Путешествие утомило Боливара. Он сказал Мануэлите, выехавшей встречать его после очередной длительной разлуки: «Я чувствую себя шестидесятилетним стариком!» 20 января собрался конгресс. Боливар, как и обещал, сложил с себя полномочия диктатора. «Я не хочу, чтобы на меня смотрели, как на препятствие на пути укрепления и процветания республики. Я освобождаю высокую должность, которую вы доверили мне… Клянусь вам, мысли о монаршем троне никогда не посещали мою голову. Все это придумали мои враги, для того чтобы очернить меня в ваших глазах… Я желаю только одного — всячески содействовать вашей свободе… Республика только выиграет, если, приняв мою отставку, вы назовете имя президента, любимого всей нацией… Услышьте мои молитвы! Спасите республику! Сохраните мою славу, ведь это слава Колумбии!»

Боливар сдержал свое слово. Он уехал в свое поместье в пригороде Боготы. Там он узнал, что составлявшие основу его семейной собственности шахты в Ароа конфискованы Паэсом. На стенах дома сестры Боливара Марии Антонии кто-то написал: «Хочешь увидеть Боливара, отправляйся на кладбище». Не было сомнения, что это сделали агенты Паэса. Один из сторонников Боливара так описал его последние дни:

Произошло то, чего Боливар больше всего опасался: конгресс принял федеральную конституцию, против которой он всегда выступал. Его диктатура не смогла противостоять местничеству представителей Новой Гранады. Больше того — в награду за сохранение единства с Новой Гранадой Паэс потребовал, чтобы Освободитель покинул страну. Конгресс избрал нового президента. Им стал сторонник Сантандера генерал Хоакин Москера.

Освободитель покинул поле боя. Ради сохранения целостности Великой Колумбии Боливар решил уехать из страны. Он не сказал об этом решении ни Мануэлите, ни Сукре, хотя они были самыми близкими ему людьми. Боливар боялся, что они уговорят его остаться. Он был уверен, что поправится и вернется обратно. Он ни за что не оставил бы Мануэлиту, если бы знал, что умирает. Но больше им не суждено было встретиться.

8 мая 1830 года, воспользовавшись временным отсутствием Мануэлиты, Боливар покинул Санта-Фе-де-Боготу. Он попрощался с официальными лицами и простыми гражданами. Многие из них плакали. Полковник Кэмпбел, посол Британии, сказал о Боливаре: «Он самый великий колумбиец». В пригородах молодежь насмехалась над ним, выкрикивая: «Лонганисо!» (дурачок). Юные повесы намекали на сходство Боливара со слабоумным человеком, разгуливавшим по улицам Боготы в солдатской форме.

В Хонде его ожидали плохие новости. Генерал Флорес, тот, что вместе с Сукре разбил перуанцев, провозгласил независимость Гуаякиля, Кито и южной провинции Великой Колумбии, которая теперь называлась Республика Эквадор. Боливар грустно заметил по этому поводу: «Потомки не смогут увидеть ничего страшнее того, что происходит в (Южной) Америке. В будущем ситуация еще больше ухудшится. Кто бы мог подумать, что мир сойдет с ума и, как каннибал, будет пожирать собственный народ?»

16 мая Боливар на корабле отправился вниз по реке Магдалене. Ее сильное течение несло его мимо тех самых мест, где когда-то он впервые познал вкус славы. 24 июня по прибытии в Картахену его настигло страшное известие о гибели ближайшего друга — Сукре. Боливар уехал из Боготы, не попрощавшись с ним. Это расстроило Сукре. Он решил вернуться в Кито, к своей жене и маленькому сыну, которого обожал. Перед отъездом из Боготы он написал Боливару: «Вы должны знать, что вовсе не Ваша власть, а наша дружба заставляет меня так нежно любить Вас».

А 4 июня недалеко от Пасто Сукре попал в засаду и был застрелен наемниками главаря местных бандитов. Это было сделано по приказу двух антиболиваристов из Боготы: Хенаро Санта-Марии и давнего врага Освободителя — Обандо. Вполне возможно, что подстрекателем был Урданета, который сохранял верность Боливару, но был соперником Сукре. «Всемогущий Боже, — воскликнул Боливар, — они пролили кровь невинного Авеля!» Через несколько дней после смерти Сукре он получил его прощальное письмо. Это еще больше усилило горькие переживания Боливара. Сукре писал:

Силы покидали Боливара.

Несмотря на то что убийство Сукре сильно подкосило его, он считал свое болезненное состояние лишь временной слабостью и верил, что еще вернется во власть. В своих письмах разным людям он писал о возвращении к общественной жизни. Боливар поддерживал связь с Урданетой, но тот, то ли сочтя, что Боливар уже сошел со сцены, то ли желая вовсе оттеснить его, общался с ним неохотно.

Боливар угасал, его здоровье ухудшалось с каждым днем. Ему посоветовали переехать сначала в Соледад, а потом в Барранкилью, где был более благоприятный для него климат. Боливар хотел отправиться на корабле в Тринидад, а затем куда-нибудь в Европу, возможно, в Англию. Но у него уже не было сил для такого путешествия. В ноябре 1830 года он написал основателю Эквадора Флоресу язвительное, ироничное и одновременно трагичное письмо: