Теперь сторонники Казимира поспешили разжечь народный гнев против Москвы, и буря разразилась немедленно. Люди вспомнили тех бояр, которые поехали к великому князю искать справедливости. Они схватили Никифорова и Овина, привели их на вече и стали допрашивать. Чтобы защитить себя, Овин обвинил Никифорова. «Лжец! – закричали люди Никифорову. – Ты целовал крест великому князю!» «Я целовал крест, чтобы служить ему верой и правдой, но я не целовал крест, чтобы делать дурное Великому Новгороду, моему государю или вам, господа». После чего Никифорова порубили топорами на куски. Овин тоже не спасся. Его убили вместе с его братом Кузьмой во дворце архиепископа.

Некоторые другие бояре, страшась такой же судьбы, поспешили к великому князю. Их дома были разграблены и сожжены, и они лишились всего имущества. Необузданная толпа начала впадать в крайности. Снова стали слышны крики: «Мы за короля!» Но никто не причинил вреда послам из Москвы, и они отправились к Ивану с таким ответом: «Мы приветствуем тебя, господин, но государем мы тебя не называли. Твоему двору, как и раньше, быть в Городище. Но твоим людям не быть у нас, и Ярославово дворище мы не отдадим тебе. Мы будем выполнять договор, заключенный в Коростино. Что касается того, кто без нашего согласия назвал тебя государем, накажи его так, как сам захочешь, а мы казним всякого, кого найдем виновным в этом деле».

Таким образом, вопрос с титулом монарха остался необъясненным. Летописец оставляет его без ответа и не пишет, был ли тот документ послан от веча или это слово использовали архиепископ и определенные бояре.

Иван стал сетовать митрополиту, боярам и своей матери, что новгородцы отказались от своих слов, представили лжецом и оскорбили его, ограбили и убили людей, верных Москве. Созвав совет, состоявший из высшего духовенства и бояр, великий князь принял решение совершить новый поход на Новгород и немедленно разослал гонцов, чтобы собрать войска. О помощи он попросил Тверь и Псков. Во всех церквях шли молебны, храмам и монастырям были преподнесены щедрые дары.

Во второй половине сентября 1478 г. Иван послал в Новгород сообщение об объявлении им войны, а 9 октября выступил в поход со своим войском. Проходя по тверским землям, он через десять дней пришел в Торжок, где находился московский наместник Василий Китай и где его встретили двое посланцев из Новгорода, которые приехали получить охранную грамоту для посольства, чтобы вести переговоры. В этом великий князь им отказал. В Торжке его ждали союзные тверские и другие войска. Иван хорошо спланировал эту военную кампанию и продвигался вперед с большой скоростью. Когда он приблизился к Новгороду, из него вышли бояре, купцы и богатые люди с просьбой принять их к себе на службу. Они признали тщетность борьбы с Москвой и вовремя перешли на сторону победителя.

Достигнув озера Ильмень, Иван разделил свое войско на четыре части; первой командовали его брат Андрей Меньшой и другие; на правом фланге были его брат Андрей Большой, тверской воевода и князь Михаил; на левом – его брат Борис, а в центре, где находился он сам, был князь Патрикеев. Часть войска он послал завладеть Городищем, а также монастырями, пока их не успели сжечь. Все это было успешно сделано. Остальное войско осадило город. В первом военном походе Ивану помогло сухое лето, но сейчас была зима, так что войска могли свободно перемещаться везде; озера, реки и трясины замерзли. Великий князь и его люди прошли по льду озера Ильмень и остановились в трех верстах от Новгорода в деревне боярина Лашинского. Не полагаясь на один только мороз, Иван построил мост через реку Волхов, обеспечив тем самым связь со всеми частями своего войска.

Что мог сделать город против такой силищи, которая осадила его со всех сторон? Во время первой войны с Москвой у города было значительное войско, но теперь горожане даже не пытались воевать на открытой местности. Все силы были брошены на оборону стен и крепости. Сначала новгородцы пытались укреплять эти оборонительные сооружения и даже построили крепкую деревянную стену возле нового моста. Если бы Иван напал не выжидая, он, вероятно, встретил бы немалое сопротивление и потерял бы, возможно, много воинов; но он не спешил. Он высчитывал, как долго Новгород сможет оказывать сопротивление в такой тяжелой ситуации. Не зря во время первой войны и после нее он схватил самых активных и способных лидеров оппозиции. Теперь среди вождей новгородцев не было ни одного достойного лидера, да и трудно было бы какому-нибудь влиятельному человеку появиться среди той анархии, которая царила в городе в то время. Помощь извне прийти не могла. От Казимира никакой помощи не было. Новгородцам оставался лишь один выход – вести переговоры с завоевателем. Они в лучшем случае могли только торговаться об условиях и просить пощады. Летописец при описании этого похода делает упор именно на это.

Новгород послал человека в Торжок, чтобы получить у Ивана охранную грамоту для послов. Князь приказал задержать первого гонца. Тогда они послали второго и третьего гонцов. Только 8 ноября, когда до города оставались тридцать верст, Иван дал охранную грамоту. К нему приехало посольство из десяти человек во главе с архиепископом. Архиепископ воздал Ивану почести, назвав его государем и великим князем всея Руси от имени настоятелей монастырей, священников и всех семи новгородских церквей. Он попросил его быть милостивым к своей вотчине, забыть про меч и огонь и возвратить в город тех бояр, которые были увезены в Москву. После архиепископа другие члены посольства высказались в таком же духе. Просьба освободить нескольких бояр, увезенных в Москву, была несвоевременной в такой момент, когда само существование города было под угрозой. Посол Федор попросил, чтобы великий князь приказал своим боярам обсудить с ними условия мира.

Иван ничего не ответил и пригласил послов отобедать с ним. На следующий день он назначил князя Патрикеева и двух бояр – братьев Борисовичей вести переговоры с этими послами. По обычаю того времени, новгородские послы поделили темы для обсуждения: один из них просил, чтобы великий князь был милостив к Великому Новгороду – своей вотчине, забыл о гневе и вложил в ножны свой меч; другой просил, чтобы были освобождены бояре, задержанные в Москве; третий предлагал, чтобы государь приезжал в Новгород не раньше, чем раз в четыре года, брал каждый раз тысячу рублей и вершил свой суд в тех случаях, в которых ни его наместник, ни посадник не могли принять решение, и чтобы он не вызывал новгородцев в Москву на суд. Четвертый боярин просил, чтобы наместник великого князя не вмешивался в дела архиепископа и посадника. Также прозвучала просьба, чтобы слуг великого князя судили не в Городище, а в самом городе. В заключение послы попросили, чтобы великий князь объявил, почему Новгород должен платить ему дань.

Все эти вопросы были изложены Ивану. На следующий день по его приказу был дан ответ, тоже частями. Князь Патрикеев сделал общее вступление, а затем двое бояр продолжили. Относительно отказа Новгорода использовать слово «государь» они сказали, что Новгород солгал Ивану и оскорбил его. Великий князь был сильно удивлен, что архиепископ и послы просят свободы для людей, которые были задержаны за грабеж и насилие. В заключение князь Патрикеев добавил, что если Великий Новгород желает платить дань великому князю, то город знает, за что он должен ее платить. С этим ответом послы были отпущены.