Мария даровала Босуэллу титул герцога Оркнейского и, как уверяют, сама возложила ему на голову герцогскую корону. 15 мая чету обвенчал в капелле Холируда Адам Босуэлл, епископ Оркнейский, в соответствии с протестантским обрядом. Это произошло в десять вечера, и за венчанием не последовали «ни праздник, ни развлечения». Один из современников заметил, что брак «заключили неподобающим образом». Лорд Херриес умолял Марию не выходить замуж за Босуэлла, а дю Крок предупреждал, что такой шаг ей будет стоить дружбы с Францией. По иронии судьбы из первых двух браков Марии один был династическим, а второй — поспешным, хотя и необходимым для продолжения королевского рода, однако обе свадьбы праздновались с большим размахом. Третий же брак, по крайней мере для невесты, был браком по любви, но свадьбы практически не было. Первый супруг оставил Марию вдовой, второй был убит всего тремя месяцами ранее, и прошло всего пятнадцать месяцев с тех пор, как она сама подарила леди Джин Гордон подвенечное платье из серебряной парчи по случаю ее свадьбы с Босуэллом. Великолепное образование, достойное Гизов, оказалось совершенно бесполезным: теперь Мария изолировала себя даже от тех представителей шотландской знати, которые оставались ей верны. Общественное мнение отразилось в памфлетах, прибитых к воротам Холируда; в них цитировался Овидий: Mense malas maio nubere vulgus ait («Только шлюхи выходят замуж в мае»). Дэвид Юм в своей «Истории Англии» пишет: «На живших за границей шотландцев обрушилась такая волна неодобрения, что они старались не показываться в публичных местах». Мария написала Елизавете: «Здесь все время возникали раздоры и заговоры, и поскольку это случалось так часто и в таких ужасных формах, мы оказались неспособными в одиночку выносить бремя и страдания». Королева не объявляла Босуэлла невиновным, но утверждала только, что «он был оправдан по нашим законам». Елизавета сказала об этом браке, что «ей, как и любому монарху, трудно его переварить».

Вскоре после похищения Мария прочувствовала весь ужас своего положения. 1 мая в Стирлинге была сформирована конфедерация знатных дворян, поставивших своей целью «добиться освобождения королевы, уберечь принца от врагов под опекой графа Мара, очистить королевство от позорящих его последствий убийства нашего короля». На языке политики это означало, что выскочка Босуэлл зарвался и его пора поставить на место. Полная перемена в позиции знати, ранее с энтузиазмом подписавшей соглашение в таверне Эйнсли, показала, как быстро Босуэлл достиг своего: от короны его отделял лишь один шаг.

После смерти Якова V Шотландией управляла королева-регентша, за ней — девочка, получившая образование во Франции, но не сумевшая стать для страны сильной правительницей. Теперь, когда принц Яков находился в пределах досягаемости лордов благодаря опеке графа Мара, дворяне готовились к ставшей им хорошо знакомой за 130 лет ситуации — регентству при несовершеннолетнем короле. Среди прочих за это выступали Аргайл, Атолл, Мортон и Мар. Трое из них подписали Крейгмилларское соглашение. В новой конфедерации к ним присоединились графы Гленкайрн, Кассилис, Эглингтон, новый граф Рутвен и еще одиннадцать человек. Учитывая, что Шательро и Морей все еще находились за границей, нужно отметить, что эта конфедерация почти точно воспроизводила ту, что выступила против брака Марии с Дарнли во время «Загонного рейда».

Лорды чувствовали себя настолько уверенными, что, находясь в Стирлинге, заказали постановку маски «Убийство Дарнли и судьба Босуэлла». В заключительной сцене игравшего Босуэлла мальчика повесили под громкие аплодисменты. Повешение оказалось слишком реалистичным, и прошло некоторое время, прежде чем мальчик-актер смог прийти в себя. После спектакля участники конфедерации отправились в свои владения собирать войска.

