10 января Мортон был в Бервике, откуда написал Сесилу, благодаря его за благородное поведение по отношению к нему, пока он находился в изгнании. Его послание выглядит как записка, отосланная хозяйке дома с благодарностью за приятный уик-энд, проведенный в загородном поместье.

2 января 1567 года Мария написала Елизавете, благодаря ее за то, что она решилась подвергнуть исследованию «предполагаемое» завещание Генриха VIII, и обещая отправить к ней членов своего совета для переговоров по данному делу. Мария поблагодарила Бедфорда за его приезд и подарила ему золотую с бриллиантами цепь стоимостью две тысячи крон. Можно предположить, что с дю Кроком и де Бриенном обошлись столь же щедро. Мария прекрасно знала о неудачных интригах Дарнли, в том числе и о его безумном плане захватить власть, собрав во Франции армию вторжения. Хотя теперь король перебрался в дом своего отца в Глазго, истерически утверждая, что его отравили, он по-прежнему находился в опасной близости от замка Стирлинг и принца Якова. Поэтому королева вздохнула с облегчением, когда 14 января свита Якова прибыла в Холируд, доставив принца к матери, под ее защиту и покровительство.

Теперь Дарнли был изолирован, и королева, казалось, поступала согласно планам заговорщиков, начавших приводить в действие Крейгмилларское соглашение.

Арчибальду Дугласу, брату Мортона и родственнику Босуэлла, принадлежал замок Уиттинхэм у самого Данбара. Именно туда 14 января 1567 года и прибыл Мортон для встречи с Босуэллом и Летингтоном. Там они пришли к соглашению относительно деталей убийства Дарнли. Лорды также понимали, что Марии скоро исполнится двадцать пять лет и она, согласно действующим шотландским законам, в день своего рождения может отменить все сделанные ею ранее земельные пожалования. Поощряемая Дарнли, она могла бы отменить все пожалования протестантам, однако теперь у них появилась возможность устранить угрозу своему благосостоянию, выполнив не произнесенное вслух пожелание своей королевы.

Мария отправила собственного врача лечить Дарнли, прекрасно осознавая, что на западе усиливается соперничавшее с ее собственной властью могущество Ленноксов. Провост Глазго Уильям Хейгейт привез ей известия о заговоре Дарнли, ставившем целью захватить принца Якова и провозгласить себя регентом, отправив Марию в тюрьму. Поэтому королеве было выгоднее держать Дарнли в Эдинбурге под постоянным надзором. В сопровождении Босуэлла и Хантли она отправилась в Глазго. Подобный эскорт был необходим, ведь Дарнли, находившийся теперь в наследственных землях Ленноксов, мог попытаться совершить переворот. Понимая, что присутствие графов в Глазго может быть истолковано как враждебное действие, лорды проводили королеву до Крейгмиллара, а последний этап путешествия был проделан под охраной Шательро, поскольку владения клана Хэмилтонов располагались неподалеку. Мария взяла с собой и собственную охрану — алебардщиков.

В Глазго Марию встретил слуга Дарнли Томас Крауфорд и сказал ей, что граф Леннокс опасается встречаться с королевой лично после «резких слов», произнесенных в Стирлинге. Мария ответила, что «против страха нет лекарства». Она и Дарнли встретились 25 января. Дарнли был прикован к постели, а при приближении к нему чувствовалась отвратительная вонь. Маска из тафты прикрывала его лицо, от которого отвалились куски сгнившей плоти, от носа почти ничего не осталось. Он смиренно молил Марию: «Я все еще очень молод (мне всего двадцать лет), и вы готовы сказать, что уже много раз меня прощали. Но разве человек моего возраста не может при отсутствии доброго совета, а его я полностью лишен, пасть дважды или трижды, но затем покаяться и обрести мудрость в своем опыте?.. Я не хочу ничего другого, кроме как жить с вами как муж с женой». Мария допросила его относительно обвинений Хейгейта, и Дарнли ответил, что узнал о некоем соглашении, заключенном в Крейгмилларе, и боится, что его зарежут во сне. Мария проигнорировала эти слова и обещала, что, когда он оправится от болезни, они снова станут «делить стол и постель», а она лично будет делать ему сероводородные ванны, когда они поселятся в Крейгмилларе. В конце концов тщеславие Дарнли одержало победу над здравым смыслом, и он согласился на предложение Марии. Позднее в частной беседе Крауфорд сказал ему, что теперь он будет не свободным человеком, а скорее пленником.

