На самом деле Мария была потрясена вполне предсказуемыми результатами Крейгмилларского соглашения и, издав прокламацию, в которой за информацию об убийстве предлагалось две тысячи шотландских фунтов и пожизненная пенсия, не знала, что делать дальше. Находясь практически в состоянии шока, 12 февраля, во вторник после убийства, она посетила свадьбу дамы своей опочивальни Маргарет Карвуд. Затем она направилась в Сетон, где сумела забыться настолько, что приняла участие в соревновании лучников на стороне Босуэлла против Хантли и Сетона. Последние проиграли состязание, и им пришлось заплатить за обед победителей в соседнем городке Транент.

Сразу после убийства не были произведены аресты, и «Хроника повседневных событий» сообщала: «Говорили, что на это изменническое деяние, подобного которому никогда не случалось в королевстве, дали согласие многие знатные люди. Граф Босуэлл был ближе королеве, нежели то дозволяла честь». В июне 1567 года были собраны свидетельские показания, тогда официально допросили и основных подозреваемых. Всех подвергли серьезным пыткам, и показания их приобрели подозрительное сходство. В них утверждалось, что Босуэлл привез порох из Данбара и разместил его в своих покоях в Холируде. На самом деле порох купил Балфур, а поскольку в его доме, расположенном рядом с домом настоятеля, имелся отличный винный погреб, его наверняка хранили там. Хэй показал, что Босуэлл приказал ему быть готовым 7 февраля, а потом — что он, Гаури, Хёпберн и оба Ормистона получили от графа указания в четыре утра 9 февраля; в десять утра порох переместили в дом на Кирк-о-Филд, перевезя его на лошадях в «больших седельных сумках». Затем Босуэлл оставил Дарнли и вернулся во дворец, чтобы сменить свои одежды, расшитые серебром, на более практичный черный бархат. Люди видели, как он входил в Эдинбург через ворота Незербоу, так что, по крайней мере, эта деталь «показаний» соответствовала истине. Далее утверждалось, что Босуэлл лично наблюдал, как порох в бочонках переносили в комнату под спальней Дарнли, хотя согласно одной из версий порох находился в больших бочонках, которые не проходили через двери, так что его пришлось пересыпать. Однако Мария увидела Французского Париса с перепачканным лицом, когда вместе с Босуэллом покидала дом вечером 9 февраля, так что порох должен был быть перенесен раньше. Все версии сходились на том, что порох насыпали горой на полу. Однако в таком состоянии порох легко-воспламеним, но не взрывоопасен. Чтобы вызвать взрыв такой разрушительной силы, порох должен был быть упакован в небольшие сумки наемником Джеймсом Кулленом. Затем Хёпберн поджег запал, запер дверь и присоединился к Босуэллу в саду, где они и оставались, пока не произошел взрыв. После этого заговорщики разошлись в разные стороны; по дороге домой, в Лит, Хёпберн обронил копию ключей у ближайшего колодца, Кварри Хоул. Босуэлла заметила дворцовая стража; он, однако, уверил их, что является «другом лорда Босуэлла», и его пропустили. Потом он отправился в постель в своих покоях в Холирудском замке. Через полчаса его поднял дворцовый страж Джордж Хэкетт, принесший известие: «Короля взорвали. Король мертв!» Показания Французского Париса от 9 августа 1569 года и Ормистона от 13 декабря 1573 года подтверждают эти невероятные рассказы. Специалист по взрывчатке Куллен был допрошен и подтвердил слова остальных, после чего ему позволили бежать.

Правдоподобие практически не имело значения, так как все показания без исключений возлагали вину на Босуэлла; ни один другой представитель знати не был упомянут. Из добытых показаний явно вытекало, что Босуэлл действовал один и только он несет ответственность. Поскольку все остальные были его подчиненными, они были обязаны выполнять его приказы. Это было очень удобное решение, поскольку к тому времени, когда были собраны все эти показания, сам Босуэлл находился в изгнании.