Марии никогда раньше не приходилось собирать армию, а ее доход от «третей» исключал такие траты. Поэтому она впервые за все время правления столкнулась с серьезной нехваткой средств. Она повысила налоги лишь однажды — чтобы заплатить за крестины сына. Теперь она продала золотую и серебряную посуду и драгоценности и даже хотела расплавить подарок Елизаветы — золотую купель, чтобы начеканить монеты и заплатить войскам.

Романтические мечты Марии быстро развеялись под натиском реальности. Похоже, она не подозревала о том, что все отношения Босуэлла с женщинами сводились к сексуальному подчинению, вслед за чем женщины оказывались брошенными. Босуэлл не таил своих измен — «слезам и жалобам Марии не было конца». Его разведенная жена Джин Гордон все еще жила в замке Крайтон, и граф регулярно посещал ее. Дю Крок сообщал, что граф продолжал считать Джин своей женой, а королеву — своего рода законной сожительницей. Никакие правила общественной жизни не касались графа Босуэлла. Он постоянно ревновал Марию, свое последнее приобретение, не дозволяя ей никаких контактов с мужчинами, и устроил ей жестокую выволочку за сравнительно невинный жест — она позволила себе подарить коня все еще не вполне вменяемому графу Аррану. Босуэлл также удалил всех служанок Марии и заменил их своими доверенными слугами, которые держали ее под постоянным наблюдением. Насколько глубоко несчастной из-за всего этого чувствовала себя Мария, можно судить по ее словам, сказанным дю Кроку в день свадьбы: «Я хочу умереть». В другой раз она в присутствии Мелвилла потребовала принести нож, заявив, что хочет убить себя, и добавила: «Или же я утоплюсь». Разумеется, королева не имела намерений совершить самоубийство, ее поведение — это невольный жест отчаяния, показывающий всю его глубину. Поразительным образом ранее презираемого всеми Дарнли теперь в памфлетах именовали «благородный Генри», а эдинбуржцы, встречая Марию, приветствовали ее возгласами: «Боже, храни королеву!» — но при этом добавляли: «Если она невиновна в смерти короля». По рукам ходила баллада на смерть Дарнли, начинавшаяся строками: «Прощайте, счастье и невинные забавы! Прощайте, ночь и день». Время придавало его образу очарование мученика.

На людях Мария поддерживала впечатление полного счастья, выезжала на верховые прогулки с Босуэллом, участвовала вместе с ним в состязаниях. Босуэлл часто пренебрегал придворным протоколом, появляясь в обществе Марии с непокрытой головой, а она превращала все в шутку, лично надевая шляпу ему на голову. Он издавал прокламации, словно был уже королем или протектором. Нет нужды упоминать, что Мария покорно следовала за ним, издав еще одну прокламацию в защиту протестантской религии. Придворные отметили, как огрубел ее язык. Следуя примеру вечно сквернословящего мужа, Мария однажды очень резко выразилась в адрес лордов: «Атолл — слабак, что же до Аргайла, я хорошо знаю, как заткнуть ему рот. Мортон же только что стянул сапоги, и они все еще грязны; его стоит послать обратно туда, откуда он пришел» — то есть обратно в ссылку.

Жизнь при дворе была лишена всякой радости. Слуг стало меньше, но зато появилось гораздо больше солдат, а из советников только Летингтон и Хантли оставались верны Марии. На самом деле Хантли стал весьма сомнительным союзником Босуэлла после того, как тот цинично развелся с его сестрой, и даже просил разрешения удалиться от двора. Мария отказала ему, заметив, что знает: он хочет пойти против нее, подобно его отцу, сражавшемуся при Корричи. Это замечание было не просто неуместным, оно было обидным и оскорбительным. В результате Хантли и его сторонники немедленно укрылись в безопасности Эдинбургского замка. Замок находился под контролем сэра Джона Бал фура, тайно перешедшего на другую сторону, о чем Босуэлл не подозревал. Летингтон чувствовал, что Босуэлл угрожает его жизни, и в конце концов примкнул к лордам конфедерации. После этого Шотландия фактически лишилась правительства, если не считать Босуэлла, которого теперь считали узурпатором.