Официально Вильгельм стал монархом-соправителем Англии в феврале. В мае Англия и (отдельно) Шотландия под его главенством вступили в войну против Франции. Но штатгальтер-король, которым он теперь являлся, тем не менее, был вынужден держать в Британии (а с 1689 г. и в Ирландии) привезенные им нидерландские войска на протяжении 1689-91 гг. Ибо сильная якобитская оппозиция новому режиму возникла не только в Шотландии и Ирландии, но и в самой Англии. Многие английские дворяне, а также англиканская Церковь без всякого энтузиазма восприняли свержение Иакова и его замену Вильгельмом и Марией. В первые полтора года после бегства Иакова из Лондона не только многие англичане, шотландцы и ирландцы, но также Людовик XIV, д'Аво и, в сущности, сам штатгальтер считали, что без присутствия в Британии нидерландской армии (и дополнительного наемного контингента из Дании) Славная Революция столкнулась бы с большими препятствиями и, возможно, потерпела бы крах, так как английская поддержка, которой она первоначально пользовалась, в 1689 г. все более уменьшалась. В глазах нидерландцев и всей Европы положение Вильгельма III в Британии — а вместе с тем судьба Нидерландской Республики и европейский баланс сил — оставались крайне ненадежными, по крайней мере, до битвы при Бойне (июль 1690 г.), которая решительно склонила на его сторону чаши весов в Ирландии.

Присутствие большей и лучшей части нидерландской армии в Британии и Ирландии на протяжении трех лет, в то время как сама Республика воевала с Францией, поставило перед Генеральными Штатами и Штатами Голландии целый ряд новых стратегических и логистических проблем. Амстердам и остальная часть Штатов Голландии поддержали вторжение в Британию по той причине, что считали неизбежной новую войну с Францией, а лучший способ выиграть ее заключался в сокрушении «абсолютной власти» Иакова II, преобразовании Англии в антикатолическую парламентскую монархию и вовлечении ее в антифранцузскую коалицию. Таким образом, хорошие перспективы тесного сотрудничества между Оранским и Штатами Голландии с июня 1688 г. должны были продолжаться на протяжении военных действий в Британии и Ирландии. Собственно говоря, в новом стратегическом контексте Голландия не имела иного выбора, кроме как использовать свои войска для защиты Славной Революции. Цена не составляла проблемы, так как с января 1689 г., когда Вильгельм распорядился оставить 17 000 нидерландских солдат в Британии, оплата их содержания легла на плечи английских, а не голландских налогоплательщиков. Но многие особенности новой ситуации вызвали беспокойство у регентов; и, в долгосрочной перспективе, как только новый режим в Британии утвердился и главный центр европейской войны переместился обратно в Нидерланды, неизбежно возникло растущее расхождение по части политических методов и кругозора между штатгальтером-королем и голландскими регентами, или, по крайней мере, некоторыми элементами среди них. Разделение голландской армии между Британией и Нидерландами до окончания войны в Ирландии в 1691 г. вызвало затруднительную ситуацию, в которой нидерландцы оставались привержены стратегии обороны на континенте, предоставив своим союзникам, императору и Бранденбургу, взять в свои руки инициативу на театре военных действий в северо-западной Германии. Также это означало, что Вильгельм и его фавориты из числа нидерландских дворян, особенно Бентинк, Дейквелт и Гинкель — главнокомандующий англо-голландской армией в Ирландии в 1691 г. — могли более свободно, чем раньше, принимать ключевые стратегические решения без консультации со Штатами. Более того, до тех пор, пока Вильгельма устраивало, что нидерландцы будут предоставлять большие наземные силы для защиты «барьера» в южных Нидерландах, тогда как Англия — играть ключевую роль на море, обеспечивая военно-морские силы в соотношении 5:3 по сравнению с Нидерландами, Республика неизбежно уступала Англии в сфере морского господства, что вызывало значительные опасения в Республике. Таким образом, подспудные противоречия в отношениях между штатгальтером-королем и голландскими регентами, связанные с фундаментальными интересами Соединенных Провинций, оставались нерешенными. В то время как первый оставался заинтересован, главным образом, в изменении европейского баланса сил и разгроме Людовика XIV, для Амстердама и голландских городов на первом плане находились интересы безопасности их государства и защиты его судоходства и торговли.