Сразу после убийства распространились слухи о соучастии Марии. Гусман, испанский посол при дворе Елизаветы, слышал, что Мария была в Данбаре с Аргайлом, Босуэллом и Мортоном. Он немедленно решил, что Мария заранее знала о готовящемся убийстве, и пришел к заключению: «Даже если королева сумеет оправдаться, дело все равно останется темным». На самом деле Марии в Данбаре не было, однако Гусман уже связал ее с основными заговорщиками.

Когда известия достигли Елизаветы, она реагировала со своей обычной практичностью, приказав запереть все двери, ведущие в ее покои, оставив лишь один хорошо охраняемый вход. Королева высказала Гусману свои сомнения в том, кто был настоящим виновником, и вновь был поднят роковой вопрос о новом браке. Елизавета послала Киллигру расследовать положение дел в Шотландии и передала с ним письмо к Марии, написанное в самых сильных выражениях:

«Мадам, я не верю своим ушам, а сердце мое исполнено ужаса после получения известий о страшном и отвратительном убийстве… Я не могу скрывать от Вас, что жалею Вас больше, чем его. Я не исполнила бы своего долга верного друга и родственницы, если бы не призвала Вас защитить свою честь, а не смотреть сквозь пальцы на необходимость отомстить тем, кто сослужил Вам такую службу… Я советую Вам принять это дело близко к сердцу, так, чтобы Вы не опасались затронуть тех, кто ближе всех к Вам. Тем самым Вы покажете всему свету, какой благородной правительницей и верной женой являетесь».

Письмо демонстрирует всю эффективность тайной службы Елизаветы. Точное воспроизведение фразы «смотреть сквозь пальцы» может быть совпадением, однако явно намекает, что подслушивавший под дверями слуга сообщил Елизавете о содержании Крейгмилларского соглашения. Кроме того, настолько прямо, насколько это возможно между двумя независимыми правительницами, Марии было сказано арестовать Босуэлла — «тех, кто ближе всех к вам». В то же самое время Лондона достиг ложный слух, будто бы лорды Марии сказали ей, что «так как она теперь — одинокая женщина… ей стоит разделить ложе с Босуэллом». Киллигру немедленно были даны инструкции прекратить всякие намеки на сохранение «дружбы» и непременно настаивать на ратификации Эдинбургского договора. В начале марта Киллигру был принят Марией «в темной комнате и не мог видеть ее лица», однако счел ее весьма огорченной.

Савойский посланник Моретта тоже имел подозрения о непосредственном соучастии Марии в преступлении. Он сообщал, что на воротах Холируда был помещен плакат со следующими словами: «Я вместе с графом Босуэллом и прочими, чьи имена вскоре будут объявлены, совершила это деяние». Босуэлл реагировал на это вполне типичным для него образом: пообещал, что, когда автор этого поклепа будет обнаружен, он «омоет руки его кровью». Друри сказал о нем: «Когда он говорит с любым, кто не служит ему, его рука ложится на рукоять кинжала, а лицо приобретает странное выражение».

В начале марта появился новый плакат, снова выдвигавший обвинения в убийстве и прямо связывавший Марию с Босуэллом. На нем была изображена обнаженная русалка с короной на голове (в то время «русалка» на уличном жаргоне означала проститутку). В правой руке русалка держала морской анемон, символизировавший женские половые органы, а в левой ее руке была свернутая сеть, с помощью которой она пленяла неосторожных моряков. Поскольку изображение русалки было обрамлено королевскими инициалами «МЯ», не оставалось никаких сомнений в том, кого оно подразумевало. Под ним был изображен заяц — символ Босуэлла, принадлежавшего к семейству Хёпбернов, — и буква «Н», окруженная обнаженными мечами. Для людей XVI века, разбиравшихся в тонкостях геральдики, намек был прозрачен: шлюха Мария соблазнила жестокого Босуэлла.