При этом важнейшие политические вопросы традиционно рассматривались в Совете министров «без канцелярии». Соответственно, журнал заседания не составлялся, и большая ответственность возлагалась на премьер-министра, который докладывал императору вопрос, разрешенный, по сути, в ходе частной беседы. В 1916 г., т. е. в период премьерства Б.В. Штюрмера, неформальная, в сущности важнейшая часть заседания Совета министров практически сошла на нет. H. H. Покровский впоследствии говорил, что высшая правительственная коллегия все более напоминала ему прежний Комитет министров, который «пропускал» малозначимые законопроекты, утверждал кредиты, а политические вопросы не обсуждал. Характерно, что и Горемыкин, и Штюрмер были «бесстрастными» председателями, которые вели себя крайне пассивно на заседаниях Совета министров и в ход обсуждения тех или иных (преимущественно технических) вопросов вмешивались редко.

Неспособность правительства оперативно решать значимые вопросы побуждала создавать иные коллегии высших чиновников, фактически дублировавшие Совет министров. Так, 19 декабря 1915 г. по инициативе министра земледелия А.Н. Наумова был создан «Совет пяти министров». Он включал военного министра, министра внутренних дел, земледелия, путей сообщения, торговли и промышленности. Это были те должностные лица, которые отвечали за проблему снабжения гражданского населения и армии топливом и продовольствием. Изначально на этих совещаниях председательствовал А.Ф. Трепов, впоследствии — Б.В. Штюрмер. Деятельность «Совета» продолжалась сравнительно недолго. Он был закрыт 24 мая 1916 г. под давлением Государственной думы и лично М.В. Родзянко, который усматривал в этом учреждении признак надвигавшейся диктатуры.

С формальной точки зрения, с началом войны полномочия Совета министров как будто бы только расширились. 24 июля 1914 г. он получил право принимать многие решения без санкции императора (в т. ч. самостоятельно утверждать некоторые всеподданнейшие доклады). Только особо важные журналы Совета министров подлежали непосредственному утверждению царя. И все же в период войны проблемы, связанные с функционированием «объединенного правительства», стали лишь острее. В силу своих личных качеств все председатели Совета министров в 1914–1917 гг. не обладали должным авторитетом, чтобы консолидировать деятельность ведомств. Министры ориентировались не на позицию премьера, а, прежде всего, императора и его ближайшего окружения. Соответственно, Совет министров оказался неспособным стать более или менее самостоятельным политическим центром, что, в том числе, и обеспечивало господство неформальных объединений, имевших возможность оказывать существенное влияние на решения верховной власти.

Также не были отчетливо размежеваны сферы компетенции Совета министров и Ставки, что обуславливало столкновение интересов этих учреждений. Военному командованию была подчинена гражданская администрация в зоне театра военных действий. При этом данные территории не были изъяты из сферы ведения гражданских властей. Министры узнавали о распоряжениях военной администрации post factum и не имели возможности предпринять соответствующие шаги, чтобы действия Ставки не входили в противоречие с общегосударственными мерами. Территория же, подотчетная военному командованию, была весьма обширна и включала в себя даже столицу. В этой связи рассматривался вопрос о назначении особого лица, который был бы посредником между Ставкой и правительством. В качестве кандидатов на эту должность рассматривались гр. П.Н. Игнатьев и кн. Б.А. Васильчиков, а также бывший министр внутренних дел П.Н. Дурново. Верховный главнокомандующий вел. кн. Николай Николаевич считал, что предполагаемый посредник должен быть непосредственно подчинен военному командованию, и ему казалось крайне желательным, чтобы он был назначен из чинов канцелярии Совета министров или Государственной канцелярии. В итоге в сентябре 1914 г. им стал помощник статс-секретаря Государственного совета кн. Н.Л. Оболенский, который возглавил канцелярию по гражданской части при верховном главнокомандующем. Однако, будучи полностью подотчетным вел. кн. Николаю Николаевичу, он, естественно, не справлялся с обязанностями посредника, что отчасти обессмысливало само это назначение.

Кн. Н.Л. Оболенскому пришлось практически с нуля формировать штат подчиненных ему чиновников. В самом начале войны обязанности гражданской администрации взвалили на себя дипломаты, состоявшие при Ставке. Однако эти чиновники совсем не были подготовлены к выполнению столь сложных и малоизвестных им функций. А министр внутренних дел Н.А. Маклаков отказывался командировать служащих своего ведомства к верховному главнокомандующему. Кроме того, гражданские дела «терялись» и в других управлениях Ставки. Поначалу состоявшему при Оболенском А.А. Лодыженскому приходилось собирать в отделах Штаба груду бумаг, остававшихся без всякого движения. Их приходилось разбирать четырем чиновникам, служившим в гражданской части. Причем двое из них занимались исключительно технической работой: подшивали дела и работали на пишущей машинке.

Круг подчиненных Оболенского был крайне ограничен, а сфера компетенции чрезвычайно обширна. Сам он говорил так: «Поле нашей деятельности распространяется на 33 губернии, объявленные на военном положении. Фронт наших армий простирается от Балтийского моря до Черного. К этому надо прибавить завоеванные Галицию и Буковину. Кроме того, еще Кавказ. Но там, на занятой турецкой территории действует Наместничество и нас кавказские дела коснутся мало». Н.Л. Оболенскому пришлось выстраивать систему управления на занятых неприятельских территориях, с чем, согласно воспоминаниям А.А. Лодыженского, даже Министерство внутренних дел не справлялось. Оно переадресовывало эти вопросы губернаторам западных окраин Империи. Те же, в свою очередь, отправляли в Галицию и Буковину худших чиновников своей администрации.

Сфера компетенции гражданской администрации при Ставке этим не ограничивалась. Ей надо было решать судьбу пленных. Их предполагалось отправлять на работы во внутренние губернии России взамен мобилизованных в армию русских крестьян. Кроме того, без согласования с Петроградом был решен вопрос о выселении из прифронтовой зоны во внутренние губернии России немцев-колонистов и евреев. Вскоре после своего утверждения в должности кн. Н.Л. Оболенский был назначен помощником Варшавского генерал-губернатора. В качестве руководителя военной администрации его фактически сменил А.А. Лодыженский. При Лодыженском количество чиновников, занимавшихся гражданскими делами, возросло до пяти, что, конечно, опять же не соответствовало масштабу решаемых им задач. При этом сам Лодыженский, по оценке М.К. Лемке, не был готов к столь ответственной работе. Это был «ничего не знающий юнец».

Ставка решала многие вопросы, не ставя в известность Совет министров, практически игнорируя позицию правительства. Показателен случай, когда в марте 1915 г. министр финансов П.Л. Барк получил от H. H. Янушкевича телеграмму с указанием к 1 ноября 1916 г. перевести в США 400 млн. руб. золотом за заказанные шрапнели. Речь шла о трети всего золотого запаса России. Причем контракты были подписаны без всякой санкции со стороны правительства. По мнению министра земледелия А.В. Кривошеина, беспорядок в работе железнодорожного сообщения происходил от их двойной подчиненности министерству путей сообщения и Ставке. Причем военные в данном случае не могли эффективно управиться с возложенными на них функциями. С этим соглашался управлявший министерством внутренних дел кн. Н.Б. Щербатов. Он указывал на безответственность военных властей, которые не считались с общероссийскими интересами. При этом вел. кн. Николай Николаевич, будучи главнокомандующим, отказывался принимать в расчет интересы гражданского населения (в том числе и проживавшего в столице). На замечания министра путей сообщения он отвечал так: «Главное теперь снабжение армии, защищающей Россию; а если для этого в Петрограде будут мерзнуть, останутся без трамваев или даже без воды, то — что ж делать: придется им жить так или даже помирать».