Не избежал вспышек гнева императора, его наказаний, которые сменялись монаршими милостями, и Голенищев-Кутузов. С одной стороны, он жалуется высокими наградами — орденами Иоанна Иерусалимского большого креста и Святого Андрея Первозванного. С другой — получает выговоры за назначаемые в полку слабые наказания подсудимым, за откомандирование без личного разрешения императора офицера-квартирмейстера в столицу для полковых надобностей, за пропуск через границу графа Прованского (курьера короля Франции Людовика XVIII, во время эмиграции жившего в России с 1797 по 1801 год и с 1805 по 1807 год).

Отношение императора Павла I к Михаилу Илларионовичу было неровное, но не самое худшее по тем временам. Кутузов продолжал добросовестно исполнять служебные обязанности, укрепляя государственную границу со Швецией, одновременно заботясь о защите прав граждан сопредельных сторон.

М.И. Голенищеву-Кутузову вновь пришлось продемонстрировать свое искусство дипломата. Летом 1798 года он, по императорскому рескрипту, возглавил российскую сторону на переговорах с командующим шведскими войсками в Финляндии генерал-лейтенантом бароном М. Клингспором по вопросу демаркации спорной пограничной территории, не решенному еще со времен Абовского мирного договора 1743 года. Неясности со спорными территориями остались и после заключения Верельского мирного договора 1790 года, закончившего Русско-шведскую войну 1788–1790 годов.

Переговоры затянулись прежде всего по той причине, что стороны руководствовались прежде всего военными соображениями. Они стремились так разграничить местность, чтобы ее положение и естественные препятствия обеспечивали надежное прикрытие подступов к своей территории и позволяли контролировать проходы через границу. Особенно это касалось демаркации границы вдоль реки Кюмены.

Неясные положения Абовского и Верельского мирных договоров требовали компромиссных решений — на это Михаил Илларионович не раз указывал в ходе переговоров императору Павлу I. Но неуступчивость российского монарха привела к их прекращению. Он предписал Кутузову прекратить все переговоры. Затем последовало распоряжение Павла I о направлении в Финляндию дополнительных войск для устрашения Швеции и сосредоточение их напротив спорных территорий.

В Европе тем временем сгущались тучи, предвестники большой континентальной войны. Захват Наполеоном Бонапартом Мальты, его египетская экспедиция, упрочение французского влияния в Голландии и Швейцарии заставили 2-ю антифранцузскую коалицию активизироваться. В 1799 году Россия направляет в Голландию экспедиционный корпус для совместных операций с англичанами против французов.

Однако военные действия для союзников на суше сложились неудачно. В битве при Бергене был взят в плен командующий русскими экспедиционными войсками генерал от инфантерии И.И. Герман. Император Павел I назначает на его место генерала от инфантерии М.И. Голенищева-Кутузова.

Тот в конце сентября незамедлительно выезжает к войскам. В пути приходит известие, что главнокомандующий союзными войсками английский герцог Ф. Йорк заключил с неприятелем конвенцию о прекращении военных действий и выводе союзных войск с территории Голландии. То есть антифранцузская коалиция потерпела военное поражение.

12 (23) ноября 1799 года в Гамбурге, откуда до голландской территории было рукой подать, Кутузов получил рескрипт императора Павла I, предписывающий ему возвратиться в Россию. Там он должен был принять все должности у генерала от инфантерии Б.Р. де Ласси, попавшего в опалу, — литовского военного губернатора, инспектора инфантерии Литовской и Смоленской, шефа Поповского мушкетерского полка.

Оказавшись на западных рубежах Российской империи, М.И. Голенищев-Кутузов принял командование над стоявшими там войсками. Новое назначение было связано с проводимой Павлом внешней политикой. Он направил в Италию войска под командованием генерал-фельдмаршала Суворова для войны против французов. В Средиземноморье вышла эскадра адмирала Ушакова для завоевания Ионических островов и создания форпоста на острове Мальта.

Император Павел I в высочайшем рескрипте сообщал Суворову о том, что его Итальянский поход будет поддержан тремя русскими армиями, расположенными вдоль российской границы. Эти армии составляли вторую линию русских войск, предназначенных для подкрепления действующих суворовских частей в случае начала большой европейской войны. Командующими армиями император назначил генерала от кавалерии французского маркиза на российской службе Ж.Ф. де Бомона Дотишиана (де Отишана), генерала от инфантерии М.И. Голенищева-Кутузова и генерал-фельдмаршала графа И.В. Гудовича.

В феврале 1800 года Михаил Илларионович вступил в должность шефа Псковского мушкетерского полка. (Этот полк впоследствии более 100 лет с гордостью носил имя прославленного русского полководца, с честью оправдывал свое почетное наименование ратными делами.)

Пограничные армии так и не двинулись в Европу. После окончания Итальянского похода A.B. Суворова, теперь уже генералиссимуса всех российских войск, М.И. Кутузов заботится об укомплектовании полков, возвращающихся из-за границы, принимает меры по укреплению границы с Пруссией, ведает всеми гражданскими делами в Вильно.

В мае 1800 года Россия вновь оказалась на грани большой войны, на сей раз с Великобританией. После разрыва с ней дипломатических отношений Павел I начал подготовку к военным действиям с англичанами. На западной границе формируются две армии: в Литве — под командованием генерала от кавалерии П.А. Палена, на Волыни — под командованием генерала от инфантерии М.И. Голенищева-Кутузова.

Чтобы проверить обученность и слаженность войск, в сентябре 1800 года в Гатчине проводятся большие маневры. Командуя войсками на гатчинских маневрах, Михаил Илларионович был высочайше отмечен в приказе по армии следующими словами: «…Весьма утешно для его Императорского Величества видеть достижения войска такого совершенства, в каковом оно себя показало по всех частях под начальством таковых генералов, которых качества и таланты, действуя таковыми войсками к такой нации, какова российская, не могут не утвердить и не обеспечить безопасности и целостности государства…»

Всем нижним чинам, участвовавшим в армейских маневрах, император Павел I пожаловал обычное вознаграждение — «по рублю, по чарке и по фунту говядины на человека».

В связи с созданием двух действующих армий на западной границе и подготовкой их к военным действиям М.И. Голенищеву-Кутузову подчинили Украинскую, Брестскую и Днестровскую инспекции, а П.А. Палену — Финляндскую, Санкт-Петербургскую, Лифляндскую, Литовскую и Смоленскую.

Отношения между Лондоном и Санкт-Петербургом продолжали ухудшаться. В сентябре 1800 года англичане принудили голодом сдаться французский гарнизон на Мальте. Император Павел I приступает к созданию против «владычицы морей» новой Лиги вооруженного нейтралитета, в которую намечалось вовлечь Швецию, Пруссию и Данию. Одновременно в Париж отправляется генерал от инфантерии барон Е.М. Спренгпортен.

Официальная цель его миссии — переговоры о возвращении русских пленных, фактическая — восстановление дипломатических контактов с наполеоновской Францией.