Однако, возникнув так быстро и так скоро благоустроившись, Самарский Пустынно-Николаевский монастырь в течение XVII века испытал много внутренних и внешних бед и оттого много раз и внутренне, и внешне изменялся: во время наставших между Россией и Польшей войн, после присоединения Малороссии к России в 1654 году и даже после окончания этих войн в 1667 году Андрусовским перемирием, когда запорожские казаки очутились в двойной зависимости и от московского царя, и от польского короля, Самарско-Николаевский монастырь не раз был ограбляем и разоряем поляками и их союзниками, татарами и турками[805]. Но в 1670 году московский царь Алексей Михайлович, по просьбе кошевого атамана Михаила Ханенка, особой грамотой выразил свое благоволение и готовность защищать запорожских казаков от их врагов и тем самым призвал к деятельности братию Самарско-Николаевского монастыря. Тогда юная обитель, благодаря усердию запорожцев и московских ратников, стоявших на границе русских владений и «союзно, братерски» помогавших казакам, скоро оправилась от постигших ее бед: обитель была возобновлена и в ней построена была новая церковь; тогда вместо воплей и стонов вновь раздалось радостное хвалебное пение и понеслась живая молитва к Богу. Но в самом конце XVII века на Самарско-Николаевский монастырь вновь обрушились беды: в 1688 году его посетил русский князь Василий Васильевич Голицын; сделав здесь небольшой вклад «в пятнадцать рублев», князь Голицын, ввиду наступательных действий России на Крым, построил, по общему совету с гетманом Иваном Мазепой, близ монастыря в Старой Самаре так называемую Новобогородицкую крепость. Запорожские казаки, видя в этом стеснение своих казацких прав, вместе с братией Самарского монастыря открыто высказали свое негодование и против Мазепы, и против Голицына. Так как недовольство прежде всего вышло из Самарско-Николаевского монастыря, то князь Голицын поступил с братией его как с бунтовщиками и крамольниками; русские войска «облегли великим облежанием» монастырь, забрали многих иноков его и подвергли их пыткам и истязаниям. В то же время гетман Мазепа готовился жестоко отомстить запорожцам, но в 1690 году в окрестностях Самарского монастыря открылось страшное моровое поветрие, так называемая «наглая смерть», а вслед за тем все Запорожье подверглось ужаснейшему опустошению со стороны губительной саранчи. Это спасло запорожцев от гнева рассвирепевшего Мазепы; зато это же обстоятельство, в связи с бездеятельностью управлявших около того времени начальников монастыря, Алимпия, Созонта и Кессария, губительно подействовало на состояние Самарско-Николаевской обители: кельи ее вновь остались без жильцов, церкви без богослужения, поселки почти без жителей.

В начале XVIII века, после злосчастного для запорожских казаков 1709 года и после ухода их из родных мест «на поля татарские, кочевья агарянские», Самарско-Николаевский монастырь испытал такия бедствия, каких ни раньше, ни после не испытывал: запорожцы, покидая родные места, часть монастырского добра сожгли, часть забрали с собой, а самую обитель поручили в управление архимандриту Азовско-Предтеченского монастыря, Иосифу.

Но это было только начало бед для Самарско-Николаевского монастыря: после Прутского мира в 1711 году между Россией и Турцией Самарский монастырь, вместе со своими лесами и угодьями, селами и хуторами, достался во владение туркам и сделался притоном для хищных татар; тогда достояние его было разграблено, святыня обращена в пепел, заповедная роща частью сожжена, частью срублена. Так продолжалось до 1720 года; с этого времени Самарский монастырь снова, хотя и мало-помалу, стал возобновляться. Тогда все малороссийские жители от реки Самары и до реки Орели поручены были русским правительством ведению миргородского полковника, на ту пору Данила Павловича Апостола, и сына его Павла Даниловича. Апостолы безбоязненно объезжали эту местность, заселяли ее приходившими из-за Днепра казаками, а для самого монастыря, после того как от него несколько отодвинулись татары, выписали из Спасо-Преображенского монастыря настоятеля, иеромонаха Иоанникия. С трудом Иоанникий устроил в монастыре несколько келий ив 1732 году окончил Троицкую церковь, открыв в ней богослужение по монастырскому чиноположению. К великому благополучию монастыря, в 1734 году запорожские казаки вновь возвратились на свои пепелища под скипетр российских государей, и тогда он быстро возник из-под груд и развалин. Запорожский Кош ничем не дорожил, чтобы только поднять благосостояние своей святыни, Самарского монастыря; а начальник всех запорожских церквей, иеромонах Межигорского монастыря, Павел Маркевич, все силы свои употреблял на то, чтобы возможно скорее возобновить и привести в надлежащий порядок главные святыни его. В следующем году главный пограничный начальник, возводивший так называемую «старую украинскую линию», генерал-майор граф Иоганн Вейсбах, в видах политических, много способствовал благосостоянию и укреплению Самарского монастыря; но еще больше тому споспешествовал начальник русских войск, генерал-лейтенант Леонтьев, приготовлявшийся для войны с турками и временно стоявший с войсками на речке Кильчени и реке Самаре. Леонтьев смотрел на Самарский монастырь как на важнейший базис укреплений против турок ввиду открывшейся Русско-турецкой войны 1735 года. Оттого вместе с возобновлением в монастыре церквей в нем исправили прежние тайные подземные ходы, возобновили погреба и кладовые и к ним прибавили новые сооружения, частью для склада провианта, частью для помещения больных и раненых. В наставшую войну запорожские казаки в первый раз победили под стенами монастыря татарского предводителя Султан-Нурредина, во второй раз разбили крымских татар и ногайцев под начальством Фети-Гирея. С тех пор, благодаря вниманию запорожских кошевых атаманов Ивана Милашевича и Якова Тукала, даровавших монастырю «патент» на начальствование в Самаре, благодаря кошевым Якиму Игнатовичу, Данилу Гладкому, Григорию Лантуху, Филиппу Федорову и Алексею Белицкому, даровавшим ему «на потомные времена» значительное количество леса, земли, сенокоса, рыбных озер и речек; потом – благодаря самому Кошу Запорожскому, установившему особую «роковщину», или «ругу» для монастыря от хлебных припасов, торговых лавок, питейных домов, рыбных ловель, звериных доходов, от раздела военной добычи и от войскового жалованья; затем – благодаря частным пожертвованиям, как, например, самарского полковника Кирилла Красовского, записавшего на монастырь прекрасный остров Монастырский на реке Днепре, против свободы Половицы; наконец, благодаря усердию и трудам настоятелей монастыря, особенно Терентия, Николая, Досифея, Фотия, Ираклия, Самуила, Владимира, Паисия, – благодаря всему этому благосостояние его значительно поднялось и внутренняя организация пришла в надлежащий порядок. Так, в нем введен был афонский устав, увеличено число братии, срублены «витальницы», или странноприимные дома, открыты школы и лечебницы, осажены хутора и заведены верхолазные борты, устроены дачи, мельницы и монастырские загоны, «установлены» рыбные ловли по реке Самаре, ее притокам и трем озерам – Луковатом, Мазничном и Глушковом, населено целое село Чернечье для подданных, вотчинников и прислужников монастыря, людей семейных и бессемейных, число которых дошло тогда до 500 человек обоего пола; наконец, сделана была опись всего имущества и составлена краткая история монастыря. Так, в половине XVIII века Самарский Пустынно-Николаевский монастырь сделался центром всей северной окраины запорожских вольностей; у стен его завелись две ярмарки – одна 9 мая, в день святителя Николая, другая – 6 августа, в день Преображения Господня[806]; тогда к нему стали стекаться из Малороссии, польской и слободской Украины, от тихого Дона и из далеких великороссийских губерний, Орловской и Курской, разного рода паломники, стали приезжать из Сечи казаки или для говенья в нем, или для того, чтобы «затвориться» в уединенных кельях его, или с той целью, чтобы покончить дни свои в мирной обители. Так, здесь доживали свой век «подякувавший Сечь за панство» бывший кошевой атаман Филипп Федоров, принесший в монастырь «кашпук червонцев» и умерший здесь уже в 1795 году, 101 года от роду; тут же жили и покончили свой век бывший войсковой толмач Иван Швыдкий, бывший войсковой писарь Дмитрий Романовский, бывший войсковой судья Моисей Сухий и многие другие старшины и простые казаки. Ближайшие же парафияне Самарского монастыря, обыватели его селений, хуторов и дач, и крестились в монастыре, и учились закону Божию, и венчались в нем, по особому, дарованному от Киевской митрополии праву ему, и, наконец, погребались у стен его.