Среди неевропейцев, находившихся под властью ОИК в Азии, львиную долю составляли не христиане; многие из остальных были католиками. До известной степени, у Компании не было иного выбора, кроме как позволить неевропейскому населению свободно отправлять свои религиозные обряды. Но даже в отношении неевропейцев и директора в Республике, и правящий raad, и генерал-губернатор в Батавии были далеки от великодушной терпимости. Прежде всего, Компания, особенно в первые десятилетия своего существования, считала себя заклятым врагом католической Церкви. Католические священники, главным образом, португальцы, были изгнаны с Амбоины и других островов, оккупированных голландцами, в 1605 г., из Малакки в 1641 г., из нидерландских владений на Цейлоне в 1647 г. и из остальной части прибрежного Цейлона после того, как голландцы завершили ее завоевание в 1658 г. Были изданы эдикты, объявлявшие о суровых наказаниях за укрывательство католических священников. Но на голландские власти, даже на те, кто не отличался особым религиозным рвением, не могло не произвести впечатления огромное воздействие, оказанное португальскими миссионерами на многих территориях, которые перешли под управление ОИК, и большое количество католиков среди туземного населения на целом ряде индонезийских островов, на Цейлоне и на южной оконечности Индии. Католицизм неизбежно представлял политическую и стратегическую, а также духовную угрозу интересам Компании. С момента начала Реформации на Цейлоне в 1640-х гг. значительное число тамилов и сингальцев были обращены, по крайней мере, внешне, в нидерландскую реформатскую веру. Но было очевидно, что достаточно легко склонить к переходу в протестантизм можно было лишь бывших католиков, а буддисты, индуисты и мусульмане в большинстве своем оставались невосприимчивы к усилиям протестантских миссионеров. В то же самое время многие бывшие католики продолжали втайне исповедовать католицизм или же оставались колеблющимися, которых можно было без труда вернуть в лоно прежней религии. Нидерландская реформатская Церковь в Ост-Индии и ее соперники, таким образом, вели борьбу между собой за одну и ту же религиозную общность, представлявшую собой большую часть туземного населения, особенно на Амбоине и Цейлоне. Только на Тайване нидерландцы смогли создать достаточно существенную паству для реформатской Церкви среди нехристиан, где их ранее не успел опередить католицизм.

Нетерпимость ОИК к католицизму и меры против католиков были, таким образом, крупным элементом ее имперской политики и оставались такими до конца XVIII в. Более того, можно отметить некоторое сходство между механизмами соперничества реформатской Церкви и католицизма в Нидерландской Ост-Индии и самой Республике. Там, где бывшее католическое население невозможно было оградить от регулярных контактов с католическим духовенством, действовавшим по соседству, как на южной оконечности Индии, процветал открытый католицизм. Там же, где, как на Цейлоне, доступ католического духовенства можно было пресечь, реформатская Церковь добивалась больших успехов, во всяком случае, до тех пор, пока контакты с католическим духовенством извне не становились более легкими. Реформатская Церковь могла добиться наилучших результатов там, где, как на Амбоине, существовало католическое население, которое можно было успешно изолировать от внешнего католического мира. В конечном счете, кальвинизм на Амбоине, проповедуемый на малайском языке, глубоко укоренился в местной среде.

Кроме Цейлона, Тайваня (до 1662 г.) и Амбоины, нидерландская реформатская Церковь в Ост-Индии добилась существенных успехов в Батавии, если не среди китайцев (которые лишь в редких случаях обращались в кальвинизм), то, определенно, среди смешанного малайскоязычного населения, а также среди белых. В 1652 г. количество реформатских проповедников в Батавии увеличилось до пяти, в 1675 г. — до семи, и в 1683 г. — до десяти; к 1730 г. оно достигло семнадцати человек, больше, чем в любом нидерландском городе, за исключением Амстердама. Общее количество нидерландских реформатских проповедников на Востоке всегда оставалось невелико, но постепенно выросло с 17 в 1647 г. до 41 в 1683 г. и 48 к 1727 г. Проповедников дополняли, как и на родине, помощники, которых называли «ziecken-troosters» («утешителями больных»), и школьные учителя, которые на Востоке обычно были тамилами, сингальцами или представителями других туземных народов.

Борьба с католицизмом шла с переменным успехом в Батавии, на Амбоине и Цейлоне, в меньшей степени в Малакке, на Тиморе и в южной Индии. Но Компания стремилась ограничить распространение не только католицизма и протестантов-диссентеров. Если буддизм и индуизм приходилось терпеть, как неизбежное зло, то ОИК заняла гораздо более враждебную позицию по отношению к исламу. В определенной степени, это было неизбежным в религиозной диалектике на Востоке. Ислам начал быстро распространяться на Индонезийском архипелаге и, в меньшей степени, в южной Азии в XVI в., в виде реакции на миссионерский пыл португальцев-католиков. В период нидерландского господства ислам продолжал считаться формой политической (и экономической), а также теологической оппозиции европейцам. Хотя направленные против ислама указы Компании в долгосрочной перспективе оказали незначительный эффект в большей части Индонезии, эпизодически она успешно пресекала распространение ислама в некоторых местностях, особенно на Цейлоне, где Компания была настроена по отношению к мусульманам более жестко, чем к буддистам и индуистам.

Политика ВИК в Нидерландской империи в западной Атлантике также не отличалась терпимостью. В Нидерландской Бразилии (1630-54 гг.) ВИК предоставила католикам свободу совести, как обязана была поступить в соответствии с условиями выданной ей Генеральными Штатами хартии, но не формальную свободу богослужений. Когда первый и единственный губернатор Нидерландской Бразилии, граф Иоганн-Мориц ван Нассау-Зиген, тем не менее, предпочел последовать примеру Фредерика-Хендрика и снисходительно относиться к отправлению католических обрядов, он столкнулся с жесткой оппозицией со стороны кальвинистской консистории Ресифи. Различные ограничительные меры в отношении католического богослужения и прозелитизма оставались в силе, пусть даже местные католики и пользовались большей свободой, чем в Республике. Исключительно многочисленной (сефардской) еврейской общине, при поощрении ВИК обосновавшейся в Ресифи, была также дарована большая свобода, чем та, которой она пользовалась в Соединенных Провинциях; но против таких послаблений также выступала реформатская Церковь и они не считались уступкой генерального характера, относившейся ко всем территориям ОИК. В нидерландских владениях в Америке численность евреев росла быстрее других групп, благодаря особо успешно работавшим связям с ВИК в сфере торговли, и потому, что евреев, в отличие от католиков, лютеран и радикальных диссентеров, можно было религиозно сегрегировать от остального населения. Тем не менее, только в 1659 г. ВИК предоставила свободу отправления культа евреям в Кюрасао, хотя, когда еврейские беженцы после 1645 г. покинули охваченную военными действиями Нидерландскую Бразилию, многие из них мигрировали на Барбадос и другие территории, находившиеся под властью Англии.

Однако на Кюрасао формальной свободой богослужения, вне реформатской Церкви, пользовались только евреи; более того, после потери Нидерландской Бразилии Кюрасао на какое-то время был единственной принадлежавшей ВИК территорией, где эта свобода существовала. В третьей четверти XVII в. евреи пользовались такой же, как в нидерландских, или даже большей свободой в некоторых английских колониях. Когда нидерландцы захватили Суринам в 1667 г., некоторые жившие там евреи переселились в другие английские колонии, а оставшиеся работали в условиях тяжелых ограничений, пока колония оставалась под властью Штатов Зеландии до 1682 г. Только в этом году, с переходом колонии под власть «Общества Суринама», организации, совместно управлявшейся ВИК и городом Амстердамом, евреи в Суринаме получили полную свободу отправления религиозных обрядов.