У Марии была возможность продемонстрировать свою власть правящей королевы, предприняв решительные действия. В подобной ситуации Диана де Пуатье легко побудила бы своего монарха к массовым арестам; Екатерина Медичи отдавала бы приказы лично, и после лишь совершенно необходимых для пользы дела пыток за истину был бы принят сценарий, освобождавший ее даже от малейшего подобия вины; Елизавета принялась бы все отрицать и разыграла бы целый спектакль, обратив гнев на тех, кто подписал Крейгмилларское соглашение, и отправив их всех в Тауэр. Мария же, казалось, впала в прострацию и, находясь под полным влиянием Босуэлла, не сделала ничего. Сэру Джеймсу Балфуру, однако, было не до прострации: его обвиняли, и, пожалуй, справедливо, в том, что он приказал убить одного из своих слуг из опасения, что тот донесет на него. Морей, который конечно же находился в Файфе в ту роковую ночь, настойчиво просил паспорт для заграничного путешествия. Документы были ему выданы, и 7 апреля он спешно отправился в добровольную пятилетнюю ссылку. Теперь заговорщики были изолированы друг от друга, и настало время для их ареста. Но у Марии не было верных союзников, которые подтолкнули бы ее к действиям, которые она не хотела предпринимать. Единственным голосом, требовавшим правосудия, был голос графа Леннокса, отца Дарнли и заклятого врага Шательро и Морея. Мария лишилась поддержки всей знати, за исключением заговорщиков, которых она молчаливо поощряла; они же без всяких угрызений совести готовы были бросить ее на произвол судьбы. Как часто случалось в жизни Марии, она создала вакуум власти, и его заполнил граф Босуэлл. В конце марта Друри сообщал Сесилу: «Все делается через Босуэлла». Ходили упорные слухи, что Мария выходит за него замуж.

Босуэлл был человеком, готовым воспользоваться сложившимися обстоятельствами, а его жизненная философия была достойна главы мафиозного клана. У него не было продуманного плана по обретению короны Шотландии, он просто хватал то, что само шло ему в руки и приносило выгоду. В военном отношении он был известен как мастер быстрой внезапной атаки — эта тактика была наиболее эффективна при управлении беспокойным Пограничным краем. Как дипломат он предпочитал применять силу, а в случае сопротивления увеличивал ее до тех пор, пока противник не решал присоединиться к нему, чтобы не быть уничтоженным. Теперь же он осознал, что никто в стране не контролирует ситуацию, а королева сама по себе никогда ничего не предпримет. Плод власти созрел, его оставалось только сорвать.

Изумленная бездействием Марии, Екатерина Медичи писала ей, что если она не отомстит за смерть мужа, то будет не просто опозорена, а станет врагом Франции. Однако Мария по-прежнему бездействовала. После убийства Дарнли «она все время была либо больна, либо пребывала в меланхолии». Историк XIX века Дж. П. Лаусон утверждал: «Поведение королевы Марии в этот период демонстрирует такую покорность судьбе и такую глупость, какая может быть объяснена исключительно тем, что она находилась тогда под влиянием сильной, всепоглощающей и неконтролируемой страсти». В Тайном совете теперь не было Морея, да и единства между его членами тоже не было. Босуэлл, чья жена была больна, сделал первый шаг к власти. Он контролировал перемещение принца обратно в традиционную детскую — замок Стирлинг под присмотр опекуна графа Мара. Это позволило ему назначить сэра Джеймса Балфура, которого он считал верным союзником, комендантом Эдинбургского замка. То была почти фатальная ошибка.

Теперь Босуэлл располагал большим влиянием, чем когда-либо имел Дарнли, и Леннокс подал официальную петицию с требованием судить Босуэлла за убийство. 21 марта все еще пребывавшая в Сетоне Мария согласилась созвать парламент; пять дней спустя Леннокс потребовал, чтобы Босуэлла арестовали. Ничего не было предпринято, но 28 марта колебавшийся Тайный совет приказал Босуэллу 12 апреля предстать перед судом. После этого Леннокс заявил, что этого времени ему недостаточно, чтобы подготовить обвинение, и потребовал отсрочки. Он также написал Елизавете и попросил ее вмешаться.

Общественное мнение вынуждало Марию дать согласие на действия, направленные против «тех, кто ближе всех» к ней, но Босуэлл располагал собственными средствами, чтобы разобраться с судьями. В день суда Босуэлл привел с собой в город четыре тысячи вооруженных человек и разместил вокруг Толбута, где заседал суд, двести аркебузиров. Он полностью контролировал доступ на заседание, и «ни у кого не было достаточно храбрости, чтобы признать виновным такого опасного и беспринципного человека».

Когда Босуэлл собирался выехать из Холируда в сопровождении Летингтона и Мортона, прибыл Друри с письмом от Елизаветы, поддержавшей просьбу Леннокса об отсрочке. Друри передал письмо Летингтону, однако тот сказал, что королева все еще спит, и всадники двинулись в путь. Но дю Крок обратил внимание Друри на то, что «спящая» королева вместе с женой Летингтона Мэри Флеминг стоит у окна и живо машет рукой отъезжающему Босуэллу.

Босуэлл прибыл к Толбуту «в веселом и довольном расположении духа», несомненно, обеспеченном присутствием у дверей его двухсот аркебузиров. Ленноксу закон дозволял иметь шестерых сторонников, однако он послал только одного, Роберта Каннигэма, а его адвокаты желали получить сорокадневную отсрочку для сбора доказательств и грозили, что, если суд оправдает Босуэлла, они подадут апелляцию на основании сознательно допущенной судом ошибки. «Граф Мортон отказался судить в этой ассизе. Подтверждено, что во время заседания ни один судья не был приведен к присяге. Босуэлл объявил себя невиновным в убийстве и вызвал любого сомневающегося в этом на поединок». Обвинение зачитали, и судьи «долго совещались», однако никто не удивился, когда Босуэлла «оправдали в отношении убийства, хотя многие шептались, что он был виновен». Суд даже не заметил, что Босуэлла обвиняли в убийстве Дарнли, произошедшем 9 февраля, то есть за день до того, как оно на самом деле случилось. Менее чем через три недели Леннокс и его семья уехали в Англию.

Босуэлл, которого совершенно очарованная Мария осыпала подарками, усугубил положение, выехав верхом на лошади Дарнли и приказав перешить для себя некоторые его одежды. Портной, рискуя жизнью, сказал Босуэллу, что это правильно, поскольку «по обычаю нашей страны одежду покойного отдают палачу». После угрожающей паузы Босуэлл решил, что то была шутка, и портной остался жив.

Война листовок продолжалась: еще две оказались прикрепленными к Маркет Кросс. В одной из них приводился подробный список заговорщиков, другая же предупреждала о развитии событий, утверждая, что никто не может «по совести» разлучить Босуэлла и его жену даже после того, как он убил мужа своей предполагаемой невесты, «которая дала ему обещание задолго до убийства».

16 апреля Мария прибыла в Толбут, чтобы открыть заседание парламента. Она всегда блистала в ходе этой церемонии — осыпанная драгоценностями, уверенная в том, что услышит приветственные крики обожающей ее толпы, окруженная своей знатью. Теперь Босуэлл нес ее скипетр, Аргайл — вместо Морея — корону, а Крауфорд — королевский меч. Ее почетный караул, обычно предоставлявшийся бейлифами Эдинбургского совета, теперь не просто выполнял церемониальные функции, но реально защищал королеву и состоял из ее собственных аркебузиров. Жители Эдинбурга больше не радовались своей королеве.