Поговорив с женой и матерью, Антипатр совсем пал духом. Он предстал перед Варом. Ирод не мог сказать ни слова от волнения и поручил обвинение секретарю Николаю Дамасскому. Этот обычно кроткий человек выступал крайне жестко, подкрепляя обвинения массой изобличающих документов. На это Антипатр призвал Бога явить чудо, чтобы продемонстрировать его невиновность. Но Бог отступился от Антипатра. Вар сказал, что хотел бы убедиться, действительно ли является ядом зелье, приготовленное для Ирода. В суд привели осужденного на казнь преступника и заставили его выпить. Тот выпил и тут же упал замертво. Ирод принялся составлять третье завещание на имя Антипа II, сына самаритянки Малфаке. В завещании он с благодарностью за своевременные донесения упомянул сестру Саломею. Ее предупреждения насчет Антипатра действительно всегда были полностью оправданны. Антипатр был схвачен и брошен в темницу.

Арабский главный министр Силлей не выполнил своих денежных обязательств перед Римом, и Ирод получил полномочия принять меры к нарушителям. Ирод с победой вернулся домой, с пленными и добычей. Но в пылу битвы Ирод опять превысил свои полномочия и этим вызвал ярость Августа. У Силлея было много причин ненавидеть Ирода. Ирод действительно когда-то помешал Силлею жениться на его сестре. Силлей отправился с жалобой в Рим, сгустил краски, описывал жестокости Ирода на арабских землях. Август считал недопустимыми войны между монархиями-клиентами и с грустью осознал, что на старого Ирода нельзя больше полагаться. Все усилия Ирода по строительству отношений между его царством и Римом разом сошли на нет. Август в резких тонах написал Ироду, что если до того он считал его другом, то отныне будет относиться к нему как к простому подданному. В том же послании Август лишал Ирода исключительного права самому назначать наследника.

Арабы почувствовали, что Ирод лишился особого отношения Рима. В Петре произошел дворцовый переворот. Трон захватил один из врагов Силлея, присвоивший себе царское имя Арет IV. Август был возмущен: только он имел право назначать царя. Арабский и иудейский цари попали в немилость, и оба из-за Силлея. Ирод отправил в Рим своего красноречивого секретаря Николая Дамасского, который уверил Августа в том, что Силлей его обманул и преувеличил, описывая арабские потери. Август смягчился, но вернуть в полной мере прежнее расположение Ироду не удалось.

В 17 году до н. э. в царстве Ирода было принято постановление приносить присягу царю. От нее освобождались ессеи и фарисеи — по принципиальным соображениям их веры. Прежде Ироду было важно лояльное отношение этих групп, он не хотел вступать с ними в конфликт и освободил от присяги. Но в 7 или 6 году до н. э., пытаясь угодить Августу, он потребовал от подданных принести присягу и себе, и Августу. Фарисеи снова отказались присягать. Отношения Ирода с ними стали еще более напряженными. Но Ирод и теперь ограничился лишь денежным штрафом. Жена Фе-роры предложила заплатить за них, она дружила с влиятельными фарисеями. В то время Ироду пришлось уступить родственнице. Это было еще до убийства Фероры. Преподаватели-фарисеи подстрекали к бунту своих учеников. Даже умеренные мудрецы Гиллель и Шаммай выступили против Ирода. В 4 году до н. э. сопротивление переросло в открытые массовые демонстрации. Поводом для беспорядков послужил воздвигнутый Иродом над главным входом в Храм большой золотой орел. Во Второзаконии с орлом сравнивается сам Господь. И в более позднем древнееврейском богословии именно орел сказал Иеремии собирать народы, а правоверные поднимались на небо на крыльях орла. Кроме того, скульптурные изображения орла встречаются над дверями многих синагог и поверх еврейских надписей. Однако когда было нужно затеять беспорядки, орел служил символом языческого господства и языческого культа. Царь в то время уже был серьезно болен, у недовольных появилась возможность протестовать, не боясь последствий.

Ирод был совсем болен и не вставал с ложа. Откуда-то пошел слух, что царь умер. В разгар дня, когда дворы Храма кишели людьми, молодые люди забрались на крышу, затем спустились по веревке и, сбросив орла с фасада, разрубили его на куски. Следивший за порядком в крепости гарнизон напал на экстремистов, большинство бунтовщиков разогнали и обратили в бегство, некоторых поймали и отправили в Иерихон. Туда же привезли тяжело больного царя. Он собрал народ в амфитеатре и учинил суд над арестованными. В своей речи он напомнил о своих особых заслугах в создании Храма, которые, по его словам, не шли ни в какое сравнение с делами его предшественников — Хасмонеев. 13 марта 4 года до н. э. двух наставников и юношей, непосредственно сбрасывавших орла, заживо сожгли. Остальные задержанные тоже были отданы в руки палачей.

Ирод умирал от ужасного, мучительного физического недуга. Флавий злорадно живописует в подробностях страдания Ирода. Ноги распухли и гноились, в гениталиях завелись черви, ноги и низ живота наполнились водянистой прозрачной жидкостью. Врач по профессии, писатель Антон Павлович Чехов делал попытки выяснить причину смерти Ирода: «К описанию болезни Ирода близко подходит также аденская язва, не известная в Европе и наблюдаемая только в жарком поясе, преимущественно в Кохин-Хипе и на островах и берегах Красного моря. Она… развивается чаще всего на нижних конечностях после самых незначительных повреждений кожи. Обыкновенно при этой болезни страдают кожа и подкожная клетчатка, но в злокачественных случаях, которые нередки, язвенный процесс распространяется в ширину и глубину, разрушая мускулы, сухожилия и даже кости; человек как бы гниет при жизни и в конце концов умирает от гноекровия». У современных медиков много предположений относительно диагноза: рак кишечника, диабет, цирроз печени или артериосклероз. В 2002 году на медицинской конференции по историческим случаям клинической патологии в Балтиморе было высказано предположение, что Ирод страдал от почечной болезни, осложненной гангреной Фурнье, к которым присоединился тяжелый диабет в последней стадии. В медицинской литературе описано не более 500 случаев гангрены Фурнье. Заболевание возникает под воздействием стафилококка, стрептококка или кишечной палочки, вызывающих стремительную гибель клеток, в результате чего ткани чернеют. Флавий пишет, что в отмирающих тканях даже завелись черви, хотя, по мнению современных медиков, за червей вполне могли принять остатки кожи. Болезнь также могла распространиться на гениталии из брюшной полости, стать следствием инфицирования как осложнения гонореи. Кроме того, зуд, который не давал покоя правителю, мог привести к прямому занесению инфекции в половые органы. Врачи повезли его на горячие серные источники у северо-восточной оконечности Мертвого моря. Но и они не помогали; когда врачи погружали его в ванну с горячим маслом, он терял сознание. Так что оставалось только везти его обратно в Иерихон.

Ирод чувствовал, что дни его сочтены. Он дал различные указания сестре Саломее и ее мужу. Приказал немедленно выдать всем солдатам наградные, чтобы после его смерти они следовали его приказам. Затем велел немедленно явиться к нему всем знатным иудеям со всех концов страны. Прибывших загоняли на ипподром. В рассказах об Ироде говорится, что он хотел убить их после того, как умрет, чтобы повергнуть всю страну в глубокий траур. Но кто знает, что он собирался делать с этими людьми на самом деле? Ирод отдавал приказы в полубреду, он, как всякий тиран, распоряжался человеческими жизнями по привычке. Никто казнен не был.