Много труда отводится на повышение в воспитательном процессе роли корпусных офицеров, прямых наставников кадет. Ратным командирам вверяется в обязанность постоянный контроль за каждым воспитанником. Сообразно с армейскими правилами восстанавливается дисциплина в корпусе. Твердой рукой наводится должный порядок среди воспитанников, их начальников, казенных нижних чинов корпуса.

Вместе с тем Кутузов категорически запретил применение к кадетам каких-либо физических мер воздействия, обращая особое внимание на воспитательный метод убеждения с учетом возрастных особенностей кадет. «Когда наказания становятся частыми и чрезмерными, — говорил он, — худые поступки умножаются».

Новый главный директор сумел навести порядок в финансовом положении кадетского корпуса. Уже через месяц после своего назначения он «при сочтении казны» обнаружил, что учебное заведение должно «немалую сумму». Об этом генерал-поручик М.И. Голенищев-Кутузов донес рапортом императрице Екатерине И. Однако государыня заверялась, что с финансовыми долгами корпус может справиться самостоятельно путем строжайшей экономики по всем расходным статьям.

Чтобы рассчитаться с казенными долгами корпуса, главный директор принимает самые строгие меры по режиму экономии. Здесь его ближайшим помощником стал полковник Иван Андриевский, полицмейстер Сухопутного Шляхетского кадетского корпуса. Он взял на себя все вопросы, связанные с ремонтом старых зданий, проведением «каменных, плотничных и протчих работ». Регулярно проводились ревизии приходных и расходных сумм.

В должности главного директора кадетского корпуса Михаил Илларионович пробыл до середины декабря 1797 года. В одном из своих приказов он отмечал, обращаясь к кадетам: «Добрая воля и успехи господ унтер-офицеров, капралов и господ кадетов оправдывает доброе мое о них мнение с самого начала принятия, да благословит Бог течение их в сем благородном поприще. Надеюсь, что не погубят они в праздности драгоценного времени в классах, но приобретут знания, нужные благородному человеку во всяком состоянии…»

Михаил Илларионович имел полное право гордиться многими своими воспитанниками. Среди них были: генералы от инфантерии граф К.Ф. Толь и А.И. Хватов, боевые генералы М.Е. Храповицкий, А.К. Ридигер, A.B. Богдановский, A.A. Писарев, Ф.В. Сазонов, Я.А. Потемкин, другие воспитанники.

Многие из них стали активными участниками Отечественной войны 1812 года, георгиевскими кавалерами.

Исполнение должности главного директора престижного военно-учебного заведения стало важной вехой в кутузовской биографии. Прощаясь с воспитанниками Сухопутного Шляхетского кадетского корпуса при их выпуске, М.И. Голенищев-Кутузов говорил им: «…Я получал и чины, и ленты, и раны, но лучшею наградою почитаю то, когда обо мне говорят — он настоящий русский солдат. Господа! Где бы вы ни были, вы всегда найдете во мне человека, искренне желающего вам счастья, и который совершенно награжден за любовь к вам вашею Славою, вашею честью, вашею любовью к Отечеству».

Пройдет 15 лет и великий полководец России встретит многих своих воспитанников в рядах русской действующей армии, на полях сражений с Великой армией Наполеона в Отечественной войне 1812 года. Некоторые даже станут ближайшими помощниками «спасителя Отечества».

Императрица Екатерина II решила вернуть генерал-поручика М.И. Голенищева-Кутузова с его богатым боевым опытом в ряды русской армии. 14 (25) февраля 1795 года высочайшим повелением он назначается командовать сухопутными войсками в Финляндии. Исполнение этой должности Михаил Илларионович вынужденно совмещал с директорством в Сухопутном Шляхетском кадетском корпусе.

Подобное совмещение должностей, достаточно высоких, в екатерининское время практиковалось довольно широко. Поэтому местопребыванием военачальника частей, расквартированных недалеко от столицы Финляндии, так и остался Санкт-Петербург. Оттуда Голенищев-Кутузов выезжал на Карельский перешеек для инспектирования полков и крепостей, а затем вновь возвращался к исполнению обязанностей главного директора кадетского корпуса.

Государыня императрица не забывала благодарить по-монарши своих государственных мужей. В августе 1795 года Екатерина II пожаловала Михаилу Илларионовичу в потомственное владение земли польских поместий на Волыни, реквизированные у помещиков-шляхтичей, участвовавших в восстании Тадеуша Костюшко. Эти земли были пожалованы генерал-поручику в дополнение к имению Горошки на Волыни.

В число новых кутузовских наследственных владений вошли фольварки-хутора, мелкие усадьбы, поместья с хозяйственными постройками: Зубовщинское, Шершневское, Кропивное, Волянское, Челянщинское, Сколобовское, Краевщинское, Могилянское, Немеровское и местечко Райгородок. Общее число крепостных на землях исчислялось в 2667 человек мужского пола.

Одной из главных забот генерал-поручика Голенищева-Кутузова стало укрепление северных границ Российской империи. Он проводил проверки приграничных укреплений и местных путей сообщения, рекогносцировки местности на случай военных действий, поскольку пограничная со Швецией территория оказалась плохо изучена.

Им организуется топографическая съемка — «сочиняется карта Финляндии». Эта подробная карта впоследствии очень пригодилась Михаилу Илларионовичу, когда через три года ему поручили вести переговоры о демаркации линии границы со Швецией.

6 (17) ноября 1796 года неожиданно скончалась императрица Екатерина II, высоко ценившая Голенищева-Кутузова, покровительствовавшая ему в служебной карьере, и смерть ее, естественно, повлекла за собой изменения в судьбе будущего великого полководца.

Вступивший на российский престол ее 42-летний сын Павел I оказался противником многих из нововведений императрицы во внешней и внутренней политике России. К тому же он отличался неуравновешенным, взбалмошным характером, подозрительностью к окружавшим его людям, унижая их мелочной опекой.

В короткое царствование Павла I внешнеполитический курс России претерпел заметные изменения. В 1797 году умер прусский король и на королевский престол вступил его сын Фридрих-Вильгельм III, продолжатель династии Гогенцоллернов. Новый король отличался нерешительностью и вскоре попал под влияние статс-министра графа Х.А. Гаугвица, сторонника франко-прусского союза. Это делало Пруссию противником 2-й антифранцузской коалиции в лице Великобритании, Австрии и России.

Прусского короля стало привлекать предложение Франции участвовать в территориальном разделе Европы. Оценивая положение графа Гаугвица при королевском дворе, чрезвычайный посланник и полномочный министр России в Берлине Никита Петрович Панин писал: «К несчастию, известно положительно, что в прусском кабинете нельзя найти твердой почвы, покуда г. Гаугвиц будет занимать в нем первое место».

Сближение Пруссии и Франции ничего хорошего для России не сулило. Контакты прусского статс-министра с французским посланником в Берлине Кальяром зашли так далеко, что последний в одной из депеш своему правительству писал:

«Г. Гаугвиц до такой степени предан французской нации, что только от Директории зависит заключить договор о союзе. Он ожидает единственно новых инструкций для составления статей».