К полудню на «Кречет» явилась вооруженная «толпа» и потребовала, чтобы адмирал Непенин тоже шел на площадь встречать делегацию. Непенин, опасаясь, что в случае отказа она ворвется в помещения штаба и завладеет важными документами и шифрами, согласился, попросив своего адъютанта, лейтенанта П. И. Тирбаха, сопровождать его на берег. Оба шли впереди «толпы», в которой находился будущий убийца Непенина. Одетый в морскую унтер-офицерскую форму, будто бы с надписью «Гангут» на ленточке, тот все время держался позади адмирала с винтовкой наперевес. У ворот порта к адъютанту подошли из толпы несколько матросов и предупредили: «Уйдите, г-н лейтенант, здесь будет нехорошее дело». Едва Непенин в 13.45 миновал ворота, направляясь к Вокзальной площади, ему выстрелили в спину. Когда он упал, «из толпы» по нему был сделан еще ряд выстрелов из винтовок и револьверов — доказательство того, что там для надежности разместили и других стрелков. Тирбаха спасли его доброжелатели, силком оттащив в сторону.

Вследствие пассивности Временного правительства убийство не расследовалось[2622]. Английская секретная служба выяснила, что «Непенин застрелен в спину немецким агентом»[2623]. Керенский знал, что убийцей являлся немецкий агент, штатский, переодетый в форму[2624]. Личность его так и не установили[2625]. Опрошенные матросы категорически отрицали участие в убийстве и, очевидно, действительно не были к нему причастны: «Авторитет Непенина казался опасным тем, кто хотел разложить боевую силу Балтийского флота»[2626].

После убийства Непенина всех служащих штаба увели, оставив под подписку несколько офицеров для ведения текущих дел и священника. Штаб Балтийского флота перестал существовать. В 14.40 штабной офицер по аппарату Хьюза уведомил военного и морского министра А. И. Гучкова о случившемся. В 15.35 министр утвердил избрание Максимова. В 16.00 пришел поезд с петроградскими народными представителями: уполномоченным Думского комитета по финским делам Родичевым (кадет), членом Исполкома Совета Скобелевым (меньшевик) и двумя депутатами Петросовета. Они постарались утихомирить бунтующих матросов, причем особый успех возымела близкая народу риторика Родичева. Затем гости и новый командующий флотом в «сопровождаемых адской овацией трех автомобилях под красными флагами» прибыли на «Кречет». Депутаты Совета распорядились, чтобы впредь все команды оставались на своих кораблях и никто на берег не сходил. Вечером некоторые офицеры «Кречета» вернулись из города, других по-прежнему держали под арестом.

После убийства адмирала преследования офицеров к вечеру 4 марта немного пошли на спад. На «Кречете» стало еще известно, что в тот день погиб командир миноносца «Меткий», старший лейтенант П. Г. Витт, застреленный с берега из винтовки каким-то солдатом из толпы. На «Диане» в 18 часов были арестованы капитан II ранга Б. Н. Рыбкин и лейтенант Любимов, уведены с корабля и на берегу убиты неизвестными. Тотчас на «Диану» пришел Родичев в сопровождении нового комфлота и опросил участников инцидента. Матросы, уведшие Рыбкина и Любимова, «клялись, что они не убивали!»[2627] В 21.20 «Кречет» получил с «Петропавловска» телефонограмму с распоряжением немедленно арестовать и препроводить туда лейтенанта Будкевича. Хотя против Будкевича никто ничего не имел, команда повиновалась. Однако, расспросив в Морском собрании депутатов «Петропавловска», Родичев выяснил, что на «Петропавловске» ничего о распоряжении насчет Будкевича не знают. Возможно, ему удалось спасти жизнь. Команда «Андрея Первозванного» поздним вечером заявила, что не выпустит своих офицеров, пока не будут удовлетворены ее требования.

Среди 38 или 39 известных по именам жертв этих двух дней и ночей находились офицеры, о чьей смерти нет подробных данных. Они служили преимущественно в минной обороне. К ним относятся командир тральщика «Ретивый» 1-го дивизиона минных тральщиков, лейтенант А. Н. Репнинский, и мичман Д. Н. Чайковский. Неизвестные лица в матросской форме убили командира тральщика «Взрыв», капитана II ранга К. П. Гильтебрандта, командира тральщика № 218, старшего лейтенанта Л. К. Львова, и командира тральщика «Минреп», лейтенанта А. Г. Бойе. При невыясненных обстоятельствах погибли также командир посыльного судна «Куница», лейтенант А. П. Ефимов, и командир сетевого заградителя «Зея», лейтенант граф В. М. Подгоричани-Петрович. На миноносце «Эмир Бухарский» 5-го дивизиона неизвестные пришельцы напали на трех офицеров, обедавших в кают-компании, — старшего лейтенанта Варзара, мичмана Лауданского, мичмана Нейберга — и расправились с ними. На миноносце «Уссуриец» того же дивизиона были убиты командир, капитан II ранга М. М. Поливанов, и механик, старший лейтенант А. Н. Плешков. Командир «Гайдамака», услышав выстрелы, попросил своего мичмана Биттенбиндера выяснить, что случилось. Едва тот показался на палубе, в него выпустили несколько пуль из нагана.

Как и в Кронштадте, помимо морских офицеров на кораблях и на берегу, жертвами неведомой руки становились администраторы и техники, занимавшие руководящие посты: так, 5 марта лишились жизни комендант Свеаборгского порта, генерал-лейтенант В. Н. Протопопов[2628],и корабельный инженер Л. Г. Кириллов. Сверх того, в Гельсингфорсе убили неизвестное число офицеров сухопутных сил. «Большинство из них погибло от руки таинственных убийц в формах матросов и солдат, но были павшие и от рук своей собственной команды»[2629].

Поиск виновных вел свидетелей и наблюдателей в двух направлениях. С большой уверенностью в целенаправленных убийствах и расстрелах винили немецких агентов. Помимо того, убийц считали организованными членами некой не идентифицированной, тайной политической группировки, которые в некоторых случаях действовали под видом представителей недавно созданных органов. В итоге одни наблюдатели приписывали убийства «германским агентам, с целью расстроить боеспособность флота; другие — какой-то таинственной организации, тем более что в городе появился список офицеров, намеченных к убийству, причем в него были помещены все командиры, старшие офицеры и старшие специалисты. Если бы убийства действительно были бы по нему выполнены, то флот оказался бы совершенно без руководителей». Так или иначе, приверженцы обеих версий не сомневались, «что все эти эксцессы были вызваны искусственно, под влиянием агитации, совершены просто подосланными убийцами, а не были вспышкой негодования за отношение начальства к подчиненным»[2630].