После первых лет в Амстердаме, а тем более в малых палатах вошло в обычай назначать директорами регентов. Это означало, что всегда существовала тесная связь между политикой и интересами регентов в Голландии и Зеландии и управлением империей в Азии, и что на должности директоров назначались представители городских патрицианских кругов, связанные, главным образом, с местным управлением и администрацией. Это также означало, после первых десятилетий, что директора получали свои должности благодаря влиянию в городских муниципалитетах, а не благодаря опыту в коммерческих или административных вопросах. Среди самых влиятельных фигур, управлявших ОИК в конце XVII в., были такие ведущие амстердамские регенты, как Конрад ван Бёйнинген, Ян Хюйдекопер и Жан Хюдде. С самого начала ОИК, таким образом, отображала распределение власти, типичное для нидерландского федеративного государства в целом. До 1795 г. нидерландская колониальная империя никогда не управлялась бюрократами в Гааге или Амстердаме, каким бы решающим ни было влияние Амстердама на протяжении всего периода.

Так как сама Республика и палаты ОИК в Голландии и Зеландии избегали монархического принципа в вопросах управления, администрации и патронажа в пользу распределения властных функций и принятия решения на консультативной основе, было вполне естественно, что ни ОИК, ни ВИК не желали, чтобы их генерал-губернаторы и местные губернаторы в Индиях напоминали могущественных королей и губернаторов испанской и португальской империй. Обе Компании настаивали на том, чтобы осуществление властных полномочий и принятие решений в Индиях было консультативной процедурой, от генерал-губернаторов в Батавии и подчиненных им губернаторов требовалось действовать только совместно с их политическими советами.

На вершине правительственного аппарата в Ост-Индии стояли генерал-губернатор и raad (совет) Индий в Батавии. В отличие от испанского и португальского вице-короля или губернатора генерал-губернатор ОИК считался просто «первым лицом» raad'а, и не имел полномочий принимать решения или отправлять официальные донесения Heren XVII по своему усмотрению. Официальная переписка и эдикты должны были направляться на имя генерал-губернатора и raad'а. Следующий по старшинству член raad'а, генеральный директор, осуществлял верховный контроль над торговлей Компании по всей Азии. Кроме них, в состав raad'а входили визитор-генерал, отвечавший за ведение счетов, председатель raad van justitie (совета юстиции) Батавии, и главы военных и военно-морских сил Компании.

Эта система консультативного правительства воспроизводилась на региональном уровне по всей империи. Когда в 1651 г. raad в Батавии узнал, что тогдашний губернатор нидерландского Цейлона принял определенные решения без одобрения raad'а Цейлона, ему сообщили, что «впредь Вы не должны совершать или обсуждать какие-либо важные действия без предварительного согласия и общего решения совета — как происходит здесь и везде, где соблюдается надлежащий порядок». Вся сколько-нибудь важная корреспонденция из главных нидерландских баз в Азии должна была отправляться генерал-губернатору и raad'у в Батавии — и подписываться местным губернатором и его «политическим советом». В южной Африке колониальное правительство также состояло из raad'а, заседавшего совместно с губернатором. Тот же совет, за вычетом губернатора, также функционировал в качестве «совета правосудия». Начиная с 1685 г. в последнем совете также регулярно заседали сначала два, а затем три представителя бюргеров, но лишь в редких случаях получали разрешение представлять колонистов в руководстве «политического совета».

Кем были генерал-губернаторы и губернаторы? В испанской, португальской, британской и французской колониальных империях XVII и XVIII вв. вице-короли и губернаторы непременно были дворянами и представителями своих монархов. Но всё обстояло иначе в Нидерландской империи, где губернаторы, как правило, не принадлежали к дворянскому сословию. Контроль над Компаниями в Республике был сосредоточен в руках регентов вместе с немногочисленными купцами, не принадлежавшими к регентской элите. В связи с этим, директора в метрополии неизбежно использовали свое влияние для назначения на управленческие должности своих друзей и родственников, особенно в коммерческой организации Компаний в Индиях (где коррупция была широко распространенным явлением), в значительной степени на основе личной протекции, а не способностей кандидата. Некоторые чиновники назначались на высшие должности в Батавии, не имея предыдущего опыта службы в Индиях. Тем не менее (особенно до оранжистской революции 1747 г.), поскольку Heren XVII и региональные палаты в первую очередь стремились к получению прибыли, а прибыль требовала компетентности, они предпочитали в высших кругах администрации и руководстве военными предприятиями империи опытных людей, уже зарекомендовавших себя с хорошей стороны. Соответственно, генерал-губернаторы и губернаторы обычно были людьми сравнительно скромного, а в некоторых случаях довольно низкого происхождения, при условии, что они были достаточно энергичными и решительными людьми. Генерал-губернатор, юрист Ян Метсёйкер, занимавший свой пост дольше всех предшественников и преемников (1653-78 гг.), происходил из ничем не примечательной католической семьи, и когда в первый раз был выдвинут на должность старшего судьи в Батавии в 1636 г., его кандидатуру отклонил один из Heren XVII на том основании, что он лишь номинально принадлежал к реформатской Церкви. Благодаря своим исключительным способностям Метсёйкер быстро прошел все ступени в судейской и дипломатической администрации Компании и стал губернатором Цейлона (1646-50 гг.), а затем генеральным директором коммерции в Батавии (1650-53 гг.). Рейклоф ван Гуне, командующий нидерландскими войсками на Цейлоне и в Индии в 1657-63 гг. и 1672-75 гг., завоеватель Малабарского побережья, губернатор Цейлона (1653-72 гг.) и, наконец, генерал-губернатор в Батавии (1678-81 гг.), был сыном младшего офицера фризской армии, родившимся в Ресе, герцогстве Клеве; осиротев в Батавии в десятилетнем возрасте, он поднялся по карьерной лестнице от клерка до «старшего купца» в 1640-х гг., став агентом ОИК в Сиаме в 1650 г.Третий знаменитый генерал-губернатор, Корнелис Спелман (1681-84 гг.), происходил из роттердамской бюргерской семьи и отплыл в Ост-Индию в восемнадцатилетнем возрасте, чтобы провести там всю оставшуюся жизнь. Он начал карьеру с должности младшего чиновника, получив пост через Роттердамскую палату, но поднимался с одной ступени административной иерархии на другую благодаря своим способностям, став губернатором фортов на Коромандельском побережье (1663-65 гг.) и командующим экспедицией, завоевавшей Макассар в 1667-69 гг. Генерал-губернатор Иоганн Кампхёйс (1684-91 гг.), глубоко религиозный кальвинист, прибыл в Азию в 1659 г. и занимал посты в различных местах, в том числе в Японии, пока не стал членом raad'а в Батавии в 1678 г. Одним из немногих дворян, занимавших высокие должности в Нидерландской империи во второй половине XVII в., был член утрехтского ridderschap'а, известный Хендрик Адриан ван Реде тот Дракенстейн, который поступил на службу ОИК в 1656 г., став командующим войсками ОИК на Малабарском побережье, в честь которого названы Драконовы горы в южной Африке.