Учреждение архимандритии в Спасо-Каменном монастыре (хотя он и не являлся в строгом смысле городским) способствовало сословной консолидации, пусть и сравнительно поздней, в Вологодской епархии, чёрного духовенства, воплощало в себе его «представительство». Во всяком случае, спасо-каменские архимандриты присутствовали практически на всех церковных и церковно-земских соборах конца XVI–XVII в. и первыми ставили свои подписи под соборными актами.

Первым настоятелем, получившим почётный титул архимандрита, в рамках Устюжской десятины Ростовской епархии стал глава Михайло-Архангельского монастыря (не позднее 1510 г.). Отметим близость судебного статуса этой обители и соборной Успенской церкви – для обоих в XV-начале XVI в. существовал единый срок по предъявлению гражданских и духовных исков – Сретение. Второй после Михайло-Архангельского монастыря в Устюжском крае была архимандрития во Введенском Сольвычегодском монастыре, установленная не позднее 1605 г. В грамоте Ростовского митрополита Кирилла о поминовении умершего царя Б. Ф. Годунова от 19 марта 1605 г. церковная организация Сольвычегодска и Усольского уезда выглядит вполне сложившейся – помимо Введенского архимандрита, в неё входил протопоп соборной Благовещенской церкви, игумены второстепенных монастырей, попы и дьяконы посадских церквей. В рамках отдельно взятых севернорусских городов с прилегающей к ним округой соборные церкви (с их протопопиями) и институты архимандритии играли организующую местное белое и чёрное духовенство роль.

В более раннее время, при отсутствии института архимандритии, организация чёрного духовенства Белозерско-Вологодского края по-своему была иерархична. В этом отношении показательна грамота вел. кнг. Марии Ярославны в Кириллов монастырь о поминовении Пафнутия Боровского 1477–1482 гг. В ней Кириллов, Ферапонтов и Спасо-Каменный монастыри получали на поминальную «кормлю» по 3–4 руб. «и с тем, монастырями, которые к ним тянут». Группа других монастырей в соответствии с получаемой «кормлей» – 1,5 руб. – занимала более младшее положение (Павлов Обнорский, Спасо-Прилуцкий, Николо-Озерский, Покровский Сямженский), а далее указывался Покровский Глушицкий (1 руб.), белозерские Никитский на Шексне и Троицкий Усть-Шехонский (по 25 алт.) монастыри.

О существовании епархиальной иерархии монастырей свидетельствует опубликованная В. С. Румянцевой «Вологодская степень», а составлена была она в архиерейском доме в 1620-х гг. Не случайно в ней на первое место был поставлен именно Спасо-Каменный монастырь, на второе – Спасо-Прилуцкий. Иногда царская власть вмешивалась в соблюдение «субординации» монастырей. В 1647 г. царь Алексей Михайлович предписал Вологодскому архиепископу Маркеллу соблюдать в рамках «освященного собора» своей епархии старшинство игумена Дионисьево-Глушицкого монастыря над игуменом Корнильево-Комельского, чтобы игумен последнего Антоний не «отымал то место» у глушицкого настоятеля. Такое решение было принято царём на основании разысканной среди документов Приказа Большого дворца более древней «Вологодской степени». Сама же деятельность института соборного представительства в Вологодской епархии XVII в. осуществлялась и в форме соборных заседаний при владыке, и в коллективных богослужениях «о государевом здравии и всего православного христианства».

Когда в 1651 г. архимандрития была наконец учреждена в Спасо-Прилуцком, именно эти два архимандрита (спасо-каменский и прилуцкий) стали олицетворять верхушку духовного приказа архиерейской кафедры во второй половине XVII – начале XVIII в. В опубликованной В. Ундольским книжной описи степенных монастырей 1653 г. три вологодских монастыря расположены в следующем порядке: Спасо-Каменный, Спасо-Прилуцкий, Дионисьево-Глушицкий (Покровский).

Большинство остальных монастырей получили архимандритию сравнительно поздно: устюжский Троице-Гледенский – в 1692 г., вологодский Корнильев-Комельский – в 1683 г., вологодский Павлов Обнорский – в 1694 г., тотемский Спасо-Суморин – в 1686 г. (последний – наверняка в связи с учреждением Устюжско-Тотемской епархии в 1682 г.). Тогда-то вся организация чёрного и белого духовенства в рассматриваемых нами северных епархиях получает законченный и целостный вид. В завещании архиепископа Великоустюжского и Тотемского Александра 1699 г. церковная организация обрисована так: архимандриты (их было уже три – устюжские Михайло-Архангельский, Троице-Гледенский и тотемский Спасо-Суморин монастыри), игумены (Иоанно-Предтеченского, Николо-Прилуцкого и Троице-Телегова монастырей), соборяне (протопоп и ключарь), градские священники с диаконы. Кроме того, имелась должность домового архимандрита, архиерейского казначея-старца Иоасафа.

К моменту учреждения опричнины Ивана Грозного Вологда представляла собой, судя по иностранным свидетельствам (например, английского путешественника Антонина Дженкинсона), большой торговый город. Побывав здесь в 1557 г., он отметил обилие принадлежащих вологжанам дощаников, курсирующих между низовьями Двины и Вологдой для доставки соли с Белого моря. К этому же времени Вологда была также крупным хлебным рынком на севере.

Точное хронологическое указание на фактическое включение края в опричнину (на основании царского указа о её учреждении 5 января 1565 г.) содержится в грамоте Ивана IV от 18 февраля 1566 г. – «Вологда и вологоцкие дворцовые сёла взяты в опришнину». Крупные массивы дворцовых земель располагались главным образом в Заозерской половине уезда, а возникли незадолго до опричнины – после смерти последнего ярославского владельного князя И. В. Пенкова в 1562 г. Именно тогда прежде единое «вологодское письмо» было разделено «надвое» – для Заозерья и Первой половины уезда, и землеописательные работы стали производиться двумя разными писцовыми комиссиями.

Во второй половине 1560-х гг. в Вологде проживали и учитывали налоговые сборы видные дьяки опричной казны – Д. В. Лазарев, П. Григорьев и У. Л. Пивов. На Вологде дьяк Дружина Лазарев подписал указную царскую грамоту от 20 апреля 1567 г. о невзимании с Кирилло-Белозерского монастыря таможенных и мытных пошлин на Чаронде «и во всех городах нашей опричнины». На Вологде была также написана адресованная опричному казначею У. Л. Пивову указная царская грамота от 12 июня 1569 г. о записи за Кирилло-Белозерским монастырём его новых промысловых и городских владений в Каргопольском и Турчасовском уездах. В «Летописце» Ивана Слободского (написан в 1716 г.) про опричнину сообщается, что «тогда были вологжанам великие налоги от строения града и судов». В новейшей монографии В. А. Аракчеева предложено такое определение: фискальный террор, на принципах которого строились взаимоотношения опричных властей с земскими мирами, когда волостям и посадам во главе с земскими старостами адресовывались нарастающие требования выплаты налогов.