М.И. Голенищев-Кутузов готовил свою армию для совместных действий с прусской. Согласно оборонительному договору, заключенному в июле 1800 года в Петергофе между Россией и Пруссией, обе стороны в случае нападения на них обязывались выставить подготовленные войска. В тот период Кутузов занимался еще и распределением бывших военнопленных, прибывших из Франции.

В конце 1800 года Павлу I удалось убедить прусского короля Фридриха-Вильгельма III заключить совместную Конвенцию морского вооруженного нейтралитета, направленную против Англии. Санкт-Петербург задумывал присоединить к этому союзу Швецию. Для дальнейших секретных переговоров с российским императором в город на Неве намеревался инкогнито приехать король Швеции Густав IV Адольф.

Для встречи шведского монарха и сопровождения его от границы до Санкт-Петербурга император Павел I направил генерала от инфантерии М.И. Голенищева-Кутузова, успешно действовавшего на дипломатическом поприще. Тот справился с поручением, оставив о себе самое лучшее впечатление у короля Швеции.

Густав IV Адольф в сопровождении М.И. Кутузова прибыл в Санкт-Петербург. Итогом переговоров двух монархов стало подписание ими 4 декабря 1800 года Конвенции о вооруженном нейтралитете. Таким образом, три государства выработали единую позицию в отношении к Англии и обеспечении благоприятных международных условий для свободной морской торговли.

За день до отъезда с королем Густавом IV Адольфом к русско-шведской границе Михаил Илларионович узнал о своем новом назначении. По приказу Павла I для подготовки к военным действиям против Англии формировались новые армии: в Брест-Аитовске под командованием П.А. Палена; во Владимире на Волыни под командованием М.И. Голенищева-Кутузова; в Витебске под командованием московского военного губернатора И.П. Салтыкова 2-го.

Конфронтация России с Англией грозила превратиться в настоящую войну. В Балтийское море вошла британская эскадра под командованием вице-адмирала Горацио Нельсона. Она остановилась у Ревельской гавани и готовилась бомбардировать Кронштадт.

Только убийство императора Павла I, совершенное в результате заговора в ночь с 11 на 12 марта 1801 года, предотвратило новую войну.

С воцарением на престоле Александра I резко изменился внешнеполитический курс Российской империи. Исчезла опасность войны с Англией. В июне 1801 года была подписана англо-русская конвенция, подтвердившая мирные намерения двух государств. Новый государь отменил все военные приготовления Павла I.

Генерал от инфантерии М.И. Голенищев-Кутузов получает новое назначение: он становится военным губернатором Санкт-Петербурга. Кроме того, за ним сохраняется прежняя должность инспектора Финляндской инспекции. Немного позже ему поручается также управление гражданскими делами Санкт-Петербургской и Выборгской губерний.

В старой России такое совмещение сразу нескольких высоких государственных и военных должностей, начиная с эпохи Петра Великого, было практикой управления империей. Это позволяло казне экономить немалые суммы денег, а монарху вверять немалую часть власти на местах немногим доверенным лицам.

Исполнение гражданских и военных обязанностей требовало от 53-летнего Михаила Илларионовича большой энергии и немалого напряжения духовных и физических сил. Особенно много времени приходилось уделять столичным заботам. Губернатор разбирал жалобы населения и направлял по необходимости дела в судопроизводство; инспектировал финансово-хозяйственную деятельность петербургских больниц, военно-сиротского дома. Он разрабатывая Положение и штат городской Думы столицы и докладывал об этом в Сенате; содействовал работе петербургского Вольного экономического общества по вопросам земледелия и сельского хозяйства; руководил деятельностью полиции и исполнял множество других дел.

Кутузову приходилось заниматься вопросами строительства величественного Казанского собора и провиантских магазинов (складов) на Фонтанке. Он вел учет урожая в Выборгской губернии и отправлял ведомости о нем императору, оказывал содействие шведскому послу в оформлении провоза через границу закупленного в России хлеба, расследовал происшествия в приграничной зоне, связанные с нарушением торговли.

Уже с начала своего правления император Александр I не был расположен к знаменитому полководцу. (Суждений в связи с этим существует достаточно много, но единого мнения нет.) Однако в силу своего чина и признанных заслуг перед Отечеством, М.И. Голенищев-Кутузов занимал высокое положение в императорском окружении, и Александр был вынужден терпеть Кутузова до поры до времени. Поводом отдалить его от власти послужили недостатки в работе столичной полиции.

Петербургский полицмейстер Овсов не смог отыскать карету, сбившую на Исаакиевской площади англичанина, а также виновников нападения у Михайловского замка на Ушакова, человека близкого к великим князьям Николаю и Михаилу Павловичам. Последнюю каплю в чашу терпения добавил гвардейский поручик Семеновского полка Шубин, наделавший долги и инсценировавший попытку захвата мнимого заговорщика с целью получения денежного вознаграждения.

Разгневанный делом Шубина, император срочно назначает оказавшегося в столице генерал-фельдмаршала М.Ф. Каменского главнокомандующим в Санкт-Петербурге, а генерал-адъютанта К.Ф. Комаровского — его помощником и одновременно начальником полиции. Последний сумел изобличить поручика Шубина, найти владельца кареты, сбившего англичанина, и беглых солдат, напавших на Ушакова.

Одновременно Комаровский доложил Александру I о недостатках в деятельности столичной полиции, нехватке полицейских будочников, продолжающихся карточных играх, дуэлях среди офицеров и дворянской молодежи, запрещенных высочайшим указом, и многом другом. «Виновником» всего этого «безобразия», естественно, представлялся столичный военный губернатор.

В связи с этими событиями в августе 1802 года последовало высочайшее повеление о сдаче М.И. Голенищевым-Кутузовым должности военного губернатора. При этом дела им передавались не главнокомандующему графу Каменскому, выехавшему в войска, а начальнику столичной полиции Комаровскому.

Тяжело переживая такое нерасположение императора, Кутузов обратился к нему с прошением принять высочайшее решение о его дальнейшей судьбе. Прошение не осталось без ответа. Последовал монарший указ Правительствующему Сенату об увольнении М.И. Голенищева-Кутузова на год по болезни. Место инспектора Финляндской инспекции было отдано генерал-лейтенанту графу А.И. Толстому.

Три года Михаил Илларионович оставался не у дел, занимаясь своими хозяйственными вопросами. Все его попытки вернуться на военную службу терпели неудачи. Лишь в августе 1804 года его привлекли к участию в военных маневрах под столицей, где он командовал корпусом и удостоился монаршей благодарности. Кутузов с горечью пишет жене о том, что все его труды, опасности на военной службе и раны были напрасными.

Отставленный от службы Кутузов внимательно следил за европейскими событиями. Наполеон аннексировал одну за другой территории континента, создавая свою империю. В Лондоне забили тревогу.