Дарнли прибыл в Эдинбург 31 января после длительной поездки, в ходе которой его везли на конных носилках. Он немедленно начал жаловаться, что Крейгмиллар находится слишком далеко от столицы — расстояние составляло три мили, — а в Холируде было слишком сыро. Босуэлл тут же предложил превосходный выход из положения: дом на Кирк-о-Филд был свободен и Дарнли мог поселиться там. Король, знавший, что у Шательро есть дом в окрестностях Кирк-о-Филд, решил, что его поселят именно в нем, и сразу согласился. Его предположение оказалось неверным. Дом, о котором шла речь, принадлежал Роберту Балфуру, брату сэра Джеймса Балфура, который составил Крейгмилларское соглашение. Дом служил Босуэллу, а сам Роберт Балфур разместился в соседнем доме. Смотрителем дома был Хёпберн из Болтона, родственник Босуэлла, и, разместив Дарнли и свиту, он немедленно сделал дубликаты всех четырнадцати ключей от дома и покоев. Дарнли легкомысленно оказался во власти Босуэлла, так что появилась возможность приступить к последней части заговора.

События следующих нескольких дней исследовались и обсуждались так часто, как ни одно другое историческое событие, за исключением, может быть, убийства президента США Кеннеди в 1963 году. Не существует беспристрастных показаний, а все свидетели, многие из которых заговорили только под пыткой, были полны решимости избегать упоминаний о каком-либо личном соучастии.

Кирк-о-Филд являлся резиденцией настоятеля церкви Сент-Мэри-ин-де-Филдс (Святой Марии в полях). Перед церковью был квадратный двор, за ней — небольшой сад, а дом настоятеля находился в его юго-западной части и соседствовал с владениями сэра Джеймса Балфура. Это было двухэтажное здание с большим приемным покоем, или залом, на первом этаже, дверь из которого вела в меньшую комнату, иногда использовавшуюся в качестве спальни. Под ней находился винный погреб. Небольшая винтовая лестница вела на второй этаж, в коридор которого выходили двери двух маленьких комнат для слуг и, с восточной стороны, большей комнаты размером шестнадцать на двенадцать футов. Эту комнату и занял Дарнли. Ее окно выходило на городскую стену и переулок, именовавшийся Воровским. Постель Дарнли стояла у противоположной стены, а чтобы сдержать распространение запаха сероводорода, ванна была накрыта дверью, которую для этого специально сняли с петель в другой комнате. Убранство завершали небольшой турецкий ковер на полу, подушки, стол и стул, стены прикрывали несколько гобеленов; одни изображали сцены охоты на кроликов, другие — победу над Гордонами при Корричи, словом, все выглядело довольно примитивно. На первом этаже в комнате, находившейся непосредственно под спальней Дарнли, Николя Юбер по приказу Маргарет Карвуд поставил небольшую кровать, обитую желто-зеленым бархатом и застланную меховым покрывалом. В этой комнате в пятницу 7 февраля и субботу 8 февраля спала Мария. Она проводила время с мужем или леди Рерс, порой напевала для Дарнли в саду, под его окнами, поскольку ее, по всей видимости, изгоняло из спальни сочетание запаха сероводорода и тела самого больного. Пока Мария проводила ночи в Кирк-о-Филд, Дарнли был в безопасности. Однако убийцы знали, что 9 февраля Мария собиралась посетить свадьбу своего слуги Себастьяна Паже и одной из своих дам — Кристины Хогг. Поэтому в ту ночь Дарнли должен был остаться практически один: все его слуги — Джордж Далглиш, Уильям Поури, Джеймс и Хоб Ормистоны, а также Патрик Уилсон — получили плату от Босуэлла, а Джон Хёпберн и Джон Хэй приходились ему родственниками. Камердинер Дарнли Уильям Тейлор спал в его комнате на полу, двое личных слуг — Томас Нелсон и Эдвард Саймондс — у двери в коридоре. Кроме них в доме оставались только прислуживавший Тейлору мальчик и два грума. Сейчас, прежде чем улучшение в ходе болезни позволило бы ему вернуться в Холируд, Дарнли был наиболее уязвим. Предвидя такую возможность, сэр Джеймс Балфур купил пороха на 60 шотландских фунтов; этот порох был размещен в находившемся рядом доме его брата. Порох в качестве орудия убийства давал возможность совершить его, не находясь непосредственно на месте преступления — насколько это позволяли технологии того времени.