Важнейшим аспектом европейского Просвещения было происходящее, начиная с 1700 г., изменение в дискуссиях по поводу религии. Позитивное восприятие терпимости возросло, конфессиональный пыл угас, дискуссии вышли за пределы сцены, контролируемой Церковью и духовенством, и, в первую очередь, произошел новый всплеск интереса к разнообразию религий и взаимосвязи между различными религиозными традициями и теологическими системами. Стремление к классификации и сравнению теологических воззрений получило новый стимул после выхода в свет «Dictionnaire» Бейля и оставило много свидетельств до середины XVIII в.

Ключевой фигурой в этом процессе был друг Бейля Жак Баснаж (1653 — 1723 гг.), сын юриста-гугенота из Руана и проповедник во французской реформатской общине в Роттердаме с 1685 по 1709 гг., который затем по приглашению Хейнсиуса (относившегося к нему с большим уважением) занял должность священнослужителя в валлонской Церкви в Гааге. Этот знаменитый поборник терпимости составил «L’Histoire et la religion des Juifs depuis Jésus-Crist jusqu’a présent» (5 томов; 1706-11 гг.), первое подробное изложение истории евреев в послебиблейскую эпоху, написанное в Европе и примечательное своим объективным тоном, особенно пристальным вниманием к сефардским антихристианским полемистам XVIII в. Элие Монтальто, Саулу Леви Мортейро и Исааку Оробио де Кастро. Баснаж сам осознавал всю новизну своего предприятия и сознательно подчеркивал несправедливость и гонения, которым христиане подвергали евреев, чтобы заставить христиан взглянуть на эти отношения под новым углом. По той же причине он уделил много места аргументам против христианства, выдвинутым Исааком Оробио де Кастро в его знаменитом споре с ван Лимборхом в (или около) 1684 г. Знание об опровержении христианства еврейскими писателями, которое стало характерной чертой французского радикального Просвещения после 1750 г., особенно в трудах барона Гольбаха, можно сказать, вступило в мир Просвещения благодаря Баснажу и его кружку.

Другой центральной фигурой в классификации и переоценке религий был швейцарец Жан ле Клерк (1657-1736 гг.). Ле Клерк был кальвинистским пастором из Женевы, который, благодаря чтению произведений Гроция, Стефана Курцеллеса и Епископия убедился в истинности ремонстрантизма. Не имея возможности открыто объявить себя ремонстрантом в Швейцарии, он поселился в Амстердаме в 1684 г. по настоянию ван Лимборха и стал выдающимся глашатаем ремонстрантизма на французском языке. Он женился на Марии, дочери Грегорио Лети, и вслед за своим другом ван Лимборхом и Епископием стал ведущим поборником терпимости. Одним из его проектов было первое генеральное издание трудов Эразма (10 томов; 1703-06 гг.), давнего героя ремонстрантов. Однако основной его заслугой был пересмотр религиозной и философской литературы. Его журнал, выходивший в период своего полного расцвета под названием «Bibliotheque choise» (28 томов; 1703-13 гг.), а впоследствии под заголовком «Bibliotheque ancienne et moderne» (29 томов; 1714-27 гг.), превзошел «Nouuelles» Бейля по уровню систематизации и объективности воззрений.

Поразительным примером нового подхода к религии был монументальный «Cérémonies et Coutumes religieuses de tout les peoples du monde», изданный в Амстердаме в 13 томах в 1723 г. Этот труд, по большей части написанный Жаком-Фредериком Бернардом (1683(?)-1744 гг.) и великолепно проиллюстрированный гравером-франкмасоном Бернардом Пикартом (1673-1733 гг.), выделялся своим обзором религиозных верований и обрядов, рассматривая христианство также, как и другие религии, наравне с иудаизмом, исламом и франкмасонством. Для придания наибольшей достоверности своим иллюстрациям Пикарт даже побывал, например, на пасхальном «седере» — ночном богослужении в доме ведущего старейшины амстердамской сефардской общины, чтобы суметь изобразить эту сцену. Следующим вкладом в переоценку религий, характерной для эпохи Просвещения, был генеральный труд Маршана, его «Dictionnaire historique» (2 тома; Гаага, 1758-59 гг.), дополнение к Бейлю, воплощавший в себе светскую критику католицизма — за его нетерпимость и традицию гонений — и беспристрастное рассмотрение социнианства.

