Разрыв отношений между Москвой и Казанью был омрачен русским погромом, произошедшим за несколько месяцев до кончины Ивана III. 24 июня 1505 г. были перебиты и пленены находившиеся в Казани московские купцы и их люди (всего, по сообщению Ермолинской летописи, погибло «болши 15 тысящь, из многих городов»), арестованы великокняжеские послы — сокольничий Михаил Степанович Кляпик Еропкин и Иван Брюхо Верещагин. Тогда же был разбит какой-то московский отряд, численностью в 10 тыс. воинов — об этой победе год спустя вспоминал хан Мухаммед-Эмин в направленном в Литву послании. Воодушевленные успехом татарские и союзные им ногайские отряды, общей численностью до 60 тысяч человек, впервые, после многих мирных лет, напали на нижегородские волости. 30 августа 1505 г. вражеские войска перешли пограничную реку Суру, а в сентябре не только осадили Нижний Новгород, но и сожгли его посад[4]. Сам город, в котором почти не было служилых людей, устоял лишь благодаря заслугам выпущенных из тюрем 300 литовских пленников, присланных сюда после Ведрошской победы.

Русское правительство предприняло попытку вернуть Казанское ханство под свою власть и в апреле 1506 г. направило на Волгу большое карательное войско — «воевод множество и воиньство бесчислено». Командовал им младший брат Василия III удельный князь Дмитрий Иванович Углицкий («Жилка»). В походе принимали участие войска и другого удельного князя — Федора Борисовича Волоцкого, а также часть великокняжеской рати под командованием воеводы князя Федора Ивановича Бельского. Большая часть войска шла к Казани на кораблях, по берегу двигался лишь конный полк князя Александра Владимировича Ростовского. Русское командование попыталось также блокировать «перевоз» на Каме, направив туда рать князя Семена Федоровича Курбского. 22 мая 1506 г. судовая рать подошла к татарской столице и вступила в бой с противником, но, атакованная с тыла казанской конницей, потерпела поражение и была разбита у Поганого озера. Потеряв множество воинов убитыми и пленными русские полки отступили к своему укрепленному лагерю и укрылись в нем. В числе пленных был и третий воевода Большого полка Дмитрий Васильевич Шеин, месяц спустя, накануне второго сражения русских и татарских войск, казненный казанцами.

Получив известие о неудачном сражении, Василий III срочно направил из Мурома к Казани, новое войско под командованием князя Василия Даниловича Холмского, приказав брату не начинать активных действий до прибытия этой рати. Тем не менее, 22 июня 1506 г., после прихода конницы кн. А. В. Ростовского русское войско вновь стало готовиться к сражению, которое произошло через три дня. Московское войско было снова разбито и, потеряв все пушки, отступило. Князь Дмитрий Иванович с пехотными полками на кораблях ушел к Нижнему Новгороду. Другая часть разбитой армии под командованием касимовского царевича Джаная и воеводы Федора Михайловича Киселева ушла степью на Муром. В 40 верстах от русской границы отряд Джаная и Ф. М. Киселева был настигнуты татарами, но сумел отбиться, и ушел на свою сторону.

Продолжение конфронтации с Москвой не устраивало Мухаммед-Эмина, хотя первоначально, воодушевленный успехом, он попытался заключить антирусский союз с Крымом и Литвой и направил своих послов в Бахчисарай и Вильну. Дошедшее до нас послание казанского хана королю польскому и великому князю литовскому Александру Казимировичу с сообщением о победе под Казанью настолько воодушевило адресата, что он решил вступить в союз с Казанью и Крымом и начать подготовку новой войны с Москвой. Литовская сторона направила в Казань своего посла пана Сороку, но к этому времени ситуация в отношениях между Василием III и Мухаммед-Эмином изменилась в лучшую сторону. Хан, стремившийся к восстановлению полной независимости своего государства, сразу же забыл о воинственных намерениях в отношении России, едва узнал о желании последней нормализовать отношения с Казанью. Вскоре между недавними противниками был заключен мирный договор и восстановлены добрососедские отношения. Впрочем, отныне русское правительство стало более настороженно относиться к своему восточному соседу, укрепив пограничные города. Так, с осадой Нижнего Новгорода в сентябре 1505 г. связана постройка в этом городе в 1508–1510 гг. каменной крепости. Возводил ее с учетом новейших фортификационных достижений XVI в. мастер Петр Фрязин.

Несмотря на перечисленные эксцессы, время от времени омрачавшие русско-казанские отношения, в целом они развивались в мирном русле, что позволило Ивану III, после победоносного похода 1487 г. сосредоточить свои усилия на решении других внешнеполитических задач, прежде всего на возвращении западнорусских земель, входивших в состав Великого княжества Литовского.

На первых порах в отношениях с Литвой великий князь Иван III действовал чрезвычайно осторожно, стараясь уговорами и обещаниями привлечь на свою сторону служивших Литовскому государству русских верховских князей, владения которых находились в верховьях р. Оки. Они сохраняли известные права и привилегии, за соблюдением которых очень внимательно следили в Москве, постоянно оговаривая их в докончаниях (договорах) с Литвой. Среди факторов, оказавших значение на окончательный выбор ими сюзерена, определяющими стали русское происхождение (верховские князья были потомками князя Михаила Всеволодича Черниговского), непоколебимая верность православию. Свою роль в этом выборе сыграла близость степных границ, откуда с удручающим постоянством на литовские земли совершали набеги войска союзного Москве крымского хана Менгли-Гирея.

Отъезды верховских князей на московскую службу начались еще в начале 1470-х гг. Одним из первых перешел к Ивану III князь Семен Юрьевич Одоевский, погибший осенью 1473 г. во время одного из пограничных конфликтов. Его сыновья Иван Сухой, Василий Швих и Петр Семеновичи Одоевские, владевшие половиной родового города Одоева, уже верой и правдой служили московскому государю, участвуя в постоянных столкновениях на границе. Однако другие верховские князья не спешили следовать примеру Одоевских. Выезд в Москву в 1481–1482 гг. Федора Ивановича Бельского вряд ли можно считать обычным княжеским отъездом с сохранением своей «отчины». Он вынужден был бежать из Литвы, спасаясь после неудачного заговора против Казимира IV Ягеллончика, в котором Ф. И. Бельский был замешан вместе со своими родственниками князем Михаилом Олельковичем и Иваном Гольшанским, собиравшимися отторгнуть в пользу Московского государства всю восточную часть Великого княжества Литовского вплоть до реки Березины. В Москве Ф. И. Бельский был благосклонно принят и щедро пожалован, но все его литовские владения были конфискованы Казимиром.

Массовый характер переходы верховских князей на московскую службу приобретают, начиная с 1487 г. Чрезвычайно важным представляется явно не случайное совпадение этой даты с казанским взятием 9 июля 1487 г. Высвободив свои войска на востоке, Иван III усилил нажим на Литву, создавая прецеденты для вмешательства во внутренние дела этого государства. Одним из первых, разграбив город Мезецк, отъехал к Москве князь Иван Михайлович Воротынский. В начале октября 1487 г. к Ивану III прибыло литовское посольство с жалобами на действия князя Воротынского и помогавших ему князей Одоевских. Исходя из этой даты, А. А. Зимин предполагал, что Иван Михайлович перешел на московскую службу осенью 1487 г., а М. М. Кром относит его отъезд к первой половине этого года. Несомненно, литовское посольство князя Тимофея Владимировича Мезецкого прибыло в Москву вскоре после отъезда князя Воротынского, но, вряд ли осенью. Несмотря на чрезвычайный характер этой миссии, принятие решения об ее отправлении и дорога в Москву должны были занять не менее месяца. Вероятнее всего, мезецкие события произошли в августе 1487 г. Участие в них давно уже служивших Ивану III князей Ивана Сухого, Василия Швиха и Петра Семеновичей Одоевских, указывает на явную заинтересованность в таком развитии событий великого князя, а, между тем, он вряд ли мог решиться на эскалацию конфликта с Литвой до благополучного окончания войны с Казанью.