Пока он отсутствовал, среди воинского отряда в Гренаде произошел раскол, вызванный намерением Фернандеса де Кордобы отделиться от губернатора Панамы и объявить себя губернатором Никарагуа, запросив поддержку Кортеса и согласие короля через Санто-Доминго. Это намерение превратилось в факт после проведения встречи совета города, который поддержал план де Кордобы. Несколько капитанов выступили в поддержку своего командира, но де Сото отказался предать Педрариаса, и, ко всеобщему удивлению, был посажен в тюрьму. Но его верные друзья Понсе де Леон и Кампаньон с тридцатью своими солдатами без особого труда смогли освободить Эрнандо и уйти в Панаму.

Борьба между испанцами за богатые и живописные земли Центральной Америки стала превращаться в жестокую междоусобную бойню. Гонсалес Давила столкнулся в Никарагуа с войском Кристобаля де Олида и был взят им в плен. Сам Олид, окрыленный собственными успехами, поднял восстание против власти Кортеса, но был разбит и обезглавлен. Кортес в свою очередь в это время занялся исследованием Гондураса, все ближе приближаясь к Никарагуа, но восстание в столице Мексики заставило его повернуть обратно.

Для де Сото и его товарищей путь в Панаму оказался очень трудным, но одновременно и полезным, так как он проходил частично по новым землям, ценность которых они приняли к сведению на будущее. Взбешенный предательством де Кордобы, Педрариас, радостно встретивший группу своих лояльных командиров и солдат, сообщил им, что новый поход в Никарагуа уже почти подготовлен и что он поведет его сам. Он тем более торопился подчинить себе Никарагуа, поскольку получил сообщение, что новый губернатор Золотой Касталии Педро де лос Риос должен был прибыть в Дариен со дня на день и тем самым лишить его возможности учредить свой контроль над новыми территориями.

Перед отправлением в новый поход де Сото, Понсе де Леон и Кампаньон провели серьезное деловое обсуждение своих планов на будущее и с учетом извлеченных уроков из своего опыта заключили между собой юридически оформленное соглашение об организации собственного дела по исследованию и освоению новых земель. Они договорились внести в это предприятие все свои личные средства, которые при смерти кого-либо из них переходили по наследству к оставшимся в живых партнерам, если в завещаниях не предусматривалось иного. На эти средства они планировали приобрести два или больше судна и при необходимости даже финансировать экспедиции других. Их планы включали ведение шахтных работ по добыче золота и организацию сельскохозяйственных ферм. Все доходы должны были делиться между ними, а соглашение предусматривалось выполнять во всех деталях.

Первым полем применения их плана должна была стать Никарагуа, куда они отправлялись с Педрариасом после короткого отдыха в Панаме. 80-летний губернатор по-прежнему наводил страх повсюду, где он появлялся, так как его страшная репутация опережала его приезд. При его въезде в Гренаду перепуганный де Кордоба явился к нему по своей инициативе и тут же был брошен в тюрьму. Все рассчитывали, что за этим последует суд над повстанцем, но правосудие Педрариаса было гораздо более быстрым и решительным; через несколько минут после ареста де Кордобы из тюрьмы был вынесен кол с его кровоточащей головой. Так завершилась карьера одного из главных первооткрывателей, исследователей и конкистадоров Никарагуа, где Фернандес де Кордоба заложил несколько городов, которые продолжают существовать и сегодня.

Вновь овладев Гранадой, Педрариас приступил к организации управления во всей Никарагуа, а в это же время его капитаны вели борьбу с отрядами Кортеса и восстаниями индейских племен. Совет по делам колоний в Санто-Доминго тем временем назначил Диего Сальседу губернатором Гондураса, который прибыл туда в 1526 году и принудил находившихся там людей Кортеса подчиниться ему. Очень скоро он вступил в конфликт и с железным Педрариасом, объявив Никарагуа своей территорией под названием Королевство Леон.

Это произошло в очень непростое для старого генерала время, так как тогда новый губернатор Золотой Кастилии прибыл в Панаму, а вместе с ним туда приехали королевский аудитор и старший судья Сальмерон и королевский контролер Овьедо. Первое, что сделали вновь прибывшие сановники, было наложение ареста на все имущество и всю прислугу Педрариаса, но последний решил защищаться всеми доступными средствами. Оставив вместо себя тройку верных людей для управления Никарагуа и ведения войны с претендентами на эту территорию, губернатор прибыл в Панаму. Шел 1527 год.

Приехав в Панаму, Педрариас постепенно установил дружеские отношения с де лос Риосом и даже стал его советником. Он умело уговорил нового губернатора совершить поездку в Никарагуа, чтобы познакомиться с проблемами этой территории, где ему предоставлялась также прекрасная возможность обменять на золото большой обменный товар, который, как узнал ловкий генерал, был привезен им из Испании. За время отсутствия нового губернатора Педрариас рассчитывал подорвать планировавшийся над ним суд резиденции и одновременно ожидать ухудшения дел в Никарагуа без его жесткой руки в назидание его сменщику.

Де лос Риос попал в Никарагуа, которая буквально разваливалась у него на глазах из-за бесконечных военных столкновений различных групп испанцев и восстаний жестоко притесняемых индейцев. Сальседо, осуществляя свой план по подчинению себе Никарагуа из Гондураса, совершил поход на Леон, где он посадил в тюрьму назначенных Педрариасом чиновников в лице Беналькасара и Эспиносы. Через некоторое время он встретился там же с прибывшим лос Риосом, с которым у них возник страшный спор о юрисдикции над Никарагуа, в котором каждый безуспешно отстаивал свою позицию. Совершив хорошие коммерческие сделки по обмену привезенного товара на золото, лос Риос уехал из Никарагуа с убеждением, что лучше оставить эту страшно беспокойную землю отдельно от его территории. В то же самое время де Сото и его друзья готовили письмо королю от имени жителей Леона и его окрестностей с утверждением необходимости сделать Никарагуа отдельной губернской территорией.

Расчет прозорливого генерала снова оказался правильным: корона уверовала в утверждение, подсказанное самим Педрариасом, что только его железная рука может исправить в Никарагуа положение, отделила ее от Панамы и утвердила его ее губернатором, приказав при этом Сальседо оставаться в Гондурасе и оставить понравившуюся ему соседнюю землю в покое. Параллельно со всеми этими событиями деловое предприятие де Сото и его друзей по золотодобыче развернулось полным ходом и скоро сделало их одними из самых богатых людей Леона, которые через короткое время встречали вернувшегося сюда Педрариаса в его новом качестве — губернатора Никарагуа.

Педрариас теперь имел возможность рассчитаться со строптивым Сальседо в Гондурасе, где по его плану вездесущий дьявол Гаварито организовал настоящий дворцовый переворот, арестовав губернатора. Педрариас заставил Сальседо расплатиться за весь ущерб, который тот причинил Никарагуа, а после семи месяцев тюрьмы отпустил его в Гондурас продолжать губернаторство с обещаниями никогда больше не влезать в дела его территории.

Аля Эрнандо де Сото и его друзей — деловых партнеров — наступило довольно спокойное время, когда они могли почти полностью заняться своими золотодобывающими шахтами, совершать спокойные поездки по всей территории Никарагуа в поисках подходящих угодий для своего бизнеса и даже участвовать в турнирах лучших воинов. Де Сото был уже одним из наиболее известных боевых капитанов колонии и неизменно выигрывал такие состязания, став чрезвычайно популярным молодым человеком среди женщин. С одной из них, которая была дочерью солдата по имени Мария, у него завязался настоящий роман, закончившийся рождением девочки. В 1527 году Эрнандо участвовал в качестве свидетеля на суде Педрариаса в Панаме, где губернатор был полностью оправдан. Наладившаяся спокойная и богатая жизнь де Сото была омрачена неожиданной кончиной его близкого друга, товарища по оружию и партнера по бизнесу Франсиско Кампаньона, который, согласно заключенному договору, оставил все свое состояние Эрнандо и третьему участнику предприятия — Понсе де Леону. Завещание Франсиско сделало его товарищей еще более богатыми людьми, но они очень переживали эту большую для них потерю.