Болонье, а затем вынужден был оставить и Флоренцию.

После всех этих неудач неаполитанская армия заняла сильную позицию на реке Ронко, но обойденная с фланга корпусом генерала Нейперга и атакованная с фронта главными силами австрийской армии не смогла отразить противника, несмотря на отчаянную кавалерийскую атаку, которую возглавил лично Мюрат.

После непродолжительной обороны Римини и Савиньяно войско Мюрата обратилось в беспорядочное бегство. Предложение Мюрата о заключении перемирия было отклонено австрийским командованием. Остатки армии Мюрата поспешно отступили к Анконе, но ее блокировал с моря английский флот, что заставило Мюрата продолжить отступление дальше на юг. В Фолиньо ему удалось собрать до 25 тыс. человек, с которыми он попытался остановить наступление преследующего его по пятам противника. В результате 2—3 мая при Толентино произошло решающее сражение между войсками Мюрата и австрийским корпусом генерала Бианки. Мюрат сражался с отчаянной храбростью и первоначально имел некоторый успех. Но подход на помощь Бианки корпуса генерала Нейперга решил исход сражения. Неаполитанская армия была окончательно разгромлена и начала поспешное отступление, которое вскоре превратилось в беспорядочное бегство. В ходе его большая часть неаполитанских солдат разбежалась, дезертировав из армии.

Тем временем австрийский генерал Нюжан занял Рим и двинулся на Неаполь. Мюрат еще раз с остатками своей армии (свыше 15 тыс. человек) попытался остановить противника, но был наголову разбит австрийцами при Сен-Джермано. При Ланзиано противник разгромил последние еще сохранившие боеспособность части неаполитанской армии и захватил всю артиллерию Мюрата. На реке Волтурно к австрийцам присоединился крупный отряд сицилийских войск. Передав командование уже несуществующей армией генералу Караскозе, Мюрат поспешил в Неаполь, где попытался воодушевить народ на продолжение борьбы и даже провозгласил конституцию. Но все его усилия оказались тщетными. Английская эскадра бросила якорь в гавани Неаполя, угрожая бомбардировкой. Основная масса неаполитанцев не желала проливать кровь за своего короля Джоакино (так они называли Мюрата) и предпочла капитулировать. Генерал Колетти заключил перемирие с австрийцами, в соответствии с условиями которого они занимали все основные города Неаполитанского королевства, в том числе и Неаполь.

19 мая Мюрат покинул Неаполь и направился в Гаэту, где находилась его семья. Однако английский военный корабль не допустил его судно пристать к берегу, и король Джоакино направился в Ишию, а оттуда взял курс на Францию (21 мая). Королева Каролина с детьми нашла убежище на английском корабле. С мужем ей больше не суждено было увидеться. Вспыхнувшее в Неаполе восстание сторонников Мюрата было быстро подавлено австрийцами. Вслед за тем их карательные отряды истребили отступившие в горы отряды сторонников прежнего режима. Высадившись в Канне, Мюрат предложил свою шпагу Наполеону, надеясь снова встать под его знамена. Но император не пожелал простить изменника. Если бы он и захотел помириться со своим родственником и принять его на службу, это неминуемо бы вызвало возмущение в армии. Поэтому решиться на такой шаг Наполеон просто не мог. Кроме того, он не мог этого сделать и по внешнеполитическим соображениям. Дело в том, что в этот период Наполеон как никогда нуждался в мире. Поэтому он не мог принять услуги человека, предпринявшего попытку развязать войну в Европе. Союзные державы сразу же истолковали бы такой шаг как потворство нарушителю мира и спокойствия в Европе и не замедлили бы использовать его как повод для объявления войны Наполеону. В ответ на обращение Мюрата к императору ему было сообщено: ждать решения императора и не покидать Францию. Впоследствии, уже находясь на острове Св. Елены, Наполеон сказал, что он в любом случае отказал бы Мюрату, ибо французская армия была настолько преисполнена в то время патриотизма, что едва ли согласилась бы принять в свои ряды человека, запятнавшего себя в трудный для родины час предательством. «Ему не следовало рассчитывать ни на что с моей стороны, кроме суровости, и я проявил редкую силу духа, не выказав к нему ненависти», — пояснил свою мысль император. Но при этом он добавил, что присутствие Мюрата на поле битвы при Ватерлоо, по всей вероятности, могло бы принести французам победу, поскольку исход сражения решил бы мощный и стремительный удар кавалерии, возглавить который мог только один Мюрат.

В ожидании решения императора Мюрат находился на юге Франции на положении частного лица. После катастрофы при Ватерлоо и второго отречения Наполеона его положение сделалось опасным. С возвращением Бурбонов в Париж во Франции, и особенно в ее южных районах, начал свирепствовать «белый террор». Один из вдохновителей его племянник короля Людовика XVIII Шарль Фердинанд Бурбон (герцог Беррийский) прямо заявил тогда: «Нам нужно начать охоту на маршалов. Стоит отстрелять 7 или 8 из них». Вне всякого сомнения, будь этот список принят, в него вошел бы и Мюрат. Министр полиции короля Людовика XVIII Ж. Фуше, чья репутация «цареубийцы» и известного мастера грязных дел не внушала ему особо радужных надежд на будущее при Бурбонах, решил выслужиться перед новыми правителями и заслужить их особое доверие[8]. С этой целью он составил т. н. проскрипционные списки наиболее опасных, по его мнению, противников нового режима и 24 августа 1815 года представил их королю. В них в основном фигурировали лица, наиболее верно служившие Наполеону в период «Ста дней». Из занесенных Фуше в эти списки около 60 человек 19 он предлагал немедленно предать суду военного трибунала (что практически обрекало их на верную смерть), а остальных отдать под надзор полиции до решения вопроса о мере их ответственности. Военный министр маршал Гувион Сен-Сир согласился с предложением министра полиции (большинство в списках составляли военные) и санкционировал проскрипционные списки своей подписью. Список военных «преступников» возглавлял бригадный генерал Ш. Лабедуайер, который в марте 1815 году первым перешел со своим 7-м линейным полком на сторону Наполеона. Ему не было еще и 30 лет. Но в отношении его месть Фуше оказалась запоздалой. Лабедуайер уже был осужден на смерть и расстрелян 4 августа на Гренельском поле.