В спасо-прилуцкой описи 1688 г. отмечена «грамота вел. кн. Ивана Васильевича всея Россия о сыску разбойников в лист 56 г. (1547/48 г.)». Возможно, здесь имеется в виду губная грамота его сёлам, аналогичная грамотам, известным по началу 1540-х гг. для Кирилло-Белозерского и Троице-Сергиева монастырей. Не исключено существование в своё время и специальной вологодской губной грамоты. Вопрос этот нуждается в отдельном изучении. К 1555/56 г. относится указание на губного целовальника Масленской вол. С. Жданова (в разъезжей грамоте выборного старосты Ив. Злобина на земли Кириллова монастыря 1555/56 г.). Верстанием в службу и «роспросом» новиков (молодёжи) по Вологде в 1596 г. занимались два губных старосты – И. Вечеслов и И. Трусов.

Определение И. Злобина как выборного старосты склоняет к предположению о формировании на Вологде местной служилой группы детей боярских. Обратим внимание на то, что и в утверждённой грамоте на царство по избранию Михаила Фёдоровича 1613 г. от группы вологодских дворян фигурирует выборный Михайло Остолопов, который «в товарищев своих место выборных дворян руку приложил». Заметное усиление группы служилых землевладельцев в Вологде к 1550–1560-м годам в дальнейшем придаёт социально-экономическому и политическому развитию города и уезда вполне зримые общерусские черты. Ниже систематизированы сведения о составе наместников и волостей в ряде севернорусских городов конца XV – первой половины XVI в.

О сильной пестроте, чересполосности в системе управления можно говорить применительно не только к гражданской, но и церковной сфере. Становление церковно-административной системы и её институтов на обширном пространстве Русского Севера было длительным и сложным. До конца XIV в. разные земли края являлись северными территориями наиболее древних епархий – Новгородской и Ростовской. В 1383 г. часть северных земель (главным образом по р. Вычегде) вошла в состав созданной Стефаном Храпом Пермской (с 1492 г. – Пермско-Вологодской) епархии. В 1658 и 1682 гг. в ходе очередного «разукрупнения» образовались три новые епархии – Вятская, Устюжская и Холмогорская. Архаические элементы первоначально проездной организации управления в виде осенне-зимнего «объезда» сельских приходов Устюжской земли владычными десятильником, доводчиком с их людьми, сбора «полюдного» корма отражены в позднейшем источнике – окладной книге Устюжской десятины Ростовской митрополии 1625 г.

Помимо десятин с соответствующими им десятильниками (по сути церковными наместниками) как крупных административно-территориальных единиц церковного управления, в становлении его системы большое значение имели городские соборы с состоявшими при них клиросами. Я. Н. Щапов считает их важной формой церковных организаций Древней Руси (до XV в.). В них велась ежедневная служба («вседневное пение»), их священнослужители исполняли административно-судебные и налоговые функции в масштабе своего города, они имели значение коллективного органа управления городскими церквами. Несомненный интерес представляют данные об освящении городских соборов во имя Успения Богородицы на Устюге (в 1290 г. ростовским епископом Тарасием) и в Вологде (в 1303 г. новгородским епископом Феоктистом). Никаких других столь же ранних сведений о существовании городских соборов в изучаемом регионе нет. Отмеченными акциями территориально разграничивалась юрисдикция Новгородской и Ростовской архиерейских кафедр на обширном Сухоно-Двинском пространстве. Рубеж между ними в XII–XIII в. мог проходить в районе упомянутого погоста Векшенга, а позднее в связи с усиленным потоком населения из «Низовой Руси», уходившего от ордынского разорения, был сдвинут к западу от Шуйского городка, у впадения речки Шуйки в Сухону, ставшего вторым после Устюга опорным пунктом Ростова на Сухоне.

Значение соборных церквей для Вологды и Устюга было весьма существенным в связи с тем, что длительное время города эти не являлись кафедральными. С учётом явно окраинного положения Устюга можно со всей определённостью говорить о миссионерском значении его соборного клира. До 1303 г. одним из клириков Успенской церкви был некий Симеон, отец будущего просветителя народа коми Стефана Пермского, рождение которого было предсказано наиболее почитаемым на Устюге святым Прокопием Праведным. В ней же и сам Стефан когда-то служил причетником. В ходе его миссионерской деятельности на Вычегде именно в Устюге в больших количествах приобреталась церковная утварь, необходимая для новых храмов. Кроме того, какая-то часть устюжского духовенства ушла к Стефану на Вычегду для оказания ему помощи в христианизации коми-зырян.

