После последнего упоминания Я. Гневашева в источниках (как раз в губном наказе 1571 г.) он, возможно, был казнён. Здесь могли сыграть роковую роль его связи с известным земельным спекулянтом М. С. Вислого, также казнённым в опричнину. Понесли земельные и физические потери и другие представители родственных кланов Гневашевых-Губиных-Стогининых. Их богатая вотчина село Куность была конфискована царём, и высокому положению данного рода на Белоозере, его экономической мощи, генеалогическому единству был нанесён непоправимый урон, хотя некоторые из них служили: кто – в земщине, кто – в опричнине, становясь рядовыми помещиками. Подвергли конфискации земли и других нетитулованных вотчинников края – С. В. и Н. В. Ергольских, А. И. Бурухина.

Ещё одной страницей опричной истории на Белоозере стала конфискация ряда родовых вотчин у белозерских князей (Андомских, Вадбольских, Шелешпальских) – это также серьёзно подорвало экономические корни данных корпораций. Отмеченный процесс детально прослежен в неопубликованной кандидатской диссертации А. Л. Грязнова и ряде его многоплановых содержательных статей. В первой четверти XVII в. (как было замечено в литературе – А. И. Копанев, А. А. Новосельский, А. Л. Грязнов) практиковалось возвращение фрагментов родовых вотчин потомкам белозерских князей, иногда уже на поместном праве. Другие их потомки стали теперь помещиками в разных уездах России (Пошехонском, Новгородском, Великолуцком). Незадолго до официального учреждения опричнины были репрессированы кн. А. И. Кемский и В. С. Фуников (из ветви тех же Кемских). В начале опричнины в казанскую ссылку попал кн. В. Г. Вадбольский-Чесноков. В писцовой книге езовых волостей 1585 г. Вадбольская волость имела уже чёрносошный, государственный статус. То же самое можно сказать и об Андомской волости. Не позднее ноября 1564 г. вотчины князей Андомских в ней также были конфискованы.

Так менялась структура землевладения на Белоозере: фонд вотчинно-родовых земель сокращался (иногда от этого Кириллов монастырь выигрывал, как и в других уездах влиятельные монастыри – подмосковный Троице-Сергиев, суздальский Спасо-Евфимьев), а дворцовых и чёрных – расширялся, что возымеет важное значение в дальнейшем (после смуты) – в массовом испомещении на них служилых людей из западных уездов страны (Смоленск, Вязьма, Дорогобуж, г. Белой). Из сословно-статусной территориально-родственной группы потомки белозерских князей во второй половине XVI – начале XVII в. превращаются в рядовых служилых помещиков, а некоторые начинают служить церковным иерархам (Шелешпальские – московскому патриарху в Костромском у.; Дябринские – вологодскому архиерею в Вологодском у.), причём эта их служба становится наследственной. Из рода Вадбольских происходил один из первых вологодских воевод – князь Иван Михайлович Вадбольский, известный в 1584 г. Ещё одна трагическая страница белозерской истории периода опричнины – это кровавая расправа Грозного над монахинями женского Горицкого Воскресенского монастыря в 1569/70 г., главной из которых была кнг. Евфросинья Старицкая.

В 1560-х гг. Устюжна Железопольская с округой находилась в уделе у вдовствующей княгини Ульяны (старицы Александры), бывшей невестки Ивана IV, жены его младшего брата Юрия Васильевича. Статус города и округи был подтвержден в 1570 г. А. А. Зимин считал такое пожалование «удельным последышем» чисто номинальным (одновременно с Устюжной княгиня Александра получала город Кременск). Вскоре подобные последыши будут ликвидированы. С этим мнением вряд ли можно согласиться, ведь и в дальнейшем (как показано в специальной статье И. В. Пугача) Устюжну продолжали давать во вдовьи уделы – сначала старице Марфе (М. Ф. Нагой), затем старице Дарье (Анне Колтовской – четвёртой грозненской жене). В годы опричнины на Устюжне (как и Белоозере, Вологде) известны губные старосты (в 1568 г. Русин Досадин), хотя, как пишет А. А. Зимин, суровый опричный режим не способствовал укреплению выборного дворянского управления. Однако посадское самоуправление в данном городе продолжало действовать в полном объёме.

