Совет провел весь день в спорах относительно исхода сражения при Карберри. Раньше лорды предполагали держать королеву в плену и править от имени младенца Якова, однако они не были готовы к обрушившейся на них реальности — присутствию в столице полуобнаженной королевы-пленницы, вопящей из окна второго этажа как сумасшедшая. Вразумить ее отправили Летингтона как самого хладнокровного и дипломатичного из всех. Мария продолжала кричать на Летингтона, обвиняя его в измене, до тех пор, пока тот не успокоил ее и не заставил поверить в то, что он — ее единственный друг из числа знати. В девять вечера королеву навестил Мортон и сказал ей, что, как только стемнеет, ее перевезут в Холируд. Поскольку была середина июня, Марию доставили во дворец только в одиннадцать часов вечера и там наконец приготовили ужин и прислали к ней служанок. Возможно, теперь ей создадут подобающие условия, думала Мария, хотя слуги больше не преклоняли колени, прислуживая ей, а Мортон все время ужина простоял за ее креслом. Королеве не дали возможности переодеться, и ей пришлось самой зашить разорванный корсет, поскольку чистую одежду ей обещали принести утром.

Все это на самом деле было обманом. Пока голодная королева торопливо поглощала первый ужин за два дня, слуга подтвердил Мортону, что можно отправлять Марию дальше. По приказу графа посуда была убрана, хотя Мария еще не закончила есть, и ей сказали, что теперь ее будут сопровождать только двое слуг, но зато ей разрешат навестить принца Якова. Королеве даже не позволили взять ночную рубашку, и это навело ее на мысль, что за ней последует обычная свита. Было уже за полночь, когда Марию под охраной отправили в Лит и отдали в руки Рутвена и Линдси, которые переправили ее через Форт в Норт-Квинсберри. Она ожидала, что кортеж последует на запад, к Стирлингу. К ее полному изумлению, лорды устремились на север, к Лохливену. Там, на острове посреди озера, стоял замок сэра Уильяма Дугласа. Мария посещала замок много раз и наслаждалась охотой на берегах озера, однако теперь поняла, что ее везут туда как пленницу. Надеясь, что ее спасут, пока она проделывает последние десять миль по направлению к озеру, она решила ехать медленнее — в конце концов, она была на третьем месяце беременности, — но члены ее кортежа стали сами подстегивать ее лошадь. На берегу королеву встретили сэр Уильям и его братья; ее перевезли через озеро на остров и ввели в комнату на первом этаже, составлявшую часть покоев Дугласов и торопливо обставленную принадлежавшей семье старой мебелью. Дверь заперли, и Мария вновь осталась одна, на ней все еще было платье, которое она надела в Сетоне два бесконечных дня тому назад.

Совет решил, что Марии не следует дозволять «предаваться своей неразумной страсти», поэтому «ее нужно лишить общества упомянутого графа Босуэлла», чье местонахождение было по-прежнему неизвестно. В оказавшуюся бесплодной погоню за графом были посланы Грэндж и Таллбардин, которых он оскорбил при Карберри. Тем временем сэру Уильяму Дугласу был отдан официальный приказ содержать Марию под стражей, «не нанося ей вреда», до тех пор, пока «не созовут новый суд по случаю жестокого и коварного убийства благородного короля Генри, супруга королевы».

В числе прочих обитателей замка Лохливен была мать сэра Уильяма, «старая дама»; то была не кто иная, как Маргарет Эрскин, также приходившаяся матерью незаконнорожденному сыну Якова V графу Морею. Она всем сердцем ненавидела Марию за то, что та была законной дочерью. Из остальных членов семьи в замке присутствовал лишь младший сын — красавец Джордж Дуглас. Тюремщиками королевы должны были стать Рутвен и Линдси. Остров почти полностью занимали замковые строения. Замок, построенный в XIV веке, представлял собой четырехэтажное здание с единственным входом на уровне третьего этажа и соседствовавшей с ним круглой башней; вид из нее на озеро закрывался основным зданием замка. Именно в эту мрачную башню после пребывания в покоях Гордонов в конце концов поместили Марию. Местоположение башни лишало королеву возможности подавать сигналы людям на берегу. Теперь она была полностью отрезана от друзей и находилась в руках совета, который 16 июня отдал приказ о ее аресте, подписанный Мортоном, Гленкайрном и Хоумом. На Линдси и Рутвена была возложена неприятная обязанность оставаться на острове и присматривать за заключенной. Остров представлял собой идеальное место для тайного убийства.