Еще больше тревожил многих регентов тот факт, что Вильгельм III в качестве короля Англии и фактического главнокомандующего армиями Англии и Республики обладал теперь более сильной позицией, чем до 1688 г. (а не более слабой, как надеялись многие регенты) для расширения своей власти и влияния в качестве штатгальтера в Республике. Именно эту обеспокоенность стремились использовать французские пропагандисты: в 1689 г. один писатель комментировал, что регенты позволили Оранскому стать королем не только трех королевств: Англии, Шотландии и Ирландии, но и «четвертого», то есть Соединенных Провинций. И действительно, во многих аспектах структура оранжистской власти и влияния в Республике продолжала расти после 1688 г. Правда, Вильгельм III уже обладал беспрецедентным контролем над армией, военной стратегией и назначением на высшие государственные должности, по сравнению с предыдущими штатгальтерами. Но в 1690-х гг. Вильгельм III и его нидерландские фавориты получили в свое распоряжение, кроме этого, беспрецедентную степень влияния над военными финансами и тайной дипломатией государства.

Козырь штатгальтера-короля в нидерландской внутренней политике между 1688 и 1697 гг. состоял в том, что почти никто из регентов не считал возможным заключить сделку с Людовиком XIV или доверять ему вообще, пока Франция не будет ослаблена, а ее амбиции — пресечены. Поскольку этого было невозможно добиться иными способами, кроме союза с Англией и сотрудничества с Оранским, регенты были вынуждены избегать каких бы то ни было нападок на власть штатгальтера или систему фаворитизма, патронажа и влияния, образовавшую основу его власти. В этих обстоятельствах было мало перспектив заменить систему штагальтерства более коллегиальной, ориентированной на Голландию структурой власти в традициях «Истинной свободы» де Витта.

Тем не менее, признаки возрождения оппозиции голландских регентов штатгальтеру на короткое время появились в 1689-90 гг. в Амстердаме, Роттердаме и Лейдене. Собственно говоря, зимой 1689-90 гг. Оранский стал заметно обеспокоен тем, как бы вся его европейская и британская стратегия не оказалась поставлена под удар из-за новой борьбы за власть в амстердамском vroedschap'е, в которой друзья принца, Витсен и Хюдде, на какое-то время уступили место более республикански настроенной группировке во главе с Яном Хюйдекопером (1625-1704 гг.) и Герардом Ворсом ван Вавереном (1630-93 гг.). Первая настоящая схватка между Вильгельмом и Амстердамом после 1684 г. произошла в декабре 1689 г., когда vroedschap рискнул выступить против того, чтобы штатгальтер по-прежнему мог выбирать семь городских магистратов по двойному списку кандидатов (система, восстановленная в 1672 г.), проживая в это время — как в данный момент — за границей. В Штатах Голландии депутаты Амстердама утверждали, что в отсутствие штатгальтера голландских городских магистратов должны выбирать по двойному списку либо Штаты, либо Hof Голландии. В другие голландские города были разосланы соответствующие циркулярные письма. «Я так встревожен поведением Амстердама, — писал Вильгельм Антони Хейнсиусу, новому пенсионарию Голландии, в январе 1690 г., — учитывая, какие последствия оно может иметь не только для меня лично, но и для всей Европы, что решил отправить [Бентинка] в Гаагу». Порученная Бентинку миссия состояла в том, чтобы согласовать необходимые меры с Хейнсиусом и отразить любую угрозу, исходившую от партии-фракции Штатов, для власти штатгальтера в целом и предстоящего второго англо-голландского вторжения в Ирландию, в частности. Штатгальтер-король не мог допустить возникновения осложнений со Штатами Голландии на любом этапе с 1688 по 1691 гг., но менее всего в данный момент. Ибо он не только нуждался в одобрении Генеральными Штатами использования большей части нидерландских войск в Британии в качестве основной ударной силы его наступательных действий в Ирландии (в битве при Бойне именно голландская гвардия возглавила атаку), но также требовал больше очень крупных пушек, не отливавшихся тогда в Британии, и кораблей, подходивших для транспортировки артиллерии и лошадей из Республики в Англию.