Боливар правил легкой рукой. Сантандер был назначен послом в Вашингтон, но это назначение было отсрочено. Пресса не подвергалась цензуре. У врагов Боливара были развязаны руки. Оказалось, что старый Куло де Йерро (Железная Задница — так прозвали Боливара) сделан из недостаточно прочного материала, чтобы стать тираном для своих соотечественников.

Протеже Боливара Сукре теперь стал президентом Боливии. На поле боя он был решительным командиром. Однако в мирной жизни ему не хватало твердости — слишком часто он прощал своих врагов. Говорят, пощадил человека, которого подозревали в покушении на его жизнь. Сукре даже взял на себя расходы по его содержанию в ссылке.

Для боливийских лидеров Сукре был чужаком. Их возмущало присутствие в стране двухтысячной колумбийской армии. Реакционное правительство генерала де Ла Мара в Перу вступило в тайный сговор с генералом Гамаррой из Куско, но вовсе не для того, чтобы освободить страну от ига Великой Колумбии. Де Ла Мар вынашивал собственные амбициозные планы. Боливия была бывшей провинцией Верхнего Перу. Де Ла Мар хотел оккупировать Боливию и вновь присоединить ее территорию к Перу.

Перед лицом этой угрозы Сукре сделал попытку примирить своих врагов. Он заявил, что «оккупационные» силы Колумбии будут выведены из страны. Но в апреле 1828 года в казармах Чукисаки вспыхнуло восстание. Оно было организовано перуанцами. Сукре верхом на лошади въехал в гарнизон, чтобы усмирить бунтовщиков. Его обстреляли. Одна пуля попала в правую ногу, вторая задела голову.

Ранение Сукре стало удобным предлогом для Гамарры. Его войска пересекли границу, чтобы «защитить бесценную жизнь маршала Айякучо (Сукре) и прекратить в стране развал и анархию». Вскоре после этого Сукре оставил пост президента страны и покинул Боливию. Тридцатилетний романтичный последователь Боливара удалился с политической сцены, женился на молодой красавице из Кито Марии Карселан-и-Лареа, маркизе де Соланда. О’Лири писал:

За пять дней в Боливии убили двух президентов. Их место занял третий. Это не предвещало стране ничего хорошего. Ее репутации был нанесен колоссальный ущерб. В стране ощущалась политическая нестабильность. Со времени установления независимости ни один президент не удержался на своем посту даже года. В отношениях между Перу и Великой Колумбией возрастало напряжение. Оно усилилось, когда Боливар подтянул свои войска к границе, а де Ла Мар привел свою армию в боевую готовность.

В Новой Гранаде произошло особенно много мятежей. Они были не столь значительны, но Боливару уже трудно было с ними справляться. Целью «черной революции» генерала Падильи в Картахене было свержение Сантандера с президентского поста. Страшным ударом для Боливара стало восстание генерала Кордовы в Антиокии. Молодой герой Айякучо поднял мятежное знамя против Боливара и был убит британским легионером. Почти наверняка это произошло не по приказу Боливара. О’Лири подавил восстание в Антиокии. О Кордове он написал: «Его самомнение было безграничным, а знание жизни недостаточным… сражаясь, как лев, он упал и, суровый, гордый и нераскаявшийся, испустил дух».

Боливар не очень охотно занимался выгодным размещением финансов Великой Колумбии и делал все, что было в его силах, для оживления экономики страны.

Однако в то время экономическое положение государства мало интересовало элиту. 25 сентября 1828 года в Боготе в доме некоего Луиса Варгаса Техады собралось много людей. Среди них были командующий артиллерийским батальоном подполковник Карухо и двое штатских активистов — Аугустин Эрмет и Флорентино Гонсалес. Эрмет и Гонсалес были руководителями оппозиционного Боливару «комитета общественного спасения». Это собрание происходило с молчаливого согласия начальника штаба армии полковника Герры и самого Сантандера, который, правда, не принимал активного участия в заговоре. Он хотел, чтобы активные действия начались после его отъезда в Соединенные Штаты Америки.

Гонсалес писал об этом: «Необходимо, чтобы пролилась кровь. Без крови не обходится ни одно великое восстание народа против тиранов. Мне было нелегко принять это жесткое решение. Двадцать гражданских лиц и двадцать пять военных под командованием Карухо в полночь должны будут ворваться во дворец правительства и захватить Боливара живым или мертвым».

…Они убили двух сторожевых собак возле дворца, закололи стражу и прорвались во дворец, тяжело ранив личного телохранителя Боливара Ибарру. Молодой британский легионер Уильям Фергюссон, защищая спальню Боливара, погиб от ножа заговорщика.

Мануэлита Саэнс была в это время вместе с Освободителем в спальне. Она оставила воспоминания об этой ночи:

Один из заговорщиков предложил убить Мануэлиту, но остальные начали ее избивать. Они так сильно избили женщину, что она не могла встать с постели двенадцать дней. Боливар пробирался по темным улицам города в сопровождении верного слуги Хосе Паласио. Они спрятались под мостом Кармен, соединявшим берега реки Сан-Аугустин. Через два часа Паласио отправился на разведку. Затем вернулся и отвел Боливара в штаб полка, которым командовал верный ему командир Варгас. Порядок тем временем был восстановлен.

Захватив чью-то лошадь, Боливар вместе со своими солдатами отправился на площадь. Там его уже ждала Мануэлита. Едва встав на ноги, она тут же отправилась на его поиски. «Вы освободили Освободителя», — обращаясь к ней, Боливар повторил слова, когда-то сказанные им Бермудесу.