Но трудностей в начатом предприятии возникало невероятно много, что требовало от Бальбоа проявления большого мужества, энергии, настойчивости и терпения. Довольно скоро обнаружилось, что лес для каравелл, с такими огромными трудами заготовленный на восточном берегу и перенесенный на плечах индейцев через перешеек, почти сразу по прибытии разъедался червями, и материалы пришлось все-таки разыскивать и готовить на новом месте. Но когда они наконец были подготовлены и уложены на складах, произошло сильное наводнение, которое унесло их большую часть. Строительную верфь пришлось полностью перенести на один из островок. Все эти работы нужно было вести в условиях острого недостатка продуктов питания, так как широкая река, на которой находилась верфь, отрезала строителей от индейских источников снабжения, что в итоге потребовало возведение большого моста. Узнав об этих трудностях, Педрариас прислал зятю отряд помощи, благодаря чему удалось завершить строительство двух каравелл.

Когда эти два парусника были готовы, Бальбоа отправился на них в поисках продуктов на острова залива Сан Мигель, но при возвращении обнаружил, что в его отсутствие работы на верфи очень замедлились, и одновременно узнал о пришедших неофициальных сообщениях относительно предстоявшей смены Педрариаса на нового губернатора Лопе де Coca, который до этого работал на таком же посту на Канарских островах. Желая узнать более точно о возможных переменах в руководстве, Бальбоа поручил своему другу Гаравите, уезжавшему за товарами на восточное побережье, доехать до Дариена и попытаться получить там интересовавшие его сведения. В недалеком прошлом Гаравита доставил Бальбоа немалые неприятности, пытаясь овладеть его неофициальной индейской женой Анаянси, но после начальной ссоры на этой почве Васко простил друга, но последний решил отомстить ему за собственную неудачу в вероломном поведении. Приехав в Дариен, Гаравита представил Педрариусу документ, в котором ложно обвинял Бальбоа в вынашивании заговора против губернатора и в краже его доли собранных ценностей, добавив к этому, что он продолжает свою порочную связь с Анаянси даже после заключения брака с его дочерью. После этого он доложил просьбу Бальбоа о продлении на один год срока завершения подготовительных работ в связи с возникшими трудностями.

Хитрый Педрариас передал обвинительные документы Гаравиты для включения в судебное дело, которое вел против его зятя теперь разбогатевший на разбое завистливый Эспиноса, мечтавший отомстить Бальбоа. Одновременно губернатор поддержал просьбу своего зятя на заседании совета колонии, но только на четыре месяца. Тем временем Бальбоа успешно наладил работы, и дело стало хорошо продвигаться вперед. Через несколько недель он получил сообщение от Педрариаса о продлении срока работ на четыре месяца и одновременно приказ приехать в Дариен для обсуждения некоторых срочных дел. Бальбоа очень не хотелось оставлять руководство работами, но после раздумий он все-таки решил поехать на эту встречу.

К этому времени в Акла и в Дариене колония находилась в состоянии необычного возбуждения в связи с ожидаемым приездом нового губернатора, серьезным недовольством тираническим правлением Педрариаса и ставшим известным неожиданным вызовом Бальбоа в Дариен. Сам Бальбоа прибыл с острова, где шли работы, на перешеек континента почти без охраны, и, когда он направился с пристани в форт перед ним, возникла группа вооруженных солдат под командованием его старого друга и товарища по оружию Франсиско Писарро. Последний, несколько смущаясь, сообщил в ответ на высказанное Бальбоа недоумение такой встречей, что по приказу губернатора он должен его арестовать и отвезти в тюрьму в Акла в цепях. Через два дня в Акла прибыл в парадной форме сам губернатор и навестил своего зятя в тюрьме, где объяснил, что принял эту меру для удовлетворения просьбы королевского казначея, у которого якобы были претензии по поводу сокрытых Бальбоа ценностей и других обвинений.