Для XVII в. имеются разнообразные данные о роли соборного духовенства Устюга в административно-судебной организации Ростовской митрополии: успенский протопоп с братией вместе с чёрным духовенством города (архимандритом Михайло-Архангельского монастыря, игуменами Троице-Гледенского, Иоанно-Предтеченского, Троице-Телегова, Николо-Прилуцкого монастырей) исполняли важные функции церковного суда. На имя соборного протопопа и ключаря подавались явочные челобитные от гражданского населения. Иногда в явках, наряду с «соборянами», одновременно в качестве адресатов фигурировали и земские судейки, что свидетельствует об известной переплетённости гражданского и церковного суда.

Называясь «митрополичьими приказными», участники судебной коллегии обладали печатями для заверения выдаваемых документов и освидетельствования («явки») духовных грамот посадских людей и крестьян. За 1665/66 г. сохранилась записная книга троицкого игумена Афанасия и соборного протопопа Владимира Никитина «с наказных и с свидетелствованных духовных дел и с судных дел и пенным денгам». Пошлины за вступление духовных завещаний в силу зависели от размеров передаваемого по наследству имущества (количества хлеба и денег) и деревенской оценки «пожитков» умершего. С рубля денежной суммы завещания (она называлась «взяткой») бралась унифицированная пошлина в размере 2 алт. 2 деньги. Кроме того, платились «печатные» (пол-полтины), митрополичьим подьячим (1 алт.), истопникам и «подвойским» (4 ден.), иногда – казначею (полтина) и дворецкому (рубль), «почести» приказным (8 алт. 2 ден.). Налицо корпоративный характер присвоения денежных средств в рамках Ростовской митрополии в результате реализации её агентами на местах и в резиденции владыки прерогатив духовного суда и управления. Весьма плодотворными оказываются наблюдения Г. П. Енина над системным характером феномена кормления в России XV–XVII вв. на различных уровнях дворцового, приказного, церковного управления.

Помимо Новгородской и Ростовской кафедр, следует назвать и другую церковную институцию – Московскую митрополию, в юрисдикции которой находились отдельные северные «анклавы». В литературе процесс их складывания ещё недостаточно изучен. Например, Заозерская половина обширного Вологодского уезда вплоть до 1562 г. в церковном отношении подчинялась ростовским архиепископам (не случайно благословение на основание своих монастырей Дионисий Глушицкий и Григорий Пельшемский получали у ростовских святителей). Одна из церквей в вотчине Дионисьево-Глушицкого монастыря была во имя св. Леонтия Ростовского. По благословению московского митрополита Макария в 1546 г. некий игумен Фёдор основал Спасо-Преображенскую Глубокоозерскую пустынь на стыке трёх уездов – Вологодского, Важского и Каргопольского. В Первой половине уезда до 1567 г. для волостей Ракула, Водога и Авнега реальностью была церковная подчинённость Московской митрополичьей кафедре, поскольку в жалованной уставной грамоте митрополита Макария 1542 г. сёла Спасо-Прилуцкого монастыря были отнесены: Выпрягово в волости Ракуле и Домшино в волости Водоге – к Вологодской десятине, а село Великое Воскресенское в волости Авнеге – к Костромской десятине. Их должностные лица (десятильники и заезщики) не имели права собирать с причетников (белого духовенства, служившего в храмах названных сёл) церковную дань и другие пошлины (сборное, петровское, рождественское), «ни к старосте поповскому с тяглыми попы не тянут». Для более раннего времени митрополичья юрисдикция «южного подбрюшья» Вологды (волости Обнора и Комела) подтверждается фактом выдачи ставленных грамот Павлу Обнорскому (в 1414) и Корнилию Крюкову (Комельскому) в 1501 г. на основание ими монастырей московскими святителями (соответственно Фотием и Симоном). Последний так прямо и указывает принадлежность Введенской пустыни: «что в моей к Костромской десятине».