В сражениях с турецким флотом Ушаков выработал новую маневренную тактику, принципиально отличавшуюся от принятой в то время линейной тактики. Основными положениями тактики Ушакова стали применение единых походно-боевых порядков (в результате эскадра не тратила время на перестроение и могла сразу после обнаружения противника вступать в бой), быстрое сближение с противником на короткую дистанцию без перестроения боевого порядка. «Особое» внимание уделялось флагманским кораблям противника (с целью их повреждения, уничтожения или захвата, а также нарушения управления вражеской эскадрой), выделение резерва, сочетание прицельного артиллерийского огня и маневра, преследование противника до полного уничтожения или сдачи в плен.

В 1793 г. Ушаков был произведен в вице-адмиралы. Талант Ушакова как крупного флотоводца наиболее ярко проявился во время Средиземноморского похода русской Черноморской эскадры 1798—1799 гг. 18 февраля (1 марта) 1799 г. эскадра Ушакова артиллерийским огнем уничтожила все батареи на острове Видо, где находились передовые укрепления французской крепости Корфу, и высадила десант. Одновременно был высажен десант на самом острове Корфу, которому удалось захватить некоторые укрепления крепости. 19 февраля (2 марта) 1799 г. комендант крепости был вынужден подписать акт о капитуляции. Впервые в истории крепость была взята с моря кораблями без применения больших соединений сухопутных войск.

На освобожденных Ионических островах Ушаков создал «Республику семи островов», все коренное население которой, имевшее определенный имущественный ценз, участвовало в местных органах управления, выбирало Большой совет и т.д.

22 апреля отряд посланных Ушаковым кораблей появился у берегов Италии. Увидев их на горизонте, французский гарнизон крепости Бриндизи в панике бежал. Вскоре был высажен десант во главе с командиром фрегата «Счастливый» капитаном 2‑го ранга Белли. Он начал свой победоносный поход к Неаполю. Позже русские моряки вошли в Рим. Флот Ушакова действовал также на Лигурийском и Адриатическом морях. Однако в это время ухудшились отношения Ушакова с австрийским двором. 31 декабря 1799 г. (11 января 1800 г.) Ушаков получил приказ императора Павла I вернуться на родину. В октябре 1800 г. эскадра Ушакова приплыла в Севастополь.

Заслуги Ушакова не были оценены императором Александром I, который назначил его на второстепенную должность главного командира Балтийского гребного флота и начальника флотских команд Петербурга, а в 1807 г. уволил в отставку. В 1812 г. его избирали начальником ополчения Тамбовской губернии. Ф.Ф. Ушаков умер в своем имении и похоронен в Санаксарском монастыре близ города Темников.

Первое морское сражение, в котором блеснул талант Ушакова, произошло около острова Фидониси (другое название – Змеиный) напротив устья Дуная 3 июля 1788 г. Накануне три дня русские и турецкие корабли маневрировали в море, стараясь занять наветренное положение для боя. К 3 июля турецкому флоту удалось добиться наветренного положения, которое для парусных кораблей давало ряд преимуществ. К числу таких преимуществ относилось то, что наветренный флот мог выбирать время нападения и дистанцию боя, т.е. обладал инициативой и возможностью навязать свою волю противнику, исходя из особенностей своего оружия и степени подготовки к бою. Во время сражения наветренным кораблям было значительно проще маневрировать и сближаться с вражескими судами. При артиллерийской перестрелке густой пороховой дым застилал подветренные корабли и мешал их артиллеристам вести прицельный огонь; от наветренного флота дым относило в сторону подветренного флота, что облегчало ведение огня и обеспечивало хорошую видимость сигналов.

Пользуясь численным превосходством и выгодой занимаемого положения, адмирал Гасан-паша днем 3 июля 1788 г. построил свой флот в две колонны и повел их к русской эскадре. Турецкий командующий поставил целью сосредоточить свои основные силы против русского авангарда, состоявшего из линейного корабля «Павел» и фрегатов «Борислав» и «Стрела».

С начала сражения первая колонна турецкого флота, состоявшая из наиболее мощных кораблей, возглавляемая самим Гасан-пашой, стремилась сблизиться с авангардом русского флота и нанести по нему сосредоточенный удар. Однако Ушаков сразу же разгадал замысел врага. Он приказал фрегатам «Борислав» и «Стрела» увеличить ход и начать обход приближавшейся боевой линии противника. Поставив все паруса, два передовых русских фрегата, за которыми следовал корабль «Павел», быстро пошли вперед; за ними последовала вся русская эскадра.

В результате маневра Ушаков занял наветренное положение и поставил турецкие корабли «в два огня», т.е. мог обстреливать их с обоих бортов. Однако Гасан-паша поспешил принять необходимые меры: турецкие корабли также увеличили ход, не давая возможности русским кораблям обойти их и нарушить боевой порядок. Благодаря этому туркам удалось избежать обхода его боевой линии русскими кораблями. Но маневр Ушакова не позволил неприятелю нанести сосредоточенный удар по русскому авангарду в самом начале сражения. Тогда турецкий адмирал предпринял вторичную попытку сосредоточить основные силы против русского авангарда.

После маневрирования турецкий флот сблизился на дистанцию пушечного выстрела и начал обстрел русских кораблей. Турецкий адмирал стремился выбрать такое расстояние между кораблями, чтобы огонь больших турецких орудий мог быть эффективным, а русские корабли, имевшие орудия меньшего калибра и стрелявшие на меньшее расстояние, не могли причинить большого ущерба. 6 турецких линейных кораблей поравнялись с русским авангардом и начали обстреливать три русских корабля.

Гасан-паша, писал Ушаков, «прибавя все паруса, бросился с чрезвычайной скоростью, как лев, атаковать передовые мои фрегаты». По сигналу Ушакова на русских кораблях также поставили все паруса, чтобы не допустить сближения неприятельских кораблей и в то же время отрезать от авангарда Гасан-паши часть его боевых судов. Замысел Ушакова удался. Передовые турецкие корабли увидели, что остаются отрезанными; один турецкий корабль, шедший впереди, «не дожидаясь никакого сигнала, с великой торопливостью без бою поворотил и ушел».

По второму турецкому кораблю с фрегатов «Борислав» и «Стрела» было сделано несколько удачных выстрелов, и он тоже повернул вспять. Гасан-паша стал стрелять по своим уходящим кораблям, но они тем не менее вышли из боевой линии авангарда.

Оказавшись впереди, Гасан-паша «с превеликого азарту спустился еще ближе и стал бортом прямо против двух фрегатов». Хотя «дрался он с чрезвычайным жаром», русские фрегаты нанесли ему большие повреждения: «…видно было, как большие доски летели с кормы его корабля». На помощь турецкому адмиралу стремились подойти другие его корабли, но все они были отогнаны кораблем Ушакова. У одного из этих кораблей артиллеристы «Павла» сбили фок-мачту, у другого фор-стеньгу, а третий «за великой течью в самой скорости подо всеми парусами ушел к стороне Аккермана». В корабле же Гасан-паши было «столько пушечных пробоин, что скоро сосчитать нельзя».

Тем временем сражались и другие корабли русской эскадры. Фрегат «Кинбурн» удачными выстрелами дважды зажигал турецкий вице-адмиральский корабль, который стремился подойти на выручку Гасан-паше. В результате меткого огня черноморских моряков неприятель не стал продолжать сражение. В 5 часов вечера флагманский корабль вышел