Через несколько дней Сантандер узнал о восстании, вспыхнувшем в гарнизоне Лимы. Восстание было направлено против патриотов. Его возглавлял офицер из Новой Гранады Хосе Бустаманте. Мануэлита переоделась солдатом и проникла в гарнизон, чтобы помочь подавить восстание. Ее узнали, схватили и посалили на корабль, отплывающий в Гуаякиль. Там она безуспешно попыталась обольстить Кордову, героя Айякучо. Вместе они отправились в Кито.

Санта-Крус подавил восстание, но Бустаманте удалось скрыться. Он бежал в Гуаякиль и там вновь поднял восстание. Трудно сказать, имел ли Сантандер прямое отношение к восстанию Бустаманте. В любом случае оно не огорчило его. Он ликовал в Санта-Фе-де-Боготе.

В Лиме старая перуанская аристократия воспользовалась восстанием как предлогом для отмены конституции Боливара. С момента учреждения конституции прошло всего пол-года. Президентом Перу был избран маршал де Ла Мар. Он занял место ставленника Боливара Санта-Круса. Старая гвардия блокировала радикалов.

Боливара возмутило то, что Сантандер поддержал восставших. «Коварный Сантандер… Я не верю ни его нравоучениям, ни его чувствам», — говорил после этого восстания Боливар. Огорченный, он написал Сантандеру, что больше не нуждается в его помощи. Сантандер, в свою очередь, заявил, что больше никогда не будет ему помогать.

Империя, созданная Боливаром, трещала по всем швам. Семейные дела также шли не лучшим образом. Боливар всегда уделял много внимания родственникам. Забота о них — одна из самых привлекательных черт его характера. Он усыновил детей своего умершего брата Хуана Висенте. Боливар был не особенно близок со своей сестрой Хуаной, но ее дочь Бенигну просто обожал. С особой нежностью он относился к сестре Марии Антонии. Она вела имущественные дела семьи в его отсутствие и стойко переносила неприятности, связанные с ее неблагополучным сыном Анаклето. Он бросил жену и детей, связался с нечистыми на руку людьми и по уши влез в карточные долги. Для Анаклето Боливар был суровым дядей. Он писал ему:

Свою племянницу Фелисию, дочь одного из братьев, Боливар под угрозой лишения наследства заставил выйти замуж за одного из офицеров-мулатов — генерала Лауренсио Сильву. Свадьба была скромной. Возможно, Боливар выдал свою племянницу за мулата по политическим соображениям. Он хотел показать, что цвет кожи человека для него не имеет значения. Но в то же время жестоко было выдавать девушку замуж против ее воли. Она считала этот союз позорным. Ее семейная жизнь не принесла ей счастья. Брат Фелисии Фернандо Боливар был отправлен учиться в университет Виргинии. Оттуда он регулярно посылал своему дядюшке письма.

Боливар посвятил свою жизнь служению обществу. Он был абсолютно бескорыстен и неподкупен. Ему нужна была только слава. Он никогда не задумывался об увеличении своего богатства. Деньги не имели для него ценности. От других он также требовал предельной честности в финансовых делах. Вот что написал об этом О’Лири:

5 июля 1827 года, в годовщину первой декларации независимости Венесуэлы, Боливар покинул Ла-Гуайру на борту британского фрегата «Друид». Его сопровождал сэр Александр Кокберн, британский министр. Боливар направлялся к Сантандеру — для окончательного объяснения. Он больше никогда не вернется в свой родной город, которому когда-то дал свободу. Боливару не было еще и сорока четырех лет, но выглядел он старше. Глаза стали бесцветными. Лицо приобрело болезненно-бледный оттенок. Щеки впали. Иногда он поражал окружающих неожиданными вспышками жизненной энергии, но чаще был утомленным и раздражительным. Его безудержный оптимизм выдохся, но стиль жизни по-прежнему был неподражаем.

Из Картахены Боливар отправился в Санта-Фе-де-Боготу. Сантандер, когда-то товарищ, затем противник, а теперь лютый враг Боливара, обдумывал побег и восстание. Но при встрече Боливар обнял его и, несмотря на враждебность местных политических лидеров, вел себя как подобает президенту.

Боливар вновь вызвал из Кито Мануэлиту: «Твоя доброта и красота согревают мою душу. Твоя любовь продлевает мне жизнь. Я не могу без тебя жить. И не в силах лишить себя счастья быть рядом с тобой, Мануэла… Приди, приди, приди…» И она вновь поспешила к нему в Боготу по полным опасности горным дорогам. Один из современников оставил нам описание женщины, которой удалось приручить Боливара и без которой он уже не мог обойтись: «Она всегда была очень яркой… любила носить платья, обнажавшие руки. У нее не было причины скрывать их. Она частенько садилась за шитье, чтобы показать свои красивые пальцы. Она была немногословна, с большим изяществом держала сигарету, любила обмениваться новостями. Днем она ходила в костюме офицера, а вечером преображалась. Несомненно, она пользовалась румянами. Ее волосы всегда были искусно уложены. Она была очень живой и энергичной, иногда использовала в речи бранные слова. Ее благосклонность и щедрость были безграничны». В Кинта-де-Портокарреро, в поместье Боливара, находившемся в пригороде Боготы, Мануэлита развлекала знатных людей ново-гранадского общества. Чарующее обаяние, исходившее от Симона и Мануэлиты, покорившее когда-то Лиму, теперь озарило Боготу, но ненадолго. Вот описание одного из приемов, которые давала эта пара в своем поместье: