Мария, впрочем, была отнюдь не лишена друзей. Ходили слухи, что на западе собирает силы партия Хэмилтонов, стараясь не спровоцировать лордов на действия против нее. Партия королевы, однако, не позволила герольдам объявить о ее отречении и коронации Якова. В день коронации в Дамбартоне было подписано соглашение между Хэмилтоном, архиепископом Сент-Эндрюсским, Аргайлом, Хантли, Арбротом, Гэллоуэем, Джоном Лесли, епископом Росским, Херрисом и другими. Документ требовал освобождения Марии. В Англии гнев Елизаветы не уменьшался, и Сесил боялся, что она может решиться на открытую войну. Впрочем, он доверительно сообщил Трокмортону, что причины ее поведения состояли в том, что, во-первых, она желала создать у народа впечатление, что ни в коем случае не одобряет содержания монарха под арестом, а во-вторых, она не хотела допустить прецедента, который можно было бы впоследствии обратить против нее самой.

Как только 12 апреля Морей прибыл в Эдинбург, Трокмортон нанес ему визит. Морей сказал ему, что примет на себя регентство, хотя и не без дипломатичного колебания. Вместе с Мореем приехал французский посол де Линьероль, который открыто заявлял: тонкости дипломатии требуют создать впечатление, будто Франция оказывает давление с целью освободить Марию, которая была суверенной правительницей, невесткой его короля, а между странами существовала долгая традиция дружеских отношений. Посол не имел намерений добиваться доступа к Марии и, сообщив о своем поручении лордам, должен был немедленно вернуться во Францию.

Три дня спустя, 15 августа, Морей в сопровождении Атолла, Мортона и Линдси навестил Марию. После ужина Морей проговорил со своей сводной сестрой два часа наедине. Их беседа странным образом напоминала их встречу в Реймсе шесть лет назад, в 1561 году. В тот раз Морей, тогда еще просто лорд Джеймс, был отправлен лордами узнать, «что у королевы на уме»; вместе они выработали условия, на которых Мария могла вернуться и править в Шотландии. Теперь Морей должен был указать причины, по которым она не могла больше оставаться королевой, а он заменял ее в качестве регента. Существуют две сильно отличающиеся одна от другой версии этой встречи.

Первая версия была изложена Мореем Трокмортону. «Он (Морей) вел себя по отношению к ней скорее как духовный наставник, нежели советник». Мария вынуждена была посмотреть в лицо фактам: она пришла к власти в относительно благополучной стране, поддерживавшей добрые отношения с Англией и Францией, официально признавшей Реформацию и теперь постепенно ее принимавшей; прошлые раздоры знати постепенно отходили в прошлое по мере того, как дворяне принимали власть сильного монарха, а торговля с Англией и континентальной Европой процветала. Вместо сильного монарха Шотландия получила прекрасную девушку, предпочитавшую политике развлечения и своим своевольным браком испортившую отношения с Англией; ее игнорировала французская королева, пришедшая в ужас из-за ее возможного участия в убийстве короля, а ее невнимание к государственным делам поставило страну на грань гражданской войны. Морей оставил Марию в тот вечер, «не надеясь ни на что, кроме милосердия Божьего». Неудивительно, что Мария горько плакала.

Собственную версию событий Мария изложила Клоду Но десять лет спустя. Морей прибыл на берег озера, высокомерно оседлав одну из лошадей Марии, и, к ее большому удовольствию, свалился с нее прямо в воду. Как именно она рассмотрела это происшествие из своей тюрьмы, остается тайной. Морей повел себя вовсе не так почтительно, как подобало бы человеку, ужинавшему в обществе своей правительницы; позднее ей пришлось напомнить ему о долге по отношению к королеве. Он спросил ее совета относительно того, стоит ли ему принять регентство, ведь другие кандидаты могут и не относиться к Марии со свойственной ему мягкостью. Она напомнила ему, что единственная обладает законной властью перед Богом, а те, кто готовы ее узурпировать, с легкостью заменят его. Мария сказала Морею: «Тот, кто не держит слова, когда должен, вряд ли сдержит его, когда нет обязательств». Все его слова о ее покровительстве и защите Мария сочла обманом. Она попросила вернуть ей кольцо, которое было подарено ей Генрихом II. Морей отказался, заявив, что лорды вынуждены конфисковать ее драгоценности на тот случай, если она решит использовать их, чтобы финансировать свой побег. Клод Но прокомментировал: «Тут проявилось все высокомерие этого несчастного, который не поколебался обратить личную собственность королевы против нее».

Как всегда, истина лежит посередине между этими двумя версиями, ведь оба участника помнили только то, что им хотелось помнить в соответствии с их намерениями. Морей был по понятным причинам зол на свою сводную сестру и сожалел, что в свое время отправился за ней во Францию, тогда как Мария, словно бы заткнув уши, не слышала ничего, кроме несправедливых упреков в адрес монарха, который по данному ему от Бога праву стоял над людьми.

Шесть дней спустя, 22 августа 1567 года, «герольды и трубачи» у Хай-кросс в Эдинбурге провозгласили Морея регентом Шотландии. Он поклялся, подчиняясь королю, охранять истинную веру, созывать парламент и не поддерживать контактов с Марией без ведома Тайного совета. Де Линьероль уехал во Францию с обычной коллекцией серебряной посуды, а Трокмортон немедленно сообщил о произошедшем Елизавете, которая в ответ дала ему позволение сообщить партии Хэмилтона о ее поддержке. Партия королевы опять отказалась позволить герольдам сделать объявление на западе страны.

Когда Мария прослышала о том, что 15 декабря Морей созывает парламент, то увидела в этом возможность публичного рассмотрения ее дела и написала Морею длинное письмо. Она напомнила, что всегда обращалась с ним как с родным братом, а не как с незаконнорожденным, и доверяла ему управление всем королевством с тех пор, как оно перешло к ней. Она требовала разрешения на парламентские слушания, обещая, что, если парламент того потребует, она «отречется от власти, данной ей Богом».

Морей отказался дать разрешение, а 4 декабря Тайный совет подтвердил существование бумаг, «написанных ею собственноручно», которые указывали на соучастие Марии в убийстве Дарнли и даже обвиняли ее в заговоре с целью погубить младенца Якова. Постепенно стали распространяться слухи о Крейгмилларском соглашении, и, по сообщению Друри, Летингтон сжег все существовавшие его копии, за исключением одной, касавшейся «участия королевы; сохраненной, чтобы показать при случае». Чтобы увязать между собой тюремное заключение Марии и регентство Морея, собравшийся 15 декабря парламент придал действиям мятежных лордов законную форму. Убийство Дарнли, мятеж Босуэлла и заключение Марии в Лохливене произошли «по вине самой королевы». Босуэлла описали как «главного исполнителя указанного ужасного убийства». Прозвучало требование заслушать письма Босуэлла и Марии, но их не предъявили, хотя парламентариев заверили в том, что они доказывали: «Она заранее знала и соучаствовала в упомянутом убийстве короля, своего законного супруга». Парламент также отметил «передачу короны и власти в королевстве, совершенную ее милостью королевой, дражайшей матерью нашего господина, подтвержденную ее письмами, подписанными лично и запечатанными ее личной печатью 24 июля». Парламент также мудро ратифицировал все сделанные Марией земельные пожалования, тем самым не давая ей возможности отозвать их в день своего рождения. Мария больше не была королевой Шотландии, она сама провозгласила: «Мы так расстроены и опечалены, что наши тело и дух не в состоянии сохранять силу в данной ситуации. Поэтому мы отказались от управления нашим королевством».