В Новых Нидерландах положение до 1650-х гг. было таким же, как впоследствии в южной Африке: не допускалось существования ни одной другой Церкви, кроме нидерландской реформатской. В соответствии с условиями хартии от 1640 г. на Новые Нидерланды ВИК постановила, что «в Новых Нидерландах запрещается публично исповедовать любую религию, кроме реформатской, в том виде, в каком она проповедуется и отправляется государственными властями в Соединенных Нидерландах в настоящее время». Когда в 1653 г. «приверженцы Аугсбургского исповедания» в Манхеттене подали петицию губернатору, Питеру Стёйвесанту, о разрешении организовать собственную конгрегацию и назначить проповедника, Стёйвесант запросил мнение Heren XVII, которые, под давлением классиса Амстердама (который нес духовную ответственность за колонию) ответили отрицательно. Когда это привело затем к репрессивным мерам в виде разгона лютеранских молитвенных собраний в колонии, ВИК приказала Стёйвесанту прекратить гонения, постановив, что лютеране и, как неявно подразумевалось, другие диссентеры могли «свободно отправлять свой культ в своих домах». Когда лютеранская община в Амстердаме после этого апеллировала к ВИК, прося разрешить свободно исповедовать лютеранство не только в Новых Нидерландах, но и во всех владениях Компании, власти реформатской Церкви в Амстердаме сделали всё возможное, чтобы помешать «публичным богослужениям» лютеран, и не без успехов: первый лютеранский священник, прибывший в Новые Нидерланды с миссией от лютеранской конгрегации в Амстердаме, был изгнан Стюйвесантом по приказу ВИК в 1659 г.

Первая группа евреев, прибывшая в Новый Амстердам в 1654 г., была беженцами из Бразилии. Им разрешили остановиться и заниматься торговлей, а также совершать свои религиозные обряды у себя дома, но, согласно постановлению ВИК в 1656 г., они не могли держать своих магазинов или строить синагоги. Всё же отношение к ним было весьма великодушным по сравнению с тем, которому подвергались радикальные диссентеры.

В 1658-62 гг. Стёйвесант проводил энергичное преследование групп квакеров, которые поселились на Лонг-Айленде.

На Кюрасао, в Суринаме или в других владениях ВИК в XVII или начале XVIII вв. не было ни одной лютеранской церкви, как не было их на территориях, подконтрольных ОИК. Католицизм также официально находился под запретом даже на Кюрасао, где католическая религия уже была насаждена испанцами среди чернокожего и смешанного населения острова до его захвата нидерландцами в 1634 г. Эффективный запрет на посещение Кюрасао католическими священниками из Венесуэлы сохранялся на протяжении нескольких десятилетий, и Церковь в Венесуэле получила доступ на остров только с 1670-х гг. В 1690 г. ВИК даровала священникам формальное разрешение работать на Кюрасао, при условии, что они не будут прилюдно носить свои сутаны. Среди белого населения Кюрасао (состоявшего из немецких лютеран, нидерландских реформатов и многочисленных евреев-сефардов) было лишь незначительное количество католиков. Но католицизм в скором времени стал главной религией чернокожего населения и бедняков-полукровок. Так сложилась ситуация, при которой большинство населения было католиками, но до 1730 г. на Кюрасао не разрешалось строить ни одной католической церкви.

Вильгельм III умер в Хэмптон-Корте в Англии 19 марта 1702 г. Население Соединенных Провинций было извещено об этом продолжительным звоном церковных колоколов. Шесть дней спустя после смерти короля-штатгальтера, Хейнсиус, пенсионарий Голландии, представ перед Генеральными Штатами, объявил, что Штаты Голландии решили оставить штатгальтерство вакантным. Такое решение противоречило явно выраженному желанию покойного монарха, который уже пытался в 1701 г. убедить Голландию назначить его преемником в качестве штатгальтера этой провинции молодого фризского штатгальтера Иоганна Вильгельма Фризо (1687-1711 гг.), сына Хендрика-Казимира. Но голландские регенты предпочли обойтись без штатгальтера и приостановили политические функции штатгальтерства, в точности как в 1650 г. Еще со времени смерти Хендрика-Казимира в 1696 г. бездетный Вильгельм III намечал сделать Иоганна Вильгельма Фризо своим преемником во всех провинциях. В завещании штатгальтера-короля, оглашенном на особой церемонии в Гааге в мае 1702 г., в присутствии британского и прусского послов, единственным наследником всех прав и состояния Вильгельма III объявлялся Иоганн Вильгельм Фризо.

В этом, как и в других отношениях, кончина Вильгельма III ознаменовала глубокую перемену в политическом устройстве Соединенных Провинций. Под опекой Вильгельма III различие между Республикой под властью штатгальтеров и без штатгальтерства стало еще более очевидным, чем прежде. После отъезда Лестера Олденбарневелт и голландские регенты создали полностью республиканский режим, в котором Голландия возглавляла Союз и контролировала его внешнюю политику и ресурсы. После переворота 1618 г. Мориц в корне изменил облик государства, отведя Голландии пассивную роль в сфере принятия решений, патронажа, внешней политики и вопросов войны и мира. Вместо Голландии в центре правительства встали штатгальтер и его окружение. Установленная Морицем система продолжала существовать при Фредерике-Хендрике до тех пор, пока в 1646-48 гг. под руководством Андриса Паува к власти не вернулся республиканский режим партии Штатов, при котором ключевая роль в принятии решений принадлежала Голландии. Затем Вильгельм II на короткое время обратил ситуацию вспять. Но его преждевременная смерть привела к первому безштатгальтерному периоду (1650-72 гг.), классической эпохе «Истинной свободы», на протяжении которой ведущую роль в управлении государством стал играть Ян де Витт. Затем переворот 1672 г. вновь трансформировал Нидерландское государство, сосредоточив власть и влияние в руках штатгальтера и его фаворитов, ослабив формальные процедуры Республики и уменьшив влияние регентов, связанных с республиканской традицией и «Истинной свободой». Это, в свой черед, вызвало ответную реакцию, и в 1702 г. была восстановлена «Истинная свобода», полностью республиканский режим; этот второй безштатгальтерный период продолжался до 1747 г.

Таким образом, 1702 г. был ключевой вехой в истории Республики, не только из-за кончины Вильгельма III и начала войны за Испанское наследство (1702-13 гг.), последнего крупного европейского конфликта, в котором участвовала Республика в качестве великой державы, но также вследствие того, что на поверхность вырвались сдерживаемые трения, накопившиеся с 1672 г. В Голландии изменение системы правления произошло довольно гладко, вызвав лишь минимум народного недовольства, и немедленно привело к частичному перераспределению и большему рассредоточению власти и влияния. В нескольких городах vroedschap был переизбран заново с целью вернуть в его состав бывших регентов, смещенных штатгальтером в 1672 г., или их младших родственников. Одна или две незначительные вспышки волнений произошли в Харлеме. В Лейдене «письменный контракт», навязанный городу Вильгельмом III в 1685 г., был сразу расторгнут и заменен новым «контрактом», направленным на сведение к минимуму трений между соперничавшими во vroedschap'е партией Штатов и оранжистским блоком, уравновесив конкурирующие семейные и клиентские сети путем введения порядка чередования должностей с большей формальностью и точностью, чем имели место в прошлом. Тогда как раньше штатгальтер регулярно вмешивался во внутригородскую политику в Голландии ради концентрации власти в руках небольшой, неформальной регентской клики, раболепствующей перед ним, теперь цель заключалась в распределении власти, упорядочении чередования должностей и стабилизации отношений между регентскими группировками.