Нидерландские, в отличие от нидерландско-гугенотских, писатели эпохи Просвещения были, в целом, менее поглощены религией и проявляли больший интерес к науке. Единственной точкой соприкосновения между обоими крыльями нидерландского Просвещения была кампания против Спинозы. Это интеллектуальное наступление, инициированное Бейлем, непрерывно продолжалось на протяжении первой четверти XVIII в. Много произведений этого периода свидетельствовало о повсеместном присутствии «спинозистов» в нидерландском обществе, отождествляя «спинозистов» и вольнодумцев. Было в порядке вещей также осуждать откровенность, с которой «спинозисты» осмеливались выражать свои мнения. Хотя Республика, подражая Англии, в течение двух первых десятилетий XVIII в. была страной, где деизм и отрицание религии откровения считались широко распространенным явлением, нидерландское общество было уникально в том отношении, что вело такую непрерывную антидеистическую и антиатеистическую наступательную кампанию. Она проводилась с предельным рвением, вопреки — или, возможно, благодаря — тому факту, что многих ведущих представителей основного направления интеллектуальной мысли, в том числе Бейля и Маршана, подозревали в том, что они сами больше склонялись к вольнодумству, чем стремились показать.

Вследствие этого кампания против «спинозистов», деизма и отрицания божественного откровения религий в Соединенных Провинциях, которое приравнивалось к спинозизму, стала подпольным, скрытым течением, получившим уместное название «радикальное Просвещение». Реагируя на труды Спинозы, основное нидерландское Просвещение никогда не подвергало прямому сомнению божественное откровение, но вместо этого, скорее, стремилось объединить традиционно благочестивую — хотя и терпимую и не конфессиональную — веру о вездесущности Бога в природе и обществе, с приверженностью к эмпирической науке и «esprit systématique» («стремлением к систематизации» (фр.)). Главный ранний представитель этой «физико-теологии» в Соединенных Провинциях, регент-философ Бернард Ньивентит (1654-1718 гг.) из Пурмеренда, написал две пространных и влиятельных книги для опровержения Спинозы и других «многих атеистических книг», в изобилии представленных в Нидерландах, пропагандируя эмпирическую науку в сочетании с глубоким уважением к Богу, проявлявшему себя во всех явлениях природы, — «Het Regt Gebruik der Werelt Beschouwingen» (1715 г.) и «Gronden van Zekerheid» (1720 г.). Они пользовались большой популярностью в Республике и, в отличие от позднейших нидерландских книг, выходили на английском и немецком, а также французском и нидерландском языках, и оказали определенное воздействие на развитие мысли во Франции. Первоначально бывший картезианцем, Ньивентит в этих книгах категорически отвергал картезианскую науку как основанную на априорных суждениях, горячо защищая вместо этого «philosophia experimentalis» «знаменитого мистера Бойля в Англии», то есть эмпиризм. Значение Ньивентита заключается не только в его оригинальности — аналогичный физико-теологический подход уже пропагандировал во Франции Фенелон в «Demonstration de l'existence de Dieupar les merveilles de la Nature» (1712 г.) и такие писатели, как Джон Рай и Уильям Дерхем в Англии, — но, скорее, в его долговременном воздействии на нидерландскую культуру. Ибо, в отличие от Франции, предложенное Ньивентитом удобное сочетание скептического эмпиризма с не знающей сомнений верой, которая избегала опасных вопросов, поднятых Спинозой, Гюйгенсом, Бейлем и Беккером, продолжало доминировать во всем нидерландском Просвещении. Ньивентит объяснял в предисловии к «Het regt gebruik», что он писал на нидерландском языке специально с целью повлиять на своих соотечественников и пресечь распространение «атеизма» в нидерландском обществе.