На следующее утро Педрариас вызвал Бальбоа на продолжительную встречу, в ходе которой он просил его подробно доложить о положении дел в колонии, о реках и шахтах, где добывалось золото, о союзниках среди местных вождей, а также об открытии Южного моря, о землях перешейка и о его западном побережье. Заслушав подробный устный доклад, губернатор отметил важные достижения Бальбоа и попросил его представить детальный письменный рапорт с изложением всех этих сведений, а также предложения о необходимых мерах по дальнейшему освоению новых земель. Письменный доклад уже ждал Педрариаса, когда он на следующее утро сел за свой рабочий стол

В течение последующих двух дней новый губернатор продолжал встречаться с Бальбоа для уточнения многих рабочих вопросов. Тогда же последний ближе познакомился с Эрнандо и после беседы со своим земляком предложил юному пажу давать уроки фехтования, на что тот с радостью согласился. Но этим тренировкам суждено было продолжаться всего несколько дней, так как они были прерваны объявлением, зачитанным глашатаем в разных концах поселения, которое потрясло всех колонистов. В этой прокламации Педрариас провозглашал начало процедуры «суда резиденции губернатора» против Васко Нуньеса Бальбоа. Последнему предъявлялся длинный список обвинений, составленный лично самим генералом на основании состряпанной Энсисо ложной информации и сведений якобы представленных в прошлом рядом поселенцев. Главное обвинение касалось приписываемой Бальбоа ответственности за исчезновение и гибель Диего Никуэсы — партнера Охеды и Энсисо, за что он должен был заплатить огромный штраф в несколько тысяч кастельянос золотом и тут же быть посажен в тюрьму. Злые происки Энсисо против Бальбоа как нельзя лучше отвечали интересам Педрариаса, который не мог спокойно пережить его огромные успехи и, видя в нем теперь еще и будущего соперника в предстоящих открытиях очень богатых стран по ту сторону перешейка, хотел просто убрать его с дороги. Бальбоа не оказал сопротивления этой чудовищно несправедливой мере, но заявил, что она не является королевским правосудием, поскольку был уверен, что после открытия Южного моря ему не может быть отказано в поддержке монарха Испании.

Заключение Бальбоа в тюрьму вызвало взрыв негодования среди колонистов, а само это проявление его популярности, в том числе и солдат, еще больше взбесило неуравновешенного и взбалмошного губернатора Энсисо и несколько его сообщников делали все возможное, чтобы еще больше опорочить Бальбоа, но у него тоже нашлись влиятельные защитники в лице епископа Кеведо и доньи Исабелы. Эти последние прекрасно видели огромные заслуги Бальбоа в обеспечении колонии мирной жизнью и продуктами питания, в установлении необходимых для ее выживания великолепных отношений с сильными индейскими племенами и их вождями, а также в достижении авторитета и популярности среди солдат и поселенцев благодаря его справедливости и благородству в обращении с ними. Епископу Кеведо удалось убедить нового мэра Санта-Марии Эспиносу в том, что Педрариас не только использует ложные обвинения и подтасованные факты против Бальбоа, но и что, затевая это недостойное дело, совершает превышение собственных полномочий. Эспиноса согласился снять с Бальбоа всякую вину, но приказал выплатить Энсисо высокий штраф. Не желая сдавать своих позиций, Педрариас тогда предпринял попытку выслать Бальбоа в кандалах в Испанию, чтобы он предстал там перед судом, но под давлением неутомимого епископа согласился выпустить узника на свободу, надеясь в ближайшее же время отправить его в трудную и опасную экспедицию подальше от друзей и защитников.

Бальбоа смог выйти на свободу, но за несколько недель его пребывания в тюрьме жизнь в колонии резко ухудшилась. К тому недовольству и неспокойствию, которые были вызваны несправедливым арестом и тюремным заключением бывшего временного губернатора, теперь каждодневно прибавлялось растущее разочарование не только отсутствием легкого золота, но и усугублявшимися элементарными условиями жизни. Дружественные племена индейцев после ареста Бальбоа перестали доставлять в колонию продукты и поставлять рабочую силу. Другие группы местных жителей продолжали вести себя враждебно и постоянно досаждали поселенцам, которые теперь не могли рассчитывать на помощь их бывших союзников. Жара, невероятная влажность и вездесущие насекомые изводили европейцев, которые не могли найти от них защиты или облегчения. Ко всем этим бедам добавился сильный пожар, в котором сгорел основной склад с продуктами и товарами, а привезенный из Испании провиант сгнил и был выброшен как непригодный для питания. В довершение всех проблем индейцы исчерпали интерес к испанским безделушкам и теперь не хотели вступать с поселенцами в обмен товарами. В колонии начал распространяться настоящий голод, слабеющие люди умирали в растущем числе как от болезней, так и от отсутствия питания.

Педрариас, который был в немалой степени повинен в сложившемся положении, возникшем из-за ареста Бальбоа и последствий разрушения кропотливо и умно созданной им системы управления колонией и добрых отношений с индейцами, пережил настолько большое разочарование и недовольство после нескольких месяцев в Золотой Кастилии, что стал обдумывать план возвращения в Испанию с передачей дел ряду своих приближенных. Сам 70-летний губернатор начал часто болеть, что еще больше подталкивало его к идее отъезда, но против этого решения твердо выступило большинство членов совета колонии как противоречившего указаниям короля. Губернатору пришлось отказаться от такого плана, но чтобы сократить число недовольных и без конца жалующихся на жизнь в колонии людей, он приказал выделить отдельное судно, чтобы вывезти на Кубу всех нежелающих оставаться, а многих других, включая Бальбоа, решил разослать в разные исследовательские экспедиции. По совету медиков он перенес свою резиденцию за несколько миль от Дариена в более климатически здоровое место на берег реки Коробари.

Среди уехавших на Кубу новых друзей или добрых знакомых Эрнандо де Сото были лоцман Хуан Веспуччи и бравый солдат Бернал Диас дель Кастильо. Сам он переехал с семьей Педрариаса на новое место и помимо выполнения своих обязанностей при ней находил время для более углубленного ознакомления с новой землей, джунглями, ее растительностью, животным миром, обычаями индейцев, не забывая совершенствовать свое мастерство наездника и воина. Но жизнь в окружении диких джунглей была далеко не легкой и требовала немалой выдержки и приспособления к ее требованиям и неожиданностям. Далеко не все были к этому готовы, и поэтому неудивительно, что к концу 1514 года, то есть 6 месяцев спустя после прибытия, более 500 человек умерли, несколько сот приехавших с крупной флотилией в страшном разочаровании вернулись обратно в Испанию или перебрались в более гостеприимные части Нового Света. Те же, кто все-таки решили остаться, в своем большинстве считали необходимым удовлетворить свои мечты об обретении богатства более простым и скорым путем — путем применения силы против местного населения. Лишь более опытные старожилы во главе с Бальбоа и разделявший их подход епископ Кеведа более надежным и выгодным, хотя и более длительным, рассматривали путь постепенного освоения новых земель при поддержке индейцев, что было возможно только при поддержании с ними добрых дружественных отношений. Эти разные подходы определили постепенное разделение колонистов на две противоположные группировки.