Вероломный Педрариас уже до этого приказал арестовать нескольких друзей своего зятя, а его старому другу Писарро пообещал назначить его на место Бальбоа за совершение самого ареста, чем вызвал их отчуждение. После этого губернатор поручил Эспиносе провести судебный процесс над своим зятем и его арестованными друзьями, а сам уехал осматривать построенные на Южном море каравеллы. Но проведение суда стало затягиваться из-за появившегося у Эспиносы и его подручных страха перед возможным пересмотром дела новым губернатором или запросами со стороны короны. Для большей уверенности в искомом исходе по согласованию с Педрариасом они приказали Гаравите переписать обвинения против Бальбоа с включением в них прямого обвинения в подстрекательстве к восстанию против губернатора. Эспиноса полностью переписал приказ, устанавливавший корпус обвинений против Бальбоа, переполнив его всеми возможными и невозможными ложными сведениями за много лет жизни аделантадо в Новом Свете, приписав ему и сообщничество в преступных деяниях с еще четырьмя колонистами. На основании нового придуманного состава преступлений Педрариас потребовал от Эспиносы вынести своему зятю смертный приговор.

В сложившейся тогда ситуации у Бальбоа не оказалось поблизости никаких влиятельных защитников: епископ Кеведо уже давно вернулся в Испанию, а донья Исабел находилась далеко в Дариене. Вернувшийся из экспедиции Эрнандо де Сото был потрясен вынесенным приговором своему земляку и наставнику в воинском искусстве, но он был совершенно бессилен облегчить его судьбу — он был всего лишь одним из мелких подчиненных могучего и жестокого губернатора. Однако несмотря на озлобленный настрой Педрариаса, который считал причиной его замены происки Бальбоа и его сообщников, он все-таки разрешил де Сото попрощаться с ним перед казнью. Вслед за Эрнандо Бальбоа навестил для последнего исповедания священник, так как проведение казни было спешно запланировано уже на следующее утро.

С восходом солнца 21 января 1519 года по поселку Акла прокатились первые волны барабанной дроби, призывавшие колонистов собраться на центральной площади. Бальбоа вывели из тюрьмы и повели к месту казни, куда уже стекались толпы людей под крики глашатая, объявлявшего обвинения против аделантадо Южного моря в предательстве и узурпации королевских земель. Уже на площади Бальбоа перед всем собравшимся народом заявил о своей невиновности и обратился к короне с апелляцией по вынесенному ему приговору. Эспиноса ожидал, что такая апелляция будет сделана приговоренным, и для ускорения всей процедуры расправы заранее приготовил ее текст. После заявления Бальбоа он тут же передал этот текст от его имени Педрариасу, который наблюдал за всем происходящим из открытого окна своей резиденции. Получив апелляцию, губернатор тут же вернул ее обратно, заявив, что он не позволит вовлекать Испанию в это дело, и приказал немедленно привести приговор в исполнение.

Был почти полдень, когда после состоявшегося соборования Бальбоа положил голову на плаху перед замершей толпой колонистов, которая взорвалась чувствами ужаса после тяжелого удара острого топора. Но самой устроенной им самим казни собственного зятя жестокому губернатору было еще недостаточно, так как он сразу же приказал посадить его отрубленную голову на кол и поставить его на одном из углов площади для большего позора. Вслед за этим были подобным же образом казнены четыре «сообщника» аделантадо. Наступившим вечером Эрнандо де Сото с несколькими колонистами предал земле обезглавленное тело своего земляка и учителя. Так трагически закончилась яркая жизнь Васко Нуньеса Бальбоа — первооткрывателя Южного моря, которое некоторое время называлось также Морем Бальбоа, а затем стало называться Тихим океаном, одного из самых благородных открывателей и конкистадоров огромных пространств Америки. Его имя увековечено в истории открытий и в многочисленных названиях на территориях стран Центральной и Южной Америки.