Аргайл, Хантли, Арброт и восемь менее влиятельных лордов поклялись спасти Марию, но были бессильны сделать что-либо, разве что объявить о своей верности. Враждебные ей лорды теперь пытались завершить дело, уничтожив католический алтарь в Королевской капелле Холируда, затем захватили посуду и одежду во дворце; впрочем, большая часть драгоценностей Марии находилась в Данбаре под защитой Патрика Уилсона. Лордам было необходимо опровергнуть обвинения в их причастности к убийству Дарнли, но даже если они знали о том, что в распоряжении Марии находится копия Крейгмилларского соглашения — хотя трудно себе представить, что она смогла оставить ее при себе, несмотря на все ожидавшие ее в Эдинбурге испытания, — она не могла использовать ее. Что же до остального, то лорды выследили всех людей, вовлеченных в заговор Кирк-о-Филд, начав с несчастного капитана Блэкаддера, которого, хотя он скорее всего ни в чем не был виновен, повесили; ему также вспороли живот и четвертовали. Схватили Поури, Хэя, Хёпберна и остальных; они под пыткой дали показания, очернявшие Босуэлла. Всех их повесили. Единственных независимых свидетельниц — двух домохозяек — так и не допросили подробно; вероятнее всего, им сказали, что от их молчания зависит их жизнь. Французский Парис дал довольно путаные показания, подтверждавшие, впрочем, принятую всеми версию, а когда Сесил стал настаивать на повторном его допросе, несчастного пажа поспешно повесили. Уилсону и Ормистону удалось бежать, и они бесследно исчезли. Так удалось установить удобную всем истину: Босуэлл с согласия королевы и при помощи подчинявшейся ему банды головорезов убил Дарнли, намереваясь захватить корону. Все остальные были невиновны. Некоторые даже поверили в эту историю.

19 июня, возможно, произошло событие, породившее многотомные исторические труды. Мортон утверждал, что в тот вечер он ужинал с Летингтоном, когда слуга доложил ему: в Эдинбурге видели Томаса Хёпберна, Джона Кокбёрна и Джорджа Далглиша. Все они были людьми Босуэлла, всех их разыскивали, так что Мортон отправил своих людей арестовать их. Томас Хёпберн бежал, Джона Кокбёрна арестовали. У Далглиша нашли «различные улики и письма», однако он отрицал, что хранит другие документы. Мортон не поверил ему и приказал поместить его на ночь в Толбуте в клетку, настолько маленькую, что в ней невозможно было встать во весь рост или лечь. В Тауэре подобное устройство называлось «малой клеткой». После ночи, проведенной в клетке, в дальнейших пытках не было необходимости: на следующий день Далглиш с готовностью отвел Роберта Дугласа, агента Мортона, в свою комнату и вытащил из-под кровати серебряную шкатулку. Эта шкатулка принадлежала Босуэллу, но ранее находилась на хранении у Балфура в замке. Перед сражением при Карберри Босуэлл послал за шкатулкой, однако предатель Балфур передал ее в руки Далглиша. На следующее утро в присутствии Атолла, Мара, Гленкайрна, Летингтона и еще пяти лордов вскрыли замок шкатулки. В ней обнаружили «письма, контракты, сонеты и прочие бумаги». Мортон лично хранил шкатулку. Он не сообщает о том, что свидетели удосужились хотя бы просмотреть ее содержимое. Впрочем, все они желали очернить Марию и Босуэлла и предпочли бы сначала внимательно прочесть документы, а уже потом делать утверждения. Шкатулка стала знаменитой бомбой замедленного действия в истории Марии Стюарт, причем к тому времени, когда ее содержимое было предано гласности, Джордж Далглиш — единственный человек, который мог подтвердить или опровергнуть историю Мортона, — был к всеобщей радости казнен.