Тем временем Педрариас приступил к организации новых экспедиций, в том числе к побережью Южного моря. Главное поручение в этом предприятии он дал своему заместителю Хуану де Айора, которому предписывалось основать три новых поселения. Айора прошел с огнем и мечом по землям индейцев, подвергая людей пыткам, захватывая силой их золото, драгоценности, женщин, продукты и отлавливая рабов. За короткий срок он умудрился разрушить остатки того дружественного отношения к испанцам, которое так терпеливо и умело выстраивал Бальбоа В ответ на бесчинства и зверства пришельцев индейцы стали захватывать некоторых из них в плен, убивать и наказывать заливанием расплавленного золота в их горло. При возвращении из похода Айора задабривал губернатора и других руководителей колонии золотом и рабами. Он вскоре стал жаловаться на свое здоровье и отбыл в Испанию с первой попутной каравеллой, а после его отъезда выяснилось, что ему удалось тайком вывезти крупное количество награбленного у индейцев золота

В марте 1515 года в Дариен прибыли две каравеллы, которые привезли письма короля для Васко Бальбоа. Король был очень обрадован дошедшей до него с опозданием важнейшей новостью об открытии Бальбоа Южного моря и решил оказать ему свою полную поддержку. Фердинанд наделил его титулами аделантадо Южного моря, а также губернатором и генерал-капитаном провинций Койба и Панама. Наконец-то королевская справедливость восторжествовала. Однако завистливый и мстительный Педрариас захватил письма, предназначенные Фердинандом для Бальбоа, и отказался выдать их адресату. Тогда донья Исабел послала де Сото с тайной запиской об этом епископу Кеведо, который был настолько возмущен действиями губернатора, что обвинил его в нарушении королевского приказа и потребовал рассмотрения дела на совете руководителей колонии. На созванном заседании Педрариас настаивал на том, что он якобы не может передать письма короля Бальбоа до завершения над ним «суда резиденции». У губернатора было немало рычагов давления на членов совета, и благодаря их применению некоторые из них пошли у него на поводу, что привело к невозможности принятия решения.

Тогда справедливый Кеведо на следующее утро во время службы в церкви в присутствии всех поселенцев и группы принявших христианство индейцев заявил о том, что никто не может выступать против решений короля вознаградить Бальбоа за огромные услуги, оказанные им короне, и потребовал передать адресованные ему письма Фердинанда. Среди прихожан, которым была хорошо известна вся эта история, прокатился гул одобрения. Сразу же после службы было вновь собрано заседание городского совета. На нем Кеведо прямо обвинил Педрариаса в уголовном и гражданском нарушении воли короля и от имени церковной власти заявил, что за такие деяния ему придется отвечать перед богом. Губернатор не рассчитывал, что епископ может решиться на столь резкое и смелое обвинение и, не желая восстанавливать против себя церковь, пошел на уступку. Свою роль в изменении позиции Педрариаса сыграла и его жена донья Исабел

На следующее утро Бальбоа получил от губернатора королевские грамоты и объяснение причин задержки в их передаче. Бальбоа заверил генерала в своей лояльности короне и ему самому, а затем отправился благодарить епископа Кеведо и донью Изабел за их доброе участие в его судьбе.

Но генерал на этом поражении не успокоился и решил направить Бальбоа не на берег Южного моря, который тот уже хорошо знал и где мог рассчитывать на помощь своих друзей индейцев, чтобы принести наибольшую пользу короне, а в самый трудный и опасный район джунглей, населенный враждебными и воинственными туземцами, рассчитывая на его явную гибель, тяжелое заболевание или вероятное поражение с невыполнением поставленной задачи. А чтобы гарантировать ожидаемый результат, Педрариас составил отряд Бальбоа из примерно 200 самых ленивых и неспособных обитателей колонии. Васко согласился возглавить порученную экспедицию, хотя и выразил сожаление, что его не направляют на Южное море, где он мог бы принести наибольшую пользу интересам Испании.

Отряд Бальбоа отправился в глубину джунглей, кишевших крокодилами, змеями и москитами среди топких болот, на 20 каноэ. В один из дней похода испанцы, одетые в тяжелые и удушающие в тропической жаре боевые металлические доспехи, попали в засаду огромной массы индейских воиноа Бальбоа сумел отбить это нападение и выбраться с группой людей на речной берег, но более половины из них не умели плавать и утонули. Сам Бальбоа получил ранение, и ему едва удалось в этом состоянии организовать погрузку людей на оставшиеся каноэ и построенные плоты, а затем добраться до Санта-Марии.

Весть о поражении отряда Бальбоа, а это было вообще первое военное поражение Васко в его жизни, привела Педрариаса, как он того и хотел, в настоящее бешенство. Его гнев возрос еще больше, когда до него дошли слухи, что выздоравливавший от ран Бальбоа обсуждает со своим другом Гаравито планы экспедиции на побережье Южного моря, сама идея которой в голове его соперника была анафемой для завистливого губернатора. Чтобы расправиться с Бальбоа, Педрариас приказывает посадить его в деревянную клетку до решения городского совета о его казни или высылке под суд в Испанию. Узнав об этом, донья Исабел снова призывает на помощь благородного и справедливого епископа Кеведо, посылая к нему с запиской, как и в прошлом, верного Эрнандо. Кеведо тут же направился к губернатору, призывая его немедленно освободить Бальбоа, угрожая в противном случае сообщить об этом деле королю в письме или даже лично. Понимая, что такой исход может подорвать его позицию при дворе, Педрариас освободил Васко из клети и посадил его в тюрьму.

Но такая полумера совершенно не удовлетворила Кеведо, который после совещания с доньей Исабел призвал ее мужа осуществить полное и убедительное примирение с Бальбоа в интересах благого и мирного управления делами колонии. Таким шагом он считал брак Бальбоа с одной из старших дочерей губернатора, находившейся в Испании. Немало удивленный таким оборотом истории своей борьбы против Бальбоа, Педрариас почти целую ночь совещался с доньей Исабел, а на следующее утро приказал выпустить узника из тюрьмы и привести на встречу у епископа Кеведо, к которому он тоже прибыл вместе со своей супругой. После совещания Кеведо объявил в церкви о браке доньи Марии Пеньялосы, второй дочери губернатора, находившейся в Сеговии, с аделантадо Южного моря и идальго из старого аристократического рода в Херес-де-лос-Кабальерос Васко Нуньеса де Бальбоа. Донья Исабел затем устроила по этому случаю пышный торжественный обед для высшего руководства колонии, на котором председательствовал сам губернатор. Все полагали, что теперь Педрариас оставит своего зятя в покое, но старый генерал, как оказалось, лишь отложил время своей расправы с Бальбоа до другого подходящего случая.

Губернатор, с одной стороны, стал призывать Бальбоа начать готовить экспедицию на другую сторону перешейка, а с другой — сам более ускоренными темпами уже вел работу по отправлению туда же своего главного помощника Гаспара Моралеса с отрядом в 150 человек. В число этих людей Моралес включил и своего непосредственного подчиненного по свите Педрариаса Эрнандо де Сото. Для Эрнандо эта экспедиция должна была стать его первым настоящим военным походом, где ему предстояло проявить свою волю, выдержку и боевые качества. Вместе с ним были еще два совсем юных участника, которым предстояло стать на многие годы его очень близкими друзьями: Эрнан Понсе де Леон и Франсиско Кампаньон.