По дороге домой Боливар предотвратил казнь людей, которых обвиняли в покушении на его жизнь. Боливару сказали: «Эти люди хотели убить вас». Но Боливар возразил: «Они хотели убить не меня, а страну». Генерал Рафаэль Урданета, один из самых преданных командиров Боливара, настаивал на казни зачинщиков заговора. Но Боливар был за то, чтобы сохранить Сантандеру жизнь. Сантандер тем временем скрывался в доме Урданеты, спасаясь от гнева толпы, жаждавшей расправиться с заговорщиками. Его сослали во Францию. Он вернулся оттуда только в 1832 году — уже в качестве президента Колумбии. Боливар наконец-то избавился от своего недруга.

О’Лири написал горькую эпитафию по поводу завершения, как тогда казалось, политической карьеры Сантандера:

Покушение на жизнь Боливара и попытка государственного переворота тяжело сказались на его здоровье. Боливар был не только подавлен морально, но и страдал физически. Четыре часа он вынужден был провести в реке и сильно простудился. Именно в эти дни Боливара посетил французский посол, который впоследствии вспоминал:

Это было удивительно проницательное замечание. Попытка государственного переворота провалилась, но Боливар прекрасно понимал, что сидит на пороховой бочке. Обстоятельства складывались не в его пользу. Народ был на его стороне, но олигархия Новой Гранады — против. Знать была недовольна действиями венесуэльских военных, выполнявших приказы Боливара. Мечта Боливара — Великая Колумбия — рушилась.

Боливар начал применять репрессивные меры. Он запретил публичные собрания и обуздал враждебно настроенных журналистов. Но даже после этого политику Боливара вряд ли можно было назвать жестокой. Всякий, кто помнил правление испанцев, понимал это. Так действовал человек, чье здоровье и силы были подорваны. Так называемые репрессии Боливара были чем-то вроде трости старика, которой он грозит непослушным мальчикам. Будущее оказалось неподвластно ему. Он был уже не в силах повлиять на судьбу освобожденных им стран.

Только слава по-прежнему оставалась с ним, но и она не вечна. Южные территории разваливались с невероятной быстротой. Боливия и Перу были в руках врагов. Новая Гранада и Венесуэла пока оставались объединенными, но это была весьма непрочная конструкция.

Боливару стало известно, что перуанский лидер де Ла Мар приближается к границе с большой армией. Перуанцев поддержали войска Новой Гранады. Они восстали против диктатуры Боливара. Освободитель отчаянно пытался защитить то, что было им создано. Он вновь оседлал коня и отправился на юг. Боливар назначил живущего в уединении Сукре командующим своей армией в Кито. Де Ла Мар со своим восьмитысячным войском захватил Лоху и затем двинулся в направлении Куэнки.

Сукре с армией, которая была в три раза меньше, чем армия де Ла Мара, двинулся наперерез перуанцам. Де Ла Мар отступил для защиты позиций через реку Сарагуро. Сукре и де Ла Мар начали переговоры. Де Ла Мар вероломно воспользовался этим и попытался в это время обойти армию Сукре с фланга и выдвинуться на Хирон, чтобы отрезать подступы к Боготе.

Сукре вовремя узнал об обманном маневре де Ла Мара. Он приказал своим войскам быстро двигаться в том же направлении. Две роты солдат армии Сукре довольно легко захватили позиции перуанцев на реке Сарагуро.

Затем две армии преследовали друг друга, пытаясь навязать бой противнику на выгодной для каждой местности. Так они дошли до Портете-де-Тарки, и де Ла Мар оккупировал его 26 февраля. На следующий день небольшая, но хорошо организованная армия Сукре начала наступление на вражеские окопы. После непродолжительного боя перуанцы отступили. Когда усталый и больной Боливар вернулся в Кито, его приемный сын вручил ему вражеские копья, захваченные им в этом бою.

Известие о том, что де Ла Мар собирает новую армию в Пьюре, встревожило его приближенных. Опасаясь, что Боливар и Сукре воспользуются этим предлогом и вновь вторгнутся в Перу, Гамарра сместил де Ла Мара. Несмотря на протесты своей жены, которая ненавидела Боливара, Гамарра заключил с ним мирное соглашение.

Вскоре Боливар получил еще одно известие, на этот раз приятное. В Боливии его преданный сторонник Санта-Крус отнял власть у перуанцев и восстановил конституцию Боливара.

Однако вскоре в Великой Колумбии распространились слухи, будто бы Боливар, Освободитель и диктатор, подыскивает себе в преемники одного из европейских принцев.

Эти слухи были спровоцированы противниками объединения страны. Так они вновь пытались завоевать влияние в регионе. Состояние здоровья Боливара стремительно ухудшалось. Самый влиятельный и самый преданный ему генерал Урданета созвал лидеров страны, чтобы рассмотреть предложение британского посла об установлении в Великой Колумбии конституционной монархии после того, как Боливар сойдет со сцены. Урданета и его приближенные были уверены, что никакая другая форма государственного правления не сможет обеспечить законность и преемственность власти в стране после ухода Освободителя.

Вот что писал об этом О’Лири: