Ливонские власти, испуганные возросшей военной мощью Московского государства, поспешили начать с ним мирные переговоры, завершившиеся 1 сентября 1481 г. подписанием в Новгороде 10-летнего перемирия. Условия его были зафиксированы в двух соглашениях, скрепленных в первом случае представителями дерптского епископа и Пскова, во втором — Ордена и Великого Новгорода. Обе стороны, договорившись сохранить старую границу («А земли и воде Великому Новугороду с князем мистром старыи рубеж — Щуцкого (Чудского. — В. В.) озера стержнем Наровы реки в Солоное море»), несколько изменили условия обеспечения торговли русскими товарами в Нарве (Ругодив) и других городах Ливонии.

Укрепив свою власть в завоеванной Новгородской земле и отразив агрессию ливонцев против Пскова, великий князь вновь обратил внимание на восток, попытавшись завоевать для жившего в Москве татарского царевича Мухаммеда-Эмина Казанское ханство. В 1482 г. он начал готовить большой поход на Волгу, однако дальше демонстрации московской силы дело не пошло. Устрашенные возможностью русского вторжения татары поспешили заключить с Иваном III мир («царь Казанскый присла с челобитьем»), по-видимому, на весьма выгодных для него условиях. Несостоявшийся поход интересен несколькими подробностями своей подготовки. Во-первых, как и 1469 г. вторжение готовилось не только с запада — на Волжском направлении, но и с севера — на Устюжско-Вятском направлении, куда с полками были направлены воеводы В. Ф. Сабуров, В. Ф. Образец Симский и князь С. И. Хрипун Ряполовский. Во-вторых, для участия в походе в Нижнем Новгороде была сосредоточена артиллерия, в том числе и осадная, при которой находился Аристотель Фиораванти. И, наконец, была создана и действовала единая система управления войсками. Об этом свидетельствует сохранившийся фрагмент наказа, посланного стоявшим в Нижнем Новгороде воеводам Ивану Василевичу Булгаку, Семену Ивановичу Молодому Ряполовскому и Ивану Юрьевичу Шаховскому. Он содержал указание (по определению Ю. Г. Алексеева «директиву главного командования») действовать против противника в «лехких судах», видимо, для устрашения его.

Мирные отношения с Казанью вполне устраивали Ивана III, но, когда в 1485 г. недовольные Али-ханом казанцы выступили против него, великий князь поспешил использовать эту ситуацию и добиться провозглашения новым «царем» своего ставленника Мухаммед-Эмина. К Казани было отправлено русское войско под командованием князя Василия Ивановича Шихи Оболенского и Юрия Захарьича Кошкина. Они успешно выполнили свою задачу и казанским «царем» стал 17-летний Мухаммед-Эмин, почти всю свою сознательную жизнь проживший в Москве и вполне готовый признать верховную власть русского государя. Однако его подданные к этому готовы не были. Особое возмущение вызвало у них согласие нового хана выдать врагов Москвы присланным от великого князя воеводам Василию Ивановичу Оболенскому, Василию Семеновичу Тулупу Стародубскому и Тимофею Прозоровскому. Узнав об этом, «князи казанские воле ему не дали, хотели Магмедина самого убити». Зимой 1485/86 г. Мухаммед-Эмину и его младшему брату Абдул-Латифу пришлось бежать к великокняжеским воеводам и под их защитой отступить на русскую территорию.

Иван III радушно принял изгнанников. Мухаммед-Эмину был пожалован городом Каширой, щедрые пожалования получил его брат и другие знатные беглецы.

Воспользовавшись бегством Мухаммед-Эмина, на казанский престол при поддержке ногайцев вернулся Али-хан. Сохранилось интересное сообщение о его намерении расправиться со своими недругами (без сомнения теми знатными князьями и мурзами, которые передали престол Мухаммед-Эмину), но им также удалось уйти в русские пределы.

Весной 1486 г. московские полки сумели вернуть Мухаммед-Эмина на казанский престол, но, после их ухода, сторонники Али-хана вновь взяли верх и вынудили московского ставленника уйти на Русь.

Поддержка, оказанная Иваном III сопернику Али-хана несомненно испортила и без того сложные русско-казанские отношения. Косвенным подтверждением этому является начавшееся тогда возобновление укреплений городов, которые могли подвергнуться татарскому нападению. Новая война была неизбежна, и великий князь, учитывая опыт прошлых неудач, решил добиваться политического подчинения Казанского ханства своей власти. Лишенный престола, но сохранивший титул «царя» Мухаммед-Эмин вынужден был дать Ивану III вассальную присягу и назвать его своим «отцом».

В Москве начинаются масштабные военные приготовления, т. к. реализовать далеко идущие замыслы великого князя о подчинении Казани было невозможно без окончательной победы над Али-ханом и воцарения на казанском престоле Мухаммед-Эмина. 11 апреля 1487 г. в решающий поход на Среднюю Волгу выступило войско, которое вели лучшие московские воеводы князь Даниил Дмитриевич Холмский, князь Иосиф Андреевич Дорогобужский, князь Семен Иванович Хрипун Ряполовский, князь Александр Васильевич Оболенский и князь Семен Романович Ярославский. 24 апреля вслед за ними выехал и «царь» Мухаммед-Эмин.

Татары попробовали остановить продвижение московской рати, но были разбиты в сражении близ устья реки Свияги и отступили к Казани. 18 мая 1487 г. началась осада города. Казань была окружена валом и частоколом (острогом), отряд князя Али-Газы (Алгазы), пытавшийся препятствовать осадным работам русских, был разбит и отогнан за Каму. Осада продолжалась три недели. 9 июля 1487 г. Казань сдалась, и русское войско вступило в город. Али-хан, его жены, мать царица Фатима, братья Мелик-Тагир и Худай-Кул, а также сестра царевна Ковгар-Шад были уведены в плен. Свергнутый хан, вместе с женами, был заточен в Вологде, его близкие — на Белоозере в пригородной слободе Карголом, другие знатные татары — «розсажены по посельским» (по великокняжеским селам). Пленные, согласившиеся дать «роту» (присягу), что «им государю хотеть великому князю добра» были отпущены в Казань, где прочно воцарился Мухаммед-Эмин, а московским наместником при нем стал Дмитрий Васильевич Шеин.

Победа, одержанная Москвой над Казанью, имела огромное значение. Окончательно покорить татарское государство в 1487 г. не удалось, но на долгие годы оно попало в тесную зависимость от русской политики. Впрочем, московское правительство не выдвигало тогда к Казани ни территориальных, ни особенных политических требований, ограничившись полученными от нового казанского «царя» обязательствами не воевать против России, не выбирать нового хана без согласия великого князя, гарантиями обеспечения безопасности русской торговли. Мухаммед-Эмин пользовался полным доверием и поддержкой русского правительства, вплоть до кризиса 1495–1496 гг., когда Казань была захвачена войсками сибирского царевича Мамука. Свергнутый казанский «царь» укрылся в России, а новым ханом, после отступления Мамука в 1496 г. был провозглашен младший брат Мухаммед-Эмина Абдул-Латиф, в отличие от старшего брата воспитанный не при московском дворе, а в Крыму. Укрепившись на престоле, Абдул-Латиф решил разорвать мир с Москвой, но в 1502 г. был выдан русскому послу князю Василию Ивановичу Ноздроватому Звенигородскому, а затем сослан на Бело-озеро. В Казань вернулся «московский татарин» Мухаммед-Эмин, поначалу соблюдавший верность Москве, но затем, под нажимом своих князей и уланов, занявший более независимую позицию и восстановивший полный суверенитет своего государства. Изменение характера русско-татарских отношений произошло накануне смерти Ивана III (27 октября 1505 г.). Воспользовавшись близостью кончины великого князя, Мухаммед-Эмин отказался возобновить договорные отношения, существовавшие между ним и Москвою. Позже, уже после смерти Ивана III, «царь» использовал в качестве объяснения своих враждебных действий «роту», которую он дал свергнутому Дмитрию-внуку, находившемуся в заточении у нового русского государя Василия III. В своем ответе на присланное из Москвы требование о новой присяге казанский хан сообщал: «Яз есми целовал роту за великого князя Дмитрея Ивановича, за внука великого князя, братство и любовь имети до дня живота нашего, и не хочю быти за великим князем Васильем Ивановичем. Великий князь Василей изменил братаничю своему великому князю Дмитрею, поимал его через крестное целованье, а яз, Магмед Аминь казанский царь, не рек ся быти за великим князем Васильем Ивановичем, ни роты есми пил, ни быти с ним не хощу».