В 1567 г. была составлена сотная на посад Устюжны И. И. Плещеева и Г. Н. Беспятова – ценный источник для изучения финансовой политики в годы опричнины в отношении городов. Ею был установлен оклад «пищальных денег» в Приказ Большого прихода 105 руб. Описанные в сотной 730 посадских дворов по степени платежеспособности были распределены на лучшие, средние, молодшие и «добре худые». Были обложены тяглом также 26 дворов Рыболовной слободки, которые прежде платили облегченный оброк. Окладную единицу – посадскую соху – составляли 35 дворов лучших, 60 средних, 85 молодших и 100 – «добре худых» людей. На содержание администрации княгини вдовы Александры (приказным людям и дьяку) и ей на обиход был установлен платеж по 15 руб. с сохи плюс пошлин по 2 алт. с рубля. Им же ещё предусматривались оброчные выплаты за посадские подгородние угодья. В разверстке налогов и оброков прерогативы принадлежали общине: «чем кого посацкие люди обложат по их промыслишком и животишком».

Судя по этой сотной, в окрестностях города за счёт бывших посадских земельных угодий получили новые для себя вотчины и поместья служилые люди, у которых «в розных городех были взяты их старые поместья и вотчины на государя в опришнину к дворцовым селом». При этом земские целовальники должны были «беречи накрепко», чтобы посадские люди не продавали и не отдавали в заклад свои угодья новоявленным помещикам и вотчиникам. Было поимённо названо 6 чел. – «а целовальников выбирают и переменяют все посадцкие люди сами промеж себя, кому верят, с Устюжны ж».

Прекращение широкомасштабного каменного строительства в Вологде и отъезд царя с его двором объяснялись «великим мором» 1571 г., охватившим многие города севера, а ещё опустошительным нашествием крымского хана Девлет-Гирея на Москву и ряд центральных уездов в мае того же 1571 г. Со сворачиванием «вологдского проекта новой царской резиденции» в 1570/71 г. «строение в Вологде преста». Зато благодаря оставшимся неизрасходованными запасам стройматериалов на правобережье реки на протяжении 1570–1580-х гг. выросли торговые и соляные подворья крупных отечественных и зарубежных гостей – Строгановых, Юдиных, Булгаковых, В. Девогеларда, Ю. Клинка, а ещё ряда монастырей – Соловецкого, Троице-Сергиева, Антоньево-Сийского, Спасо-Прилуцкого, Кирилло-Белозерского, кольского Троице-Печенгского, Пречистенского Кандалакшского, великоустюжского Михайло-Архангельского.

В Устюге в 1571 г. «приищем и железою» (воспалением лимфатических узлов либо разновидностью сибирской язвы?) погибло ок. 12 тыс. жителей. Понес демографические потери от этой эпидемии и Сольвычегодск, ещё один опричный город на севере. В своё время сольвычегодский краевед А. Соскин отметил раннее писцовое описание этого города Ю. А. Вельяминовым, на основе которого была составлена посадская окладная книга 1567 г. Наверняка эти мероприятия стояли в связи со взятием развитого торгово-промышленного города, центра строгановских владений на северо-востоке страны, в опричнину. В это время тяглое население города размещалось почти в шестистах дворах и ещё было 76 мест дворовых. Из-за моровой язвы в 1571 г. произошло уменьшение числа тяглых дворов до 413, что было зафиксировано в специальном дозоре Ив. Мичурина 1574/75 г. В нём же был учтён масштаб местного солеварения – 18 варниц, оброк с каждой в год составлял 22 алт. 2 ден.