Этому в немалой степени способствовали положения Устава кадетского корпуса, которые определяли строгие требования к личности главного директора. Во главе управления корпусом, говорилось в высочайше утвержденном Уставе, должен стоять «человек, в воинских трудах состарившийся и искусный как в этих делах, так и в правилах, к гражданскому житию принадлежащих, радетельный, трудолюбивый, кроткий, ласковый и обходительный, но в высших воинских упражнениях вид строгости имеющий».

При назначении Михаила Илларионовича на новую должность исходили из того, что боевой, широко образованный генерал, тактичный и воспитанный, имел к тому же хотя и небольшой, но весьма полезный опыт преподавательской деятельности в Соединенной Артиллерийской и Инженерной школе, которую он успешно окончил чуть более 30 лет назад. Более достойных претендентов на должность главного директора кадетского корпуса не нашлось.

В именном указе Екатерины II от 15 сентября 1794 года говорилось: «Нашему генерал-поручику Михайле Голенищеву-Кутузову всемилостивейше повелеваем быть… главным директором Сухопутного кадетского корпуса под собственным нашим ведением».

Через два дня Михаил Илларионович доложил государыне, что он вступил в командование кадетским корпусом, приняв все его дела. Вместе с делами принималось и корпусное хозяйство.

Сухопутный Шляхетский кадетский корпус был создан в 1731 году, но его официальное открытие состоялось через два года. Созданный по инициативе одного из ближайших сподвижников Петра Великого, графа П.И. Ягужинского, корпус стал закрытым военно-учебным заведением для дворянских детей от 13 до 18 лет. Корпус расположили на Васильевском острове во дворце светлейшего князя А.Д. Меншикова, умершего в сибирской ссылке.

В разное время Сухопутный Шляхетский корпус возглавляли замечательные люди своей эпохи — граф Б. X. Миних, князь В.А. Репнин, князь Б.Г. Юсупов, И.И. Шувалов, И.И. Бецкой. Штат корпуса постепенно увеличился с 56 до 600 воспитанников, которые подразделялись на пять возрастов, обучавшихся по три года в каждой возрастной группе.

К первому возрасту причислялись кадеты от 5 до 9 лет, так как прием детей в корпус начинался в возрасте не старше шестого года. Ко второму возрасту относились воспитанники от 9 до 12 лет, к третьему — от 12 до 15, к четвертому — от 15 до 18, и, наконец, к пятому, выпускному — от 18 до 21 года.

Всего кадеты обучались в корпусе на протяжении 15 лет. Принимались не только дети дворян, но и старших офицеров — штаб-офицеров. Преимущество при приеме предоставлялось детям из неимущих семей и тем, чьи отцы были ранены или убиты на войне. Родители будущих кадет давали подписи в том, что они добровольно отдают детей в учебное заведение сроком не менее 15 лет.

Сухопутный Шляхетский кадетский корпус среди прочих военно-учебных заведений являлся основным поставщиком офицерских кадров в армию. Его выпускники служили на флоте и чиновниками в гражданских ведомствах. Императрица Екатерина II, посетившая кадетский корпус, назвала его «рассадником великих людей».

С первых дней своего появления в кадетском корпусе М.И. Голенищев-Кутузов привлек всеобщее внимание — корпусных офицеров-воспитателей, преподавателей, воспитанников. Этому в немалой степени способствовала та громкая слава, которая ходила за ним буквально по пятам после двух тяжелейших ранений в голову и подвига при легендарном штурме крепости Измаил.

Сам по себе Кутузов стал примечательным человеком для юных кадет. Один из воспитанников Шляхетского корпуса генерал-майор артиллерии И.С. Жиркевич в своих воспоминаниях так описывал прибытие нового главного директора: «Вид грозный, но не пугающий юности, а более привлекательный. Кутузова я и теперь очень помню и живо представляю в голубом плаще, три звезды — две на левой, одна на правой стороне, и шляпа на голове…»

Новый главный директор сумел с первых же дней «прийтись ко двору» большому коллективу кадет, их воспитателей и преподавателей. Да иного и быть не могло — доблестный генерал-поручик имел многолетний опыт командования полком и егерским корпусом. При первой же встрече с корпусными офицерами он предложил им высказать свои жалобы и предложения. Их оказалось немало, и не только личного характера. Михаил Илларионович постарался разрешить большинство из них.

М.И. Голенищев-Кутузов вновь показал себя заботливым начальником. Он подает представление на присвоение секретарю Совета корпуса Ивану Кремпину чина коллежского асессора. Затем следует прошение в Военную коллегию о награждении генерал-майора К.П. Ридигера, подполковника кадетского корпуса, орденом Святого Георгия 4-го класса за 25-летнюю безупречную и усердную службу. Хлопочет главный директор и о назначении пенсии вдове умершего поручика П. Леонтьева, 26 лет безупречно прослужившего при корпусе.

Новый начальник проводит реорганизацию Сухопутного Шляхетского кадетского корпуса, приблизив его структуру к армейской организации. Корпус был разделен на пять рот — четыре мушкетерские и одну гренадерскую. В ротах числилось 480 рядовых и 53 унтер-офицера. К ним добавлялось еще 84 воспитанника малолетнего отделения. Прием и выпуск из кадетского корпуса стали производить не через три года, а ежегодно. Окончательно новая организация корпуса вводилась с января 1797 года.

Кутузов решительно повернул учебный процесс от увлечения теоретическими курсами в сторону их практической направленности. Большое внимание стало уделяться обучению кадет отработке тактических приемов, ориентированию на местности, владению личным оружием, маршевой подготовке. Больше учебного времени было выделено на практические занятия по фортификации и артиллерийскому делу.

Главный директор стремился во всем подавать личный пример старшего воспитателя и педагога. Сильное впечатление на кадет производили читаемые им лекции по военной истории. Он не только со знанием предмета излагал военные события недавнего прошлого, анализируя боевые действия русской армии, но и столь же интересно и поучительно говорил о сложном пути, пройденном военным искусством.

Михаил Илларионович старается как можно больше времени проводить среди своих воспитанников — в учебных классах, жилых помещениях — «каморах», на строевых смотрах и утренних подъемах, «вечерних зорях».

По воспоминаниям бывшего кадета И.С. Жиркевича, Кутузов «с кадетами обходился ласково и такого же обхождения требовал и от офицеров. Часто являлся между ними во время наших игр, в свободные наши часы от занятий, и тогда мы все окружали его толпой и добивались какой-нибудь его ласки, на которые он не был скуп».

М.И. Голенищев-Кутузов высоко ценил тех, кто преуспевал в учебе. Наряду с поощрением кадет, он разрабатывает целую систему мер, способствующих повышению успеваемости воспитанников. Такая работа велась им настойчиво и последовательно. У тех воспитанников, кому трудно даются науки, Михаил Илларионович лично принимает экзамены, проводя предварительные собеседования.

Проявляется должная забота о чести «мундира» военноучебного заведения. Для наказания нерадивых кадет, лодырей и бездельников главный директор издает приказ по корпусу, в котором объявляет: «Из господ кадет и гимназистов великое число явилось ленивых, которым на поправление успехов даю месяц сроку; ежели и затем окажутся таковые, то унтер-офицеры будут разжалованы, а кадеты наказаны; ныне же явившихся ленивыми не отпущать